注：2001年之后，厦门足球协会为中国足协会员协会，与福建足协互不隶属。所以在厦门足球协会注册的球队不算福建球队。

1994~1995：无球队

职业联赛刚开始的时候，福建并没有职业足球队。甚至连乙级都没有球队参加。

1996~2007：厦门蓝狮

1996年2月23日厦门足球俱乐部成立，原天津队主教练沈福儒出任厦足第一任主教练，在乙级联赛的升级赛中负于深圳金鹏而未能晋级。

1997年，俱乐部收购了佛山佛斯弟的资格而获得1998年甲B联赛的参赛权，开创了中国低级别联赛俱乐部收购高级别联赛俱乐部先河，称为厦门远华队。

1998赛季，厦门远华获得甲B第6名的成绩。

1999赛季，在迟尚斌的带领下获得甲B联赛冠军冲上甲A联赛。俱乐部去掉远华字样。

2000赛季，厦门更名为厦门厦新，但球队仅获得甲A第13名，降入甲B。

2001赛季，厦门厦新更名为厦门红狮，球队在甲B联赛中获得第6名。

2001年，厦门足球协会成为中国足球协会会员协会，但厦门红狮初始注册协会为福建足协，算做福建球队。

2002赛季，厦门红狮获得甲B冠军，不过那个赛季没有升降级。

2003赛季，厦门红狮中途改名为厦门吉祥石狮，仅获得甲B第12名。

2004赛季，厦门吉祥石狮改名为厦门蓝狮，获得中甲第三，冲超失败。

2005赛季，厦门蓝狮获得中甲冠军，升入中超

2006赛季，厦门蓝狮获得中超第8。

2007赛季，厦门蓝狮中超垫底降级，随后解散。

2008~2010：无球队

在2008到2010这三年间，福建没有职业球队。仅有的参加业余联赛（中丙）的，还是厦门的球队。

2011~2012：福建骏豪

2011年2月25日成立于福建厦门的厦门骏豪足球俱乐部福建骏豪队，于当年参加2011年中国足球乙级联赛并获得南区冠军，成功冲甲。球队虽然叫厦门骏豪，但主场在龙岩。是属于福建的足球俱乐部。

2012赛季，福建骏豪获得中甲第三。随后球队就迁移到了河北。不再是福建球队。

2013~2015：福建超越

2013年福建骏豪出走之后，球队副总经理兼领队王超，携手国内外志同道合的足球热爱者共同组建福建超越队，并参加次年的中乙联赛。

2014赛季，福建超越中乙南区垫底。

2015赛季，福建超越又一次中乙南区垫底。

2016年，俱乐部被迫将中国足协注册资格和整个一线队卖给了江苏盐城鼎立足球俱乐部。

2016：无球队

福建超越将资格转让给江苏盐城鼎立之后，福建再度出现无球队状况

2017~2019：福建天信

2017年，福建天信获得首届福建省足球协会超级联赛冠军。当赛季参加2017中丙联赛，获得第7名，递补进入中乙。

2018赛季，福建天信在中乙总决赛遭遇已经变成盐城大丰的福建超越，最终不敌对手，仅列中乙第七名。

2019赛季，福建天信中乙排名第13位，

2020年，福建天信未能通过中乙准入

2020~现在：泉州亚新

2020赛季，福建超级联赛冠军泉州爱德马获得中冠第7名的成绩，递补升入中乙联赛。

2021赛季，泉州爱德马足球俱乐部更名为泉州亚新足球俱乐部，但最终在保级组中垫底，惨遭降级。

2022赛季，因多家俱乐部解散或未通过准入，泉州亚新递补进2022赛季中乙联赛。最终保级成功。

2023赛季，泉州亚新获得中乙第14名，保级成功。