1820年，西班牙发生了恢复立宪制的革命，并由此引发了位于美洲的西班牙殖民地地区的独立浪潮
1821年，位于中美洲地区的危地马拉丶萨尔瓦多丶洪都拉斯、尼加拉瓜、哥斯达黎加五省宣布独立，并于1822年与墨西哥合并，但墨西哥皇帝阿古斯丁一世实行独裁政策，*压打**反打派，引发民起义，后阿古斯丁兵败逃亡欧洲。刚刚加入墨西哥的中美洲五省于1823年7月脱离墨西哥，组建中美洲联合省，并于1824年11月立宪议会通过宪法，建立了以危地马拉城为首都的中美洲联邦共和国。
中美洲联邦共和国建立后，并不太平，代表中美洲地区封建庄园主和天主教会利益的保守派与代表中美洲地区的资产阶级和贵族的自由派斗争激烈，中央政府与地方政府冲突激烈。保守派主张建立强有力的中央集权政府，保持教会丶军人特权，维护旧有的土地占有制度，即维护既得利益集团利益，而自由派则主张向各省分权的联邦制，废除神职、军人的特权，实行土地改革。两派斗争激烈。1825年，萨尔瓦多人阿尔塞在自由派支持下当选为联邦总统，但当政不久就即而支持保守派，自由派极为不满。1826年，联邦政府与危地马拉的自由派地方政府发生冲突，危地马拉自由派政府垮台，导致联邦内部内战爆发。1829年4月，莫拉桑率领洪都拉斯丶萨尔瓦多自由派联军攻入危地马拉城，阿尔塞政府被*翻推**。莫拉桑当选总统，因担心危保守派控制政府，并于1934年将首都从危地马拉城迁往圣萨尔瓦多。在自由派的支持下，莫拉桑没收教会资产丶废除压榨民众的什一税，废除奴隶制度丶
设立医院、学校，并计划开凿危地马拉运河。
1837年，危地马拉的保守派煽动印弟安人发动内乱，该国再起内战，政府军战败，莫拉桑逃至萨尔瓦多，不久尼加拉瓜宣布永久脱离联邦政府，后洪都拉斯丶哥斯达黎加先后退出联邦政府，1839年2月1日，莫拉桑任内结束，未选新总统，4月，卡雷拉夺取危地马拉统治权，宣告脱离联邦政府，1841年，唯一的成员国萨尔瓦多宣布独立，中美洲联邦共和国正式解体
中美洲联邦共和国解体后，两派矛盾在一段时间内并未结束，后萨尔瓦多丶洪都拉斯以及尼加拉瓜三国都曾力图恢复中美洲联邦，并分别于1852年丶1896年丶1921年先后建立了中美洲联邦丶中美洲共和国丶中美洲第二联邦，但由于保守势力的反对和自身国内矛盾而未能成功。