巴巴罗萨行动作为希特勒筹备已久进攻苏联的计划，终于在41年六月22日的凌晨发动了。同时也揭开了JG 52史上最后两大表演的序幕。从此这个联队终于摆脱了二流部队的嫌疑。此前他们总是抽调出去协助兄弟部队作战。对苏作战开始后，他们不但迅速与同辈比肩，而且最后成为戈林的空军中所有战斗机联队都无法望其项背的存在。飞行员的击杀数不再是一次一两架地辛苦积累，许多飞行员的战绩将会迅速攀升至几十甚至更多。其中技艺更为精湛（或者就是运气不错）的专家将会以三位数来计算战绩，其中世界上仅有的两位击落300架以上飞机的王牌飞行员也将在JG 52中诞生。每个大队将会数以百计地不断击落敌机，在巴巴罗萨之前全联队还未击落200架，到最后其总数将会是一个令人咋舌的数字。
JG 52在东线的赫赫战功从飞行员所获得的勋章数量就可见一斑。相较于Karl-Heinz Lessmann 在之前在“西线”（Westwall）所获的寥寥一块骑士勋章，超过54块将会授予在东线作战的联队飞行员。此外，14名成员将会进一步获得橄榄叶，六名额外配剑还有两位再来镶钻（德军的十字勋章等级可逐级递增，通过增加饰品来表示等级）。联队无疑在东线这个舞台上取得了前所未有的成功。
绝大多数东线上空的战斗都会根据战术需要进行调整。天气条件允许的话，部队会频繁调动，但不像过去从一个基地到另一个基地的全面转移，通常是随着战线的推移而变化。东方的战场上地面部队的穿插迂回决定了空军的作战行动。结果就是联队基地不断进行短距离的移动。
JG 52各大队、中队在苏联作战期间转移了不下400次。许多飞行员的日志上都罗列出了不到两年多达50次、甚至更多的这种调动。
许多所谓的基地实际上不过就是一块大的空地，或者一片荒原。在其存在的短时间内，这些临时选定又迅速遗弃的场地以最近的村庄、高地或集体农庄命名。
像过去一样，巴巴罗萨计划开始时JG 52几乎算是“流落四方”。Trubenbach少校的联队部正在从维也纳赶往三大队的路上。他们将和三大队一起加入“德意志罗马尼亚空军任务组”。这一重新命名的特别部队现在隶属第四航空舰队。其空军指挥部负责苏联西南前线的空军作战行动。
而二大队此时却隶属于27战斗飞行联队（JG 27）。他们的直属上级是负责中部战场第二航空舰队下辖的第八航空军团（VIII. Fliegerkorps）。在冯·里希霍芬将军麾下，他们为对地近距支持编队护航。而此时的一大队还在北海沿岸喝着风。
开战的头一天，埃里希·沃克上尉（Hauptmann Erich Woitke）的二大队战果颇丰。分散在Suwalki和Sobolevo（波兰曾经靠近立陶宛前线的两个相邻机场），他们参与了头几个小时对苏联机场及其它军事设施的突袭。但与其他单位相比，大队击落的16架苏联轰炸机和战斗机的战绩相对平平。据估计41年六月22日大约有至少320架苏联空军的战机被德军的战斗机和高射炮摧毁。但地面敌机被摧毁的数量近乎五倍，大约1500架各种类型的*用军**飞机。不只一份资料指出二大队也直接参与了这些对地攻击行动。几个机群（Schwarme）还以“战斗轰炸”（Jabo）为目标进行过训练，现在驾驶着装备有大容量弹仓的Bf 109，每个弹仓能够携带96枚小型SD-2破片*伤杀***弹炸**。可别小看这仅有2公斤重的小恶魔，能够造成大面积*伤杀**。但当时的军事技术还不那么完善，这种破片*弹炸**对敌对已都一样危险。
一开始天文数字一般的歼敌战果传回空军最高指挥部时，就连总司令赫尔曼·戈林在内都不敢相信。直到这天作为目标的31个苏联机场落入德军手中，后续开展的地面调查不仅证实了所呈报的战果，而且其破坏范围比估计的还要大。
没过多久，空袭过后，千疮百孔的苏联防线就被蜂拥而至的前锋装甲部队突破。隶属27联队的沃克二大队（Hauptmann Woitke's II./JG 52），负责保卫第三装甲集团军各师的上空。装甲部队计划穿过立陶宛从北面包围明斯克。作为白俄罗斯的首都，明斯克与东边的莫斯科通过长约640公里的高速路相连。夺取这个地方是最后攻占敌方首都的第一步。
明斯克作为东线第一场围歼战，从六月27日完成包围，到七月9日最终结束，持续了大概12天。其结果是俘获了苏联百万红军近三分之一的部队（仅比盟军在敦克尔克撤退的人数少不到一万五千人）。
且二大队在这场围歼战的表现，特别是在Borrisov上空同样引人注目。仅在七月2日到七月3日的48小时内，其飞行员就摧毁了36架敌机。其中四分之三都是Illyushin DB-3轰炸机，它们试图从明斯克的装甲包围圈上炸开一个缺口，可惜攻敌不成反被屠戮。4中队长约翰·斯登霍夫中尉（Oberleutnant Johannes Steinhoff）打下了五架，而另外两人终于在漫长的等待中首次开张。他们未来都被授予骑士勋章，分别是威利·尼米兹军士（Unteroffizier Willi Nemitz）和吉尔哈德·巴克霍恩少尉（Leutnant Gerhard Barkhorn）。
正当而立之年的“老爹”（Altvater）尼米兹是空军中为数不多的现役飞行员。去年在英吉利海峡沿岸加入二大队后，直到43年四月在高加索地区被击落前，他将累计击落81架敌机。吉尔哈德·巴克霍恩执飞120次任务，包括一次在英吉利海峡“不情愿”的落水，最终迎来了他的首次胜利。而战争结束前还有另外300次等着他。
七月剩下的日子里，二大队将伴随势如破竹的装甲部队一路高歌猛进，穿过立陶宛，兵锋直指位于俄罗斯的斯摩棱斯克。这是通往莫斯科高速路上的又一个主要城市，几乎正好位于这条道路的中央。不久这里就会上演另一场大型围歼战。沃克上尉的飞行员们驾驶着斯图卡、为轰炸机护航的同时也自由狩猎，他们的榜单上又增加了接近70架敌机。
接着八月5日，被困在斯摩棱斯克的苏联三个军已经不复存在，其最后一支部队也正好在这天缴械投降。与此同时二大队也突然接到了转移的命令。从Vitebsk外围的基地出发前往“围场”的东北方，他们和27联队的一部一起转移到了320公里外的Solzy。由于这里靠近Ilmen湖，所以部队现在归负责北方战场的第一航空舰队指挥。从Ilmen湖向北直到列林格勒，以波罗的海为界，囊括整个战线的最北方，都将是大队接下来整整两个月的战场。
但当二大队掩护第三装甲集团的七个师向莫斯科挺进，路程已经过半的时候（同时顺道进行了两场大型围猎），位于南方战场的三大队都在干什么呢？
巴巴罗萨计划开始的前夜，联队部和8、9中队从布达佩斯（Bucharest）离开前往Mizil。这是一个位于罗马尼亚首都北边64公里的机场，临近Ploesti油田。希特勒仍关心这些关键设施的防卫情况。一旦对苏联开战，相比少数几个远在地中海已经跟轴心国交上火的皇家空军中队，苏联空军存在更大且近在咫尺的威胁。因为苏联边境仅在75公里外，所以加强防范是必要的，希特勒的担心并不多余。
开战后，苏联空军似乎并不愿冒险进入这么近的敌方领空。即便后来Ploesti的设施遭到攻击，起初苏联人的活动仅限于轰炸罗马尼亚的黑海沿岸的目标，包括Constanza这个主要的港口和石油终端。因此三大队发现东线战争开始后的48小时内他们没有什么事做。
在大队前往Constanza沿岸上空成功拦截几个llyushin轰炸机编队前已经是六月24号了。没有护航飞机的DB-3完全是待宰的羔羊。大队很快就击落了将近一打敌机。其中，现任8中队长Gunther Rall中尉击落了他的第二架飞机，明天他将再添一架Tupolev SB-2。而六月26日，苏联人试图对Constanza发起海空联合轰炸。这一天大队收获了在罗马尼亚期间最大的胜利。这次攻击使得苏联黑海舰队失去了驱逐舰舰队的旗舰Moskva。此外红色空军又损失了18架没有护航的轰炸机，它们全都被三大队的飞行员一一拿下。
令人兴奋的三天结束后，Constanza周边35架敌方轰炸机被毁，而三大队仅损失了五架弗里德里奇（Friedrich，即Bf 109F，以战机子型号字母称呼算是军中惯例，如Bf 109E为Emil）。接下来的一周可就过得相当平淡了。虽然三个中队轮换到Constanza正北方沿岸的Mamaia机场，但还是连一架敌机都没有。这也难怪七月4日大队收到总司令的电报时会大吃一惊。在这封戈林发给新任大队长Albert Blumensaat少校的电报中，全体成员被很是嘲讽了一翻。“你们因不能击落敌机出类拔萃。苏联人在你们的空域里还要毫发无损地飞多久？‘签字：戈林’”。这封言辞挑衅的电报明显说明元帅不高兴了，再不赶紧*飞机打**，后果很严重。中部广阔的地面战场上空产生的巨大战果,他在震惊之余，现在开始习以为常。任何没有达到这样丰硕战果的部队都被他认为是在玩忽职守。抗议是没有用滴；而试图解释罗马尼亚沿岸地带有着完全不同的情况，其结果也是一样。这里的苏联是打了就跑，完全不跟你硬碰硬。他们从黑海上空悄无声息地接近，仍能沿着320公里长的海岸线攻击任意目标，然后迅速从海上消失得无影无踪。
没过多久替罪羊就出现了。7中队长Erwin Bacsilla上尉因大多数时候处在后方的Bucharest-Pipera，这个锅他就背上了。七月11*他日**就被解除职务。
但戈林的电报也说了些实情。虽然两架DB-3（未确认）在电报发出的那天声称被击落，七月剩下的时间里仅有12架敌机加入三大队的榜单，其中有三架还是老式的苏联单发侦察飞艇。直到八月1日，大队向内陆转移到乌克兰首都基辅南部的Belaya-Zerkov，他们才时来运转。