上海上港集团足球俱乐部的前身是2000年由著名足球教练徐根宝在根宝足球基地组建的队伍。当年徐根宝想为国家培养足球人才，打造一支"中国的曼联"征战中国顶级联赛，于是创办了上海根宝足球基地，招收了第一批球员。
2005年，根宝足球基地的第一批球员已经非常接近专业水平，徐根宝决定成立职业足球俱乐部，开启打造"中国的曼联"计划。2005年12月，由上海根宝足球基地和上海东亚集团共同出资，成立了上海东亚足球俱乐部。
俱乐部成立后的第二年，上海东亚队首次参加了中国足球乙级联赛，并取得了第七名的好成绩。2007年，上海东亚队继续征战乙级联赛，最终夺得联赛冠军，成功冲甲。俱乐部成立到冲甲成功，只用两年时间。
2007年，夺中乙冠军成功冲甲，上海足协和东亚集团分别嘉奖球队30万元。2008年，上海东亚队在上海第二个专业足球场金山足球场首次征战中甲联赛，最终取得第六名。
2009中甲赛季，上海东亚队主场搬往上海容纳人数最多的上海八万人体育场继续征战中甲赛场。而当年球队准备全运会，没能引进外援，出战中甲联赛的依旧是全华班，最终排名第四。2009年8月，夺得全运会冠军。
2010年联赛前，上海东亚队提出了"冲超"的目标。2010赛季排名第四，未能冲超成功。2011赛季因失去五名主力，战绩不佳，只取得第九名的成绩。终于在2012年夺得中甲冠军，冲超成功。
2012年底，球队又定下"631"计划，力争在中超赛场上，第一年争前六，第二年进前三，第三年夺冠。2013赛季，上海东亚足球俱乐部以上海上港队之名，征战中超联赛和中国足协杯联赛。这一年在中超联赛排名第九，未能完成"631"的第一年计划。
2014赛季获得联赛第五名，但位列上海三支球队之首。2015赛季前，球队引进内外援八名球员补强阵容，最终夺中超联赛亚军，并获得亚冠参赛资格。
2016赛季，上海上港队获得中超联赛季军。2017年中超联赛，上港队最终成绩排名第二。2018年11月，中超联赛第29轮，上海上港队提前一轮夺冠，这是上港队史上第一个中超联赛冠军。上港队夺冠一定程度上打破了恒大在中国足坛的统治地位，也因此有了"中超红魔"之称。
2019赛季，上海上港夺冠中国足协超级杯赛，也是球队史上首座超级杯冠军，同年获得中超联赛第三名。
上海八万人体育场见证了上海上港队诸多战绩，但由于建造年代久远，各种设施已经落后，2020年将按照上海市的要求进行改造。新赛季上海上港队很可能将一线暂时迁往上海深源体育场，然后再前往浦东的专业足球场。
2015至2019共五个赛季，上海上港队在中超联赛一直名列前三，可见上港队的实力非常强大。上海上港队从一支青年队发展成为职业球队，再一步步登上顶级联赛的舞台，最终见证了球队的辉煌时刻。