1521 年，苏丹苏莱曼大帝认识到匈牙利的弱点，并占领了贝尔格莱德，准备进攻匈牙利。 1526年，苏莱曼率领的奥斯曼帝国出现在匈牙利南部，他率领近8万土耳其-伊斯兰*队军**进入匈牙利的心脏地带。大约 26,000 人的匈牙利*队军**在莫哈奇与土耳其人会面。匈牙利*队军**虽然装备精良，训练有素，但缺乏优秀的军事领袖，克罗地亚和特兰西瓦尼亚的增援部队也没有及时赶到。他们被击败了，多达 20,000 人在战场上丧生，而年轻的国王路易二世本人则在他从马上掉入河中时死亡。
路易死后，匈牙利贵族的敌对派同时选举了两位国王，约翰·扎波利亚和奥地利的斐迪南。萨波利亚是一名匈牙利人，曾担任特兰西瓦尼亚的军事总督，得到苏丹苏莱曼的认可，并主要得到反对新外国国王的小贵族的支持。 1529 年，当萨波利亚宣誓效忠苏莱曼时，包括王国东部在内的萨波利亚王国成为奥斯曼帝国的附庸。已故国王的姐夫斐迪南得到了匈牙利西部权贵的支持，他们希望他能说服他的兄弟、神圣罗马帝国皇帝和西班牙国王查理五世将土耳其人驱逐出匈牙利。
敌对统治者（约翰一世和斐迪南一世）之间的临时领土划分发生在 1538 年的《纳吉瓦拉德条约》中，当时哈布斯堡王朝占领了该国的北部和西部地区，新首都位于普雷斯堡（波兹尼，现为布拉迪斯拉发）。约翰一世以布达为首都，占领了王国的东部。然而，在 1540 年约翰一世去世后，奥斯曼帝国吞并了布达及周边地区，只剩下特兰西瓦尼亚在约翰的继任者手中进行年度贡品。
斐迪南统治下的匈牙利部分成为哈布斯堡王朝的一部分，在维也纳几乎没有影响力。哈布斯堡国王直接控制着匈牙利的财政、军事和外交事务，帝国*队军**守卫着它的边界。哈布斯堡家族避免填补帕拉丁（总督）的职位，以防止持有者积聚过多的权力。此外，所谓的土耳其问题使哈布斯堡王朝和匈牙利人分裂：维也纳要与奥斯曼人保持和平；匈牙利人希望*翻推**奥斯曼帝国。在匈牙利受到*害迫**的新教徒认为宗教改革比土耳其人更大的威胁。他们抱怨外国统治、外国驻军的行为以及哈布斯堡家族对土耳其在特兰西瓦尼亚的主权的承认。
1683 年奥斯曼帝国*攻围**维也纳失败后，哈布斯堡王朝开始对土耳其人发起进攻。到 17 世纪末，他们成功夺回了历史悠久的匈牙利王国和特兰西瓦尼亚公国的剩余部分。 1686 年前，在其他欧洲列强的帮助下，首都布达从奥斯曼帝国手中解放出来。整个 18 世纪，匈牙利王国都有自己的议会（议会）和宪法，但总督委员会（Helytartótanács，即宫廷办公室）的成员由哈布斯堡王朝的君主任命。 1848 年轻的欧洲革命也席卷了匈牙利。 1848 年轻的匈牙利革命试图纠正长期压抑的对政治变革的渴望，即独立。在 1867 年奥匈妥协之后，哈布斯堡王朝成为奥匈帝国的“双重君主制”。匈牙利完全控制了其国内事务，而外交和军事事务则与奥地利共同进行。