一般来说，二次元的故事都是虚构的，但也有一些二次元的动画是三次元的翻版，这些动画当中有的是根据现实中发生的真实事件改编的，有的是以现实中存在的人物为原型。
根据真实事件改编的动画：
《ZTPANG次元舰队》
改编自日本漫画家川口开治原作的同名漫画，讲述一艘搭载新式*器武**的日本护卫舰“未来”号，在夏威夷群岛与美军进行军事演习时，意外地遭遇电磁暴，由于时空次元的扭曲，竟回到六十年前（1942年），第二次世界大战中，日本与美国、世界为敌的中途岛海战战场。而他们决定不参加这场战争，不改变历史时，遇到了乘坐日军水上侦察机执行通信任务而被击落的草加拓海少尉，故事由此展开。
这就不得不提到著名的“费城实验”，据记载，“1943年10月，美国海军在费城进行了一次人工磁场的机密试验，即著名的‘费城实验（ The Philadelphia Experiment）’，实验成功地将一艘驱逐舰及全体船员投入另一空间。在实验过程中，实验人员启动脉冲和非脉冲器，使船只周围形成了一个巨大的磁场。随后整条船被一团绿光笼罩着，船只和船员也开始从人们的视线中消失。实验终止时，舰船已被移送到了479公里以外的诺福克(Norfolk)码头。此后，一些船员身上仍留有实验的反应，不论在家里，在街上，在酒吧间或饭店里，都会突然地消失又重现，让旁观者惊讶不已。参与实验的主要负责人过几天后自杀身亡，临死前说过，这项实验与爱因斯坦的相对论有关。这使得这项实验多添了一份神秘色彩。
“参与这项实验的吉索普（Morris K.Jessup）博士认为，强烈的磁云能够重新排列人类和物质的分子结构，使其进入另外的时空。
《回转企鹅罐》
表面上讲的是两兄弟寻找“企鹅罐”以延长妹妹的生命的故事，事实上这部动画与1995年3月20日发生的事件息息相关，这个日期是东京地铁*林沙**毒气事件发生的那一天。动画并没有着力于该事件波及的人们，而是着重表现恶性事件对相关儿童的影响。
《命运石之门》
2000年和2001年期间，一个叫约翰·提托（John Titor）的人在网络论坛上自称是来自2036年的时空旅行者，发布了很多有关时空旅行的预言，还详细描述了他自己声称所处的年代。从改编自《命运石之门》的同名动画中能看出这件事的影子。
以真实人物为原型的动画：
《萤火虫之墓》
由高畑勋执导的动画电影，讲述了在二战后期的神户，因空袭而失去母亲被亲戚家领养的哥哥清太和4岁的妹妹节子在临组的（二战时期为统治当时的人们而设立的机构）统治下生活，因得不到大人的援助而渐渐走向死亡的故事。
电影改编自野坂昭如的同名半自传小说，小说的内容灵感来源于野坂昭如在中学期间遇到的神户大空袭。当时他带着一岁多的妹妹逃难，妹妹因营养不良而死去。
《银魂》
银魂是一部恶搞幕末历史的作品，其中几乎所有角色都可以对应到幕末历史人物。
坂田银时 原型：坂田金时
志村新八 原型：“日本喜剧王”志村健+新选组的永仓新八
神乐 原型：辉夜姬
《欢迎加入NHK》
改编自日本作家泷本龙彦的同名轻小说，夸张描写了家里蹲的“冒险”过程，故事里的NHK指的是日本家里蹲协会（日本ひきこもり协会，Nihon Hikikomori Kyōkai），据说是根据作者本人的真实体验创作。