上海申花足球俱乐部成立于1993年12月，这支球队以原上海市足球队为基础，是中国足球史上第一支脱离体委，直接由企业负责的职业足球俱乐部。重组后的队伍率先参加了职业化后的全国足球甲A联赛，有着"激情之旅"的称号，队伍"抢逼围"的风格，对中国足坛的冲击很大。
上海申花成立后以虹口体育场为球队主场，在虹口体育场上海申花取得了非常卓越的成就。中国足球职业化第一年，上海申花队获得甲A联赛季军。
1995年甲A联赛上海申花队更是创下十连胜的纪录，夺得联赛冠军。同年，在港沪足球赛中获得冠军，还获超霸杯决赛冠军和中国足协杯亚军。95年年底，还参加首届室内五人制足球锦标赛，获得冠军。成就了上海申花的"四冠王"称号。
1998年由于虹口体育场改建，上海申花将主场搬移上海八万人体育场。八万人体育场是我国规模较大、设施较为先进的大型室外体育场，同年还被评为"上海市最佳体育建筑"。
在八万人体育场上海申花也取得了很好的成绩。1998年在甲A联赛前，在上海举办的远东俱乐部杯比赛中，上海申花获得第四名的成绩，在联赛中获得联赛亚军。同年，获中国足协杯冠军和港沪杯赛冠军。1999年获超霸杯赛冠军和港沪杯赛冠军。
1999年虹口体育场建成启用，并改名为虹口足球场，成为中国第一座专业足球场。2001年，上海申花新基地康桥基地建成，将基地从江湾体育场搬往康桥基地，同年，江湾体育场与虹口足球场同时参加上海申花主场招标，虹口足球场以其专业性和先进性夺标，上海申花主场顺利搬回虹口足球场。
2002年夺中国足球超霸杯冠军，2003年获甲A联赛冠军。2004年申花遭遇动荡，在首届中国足球协会超级联赛中位列倒数第三名。2005和2006年赛季赛场表现出色获联赛亚军。
2007年球队重组，改名上海申花联盛足球俱乐部。2014年，绿地集团接手，改名为现在的上海绿地申花足球俱乐部。自上海申花成立以来球队名字一直保留"申花"二字，一是照顾球迷感受，还有就是"申"字谐音是"生"，有着"绿地生花"的美好寓意。
2017年和2019年均夺冠足协杯，上海申花终于获得三年两次夺冠足协杯的荣誉。今年，足协杯赛后，为庆祝这一荣耀时刻，上海外滩亮灯："申花是冠军"。
自2004年首届中超联赛开始，上海申花就未曾夺冠，并且2011年赛季至今，中超联赛前三名也不曾见上海申花的名字。希望未来赛季中，上海申花能重返以往的辉煌，期望新赛季能够取得好成绩。