1994年中国足球开始实行职业化，甲A联赛是国内足球最高级别赛事，当时四川全兴队是甲A唯一一支西部球队，这支球队传统队服是黄色，当时的主教练是余东风，知名的球员有马明宇、魏群、姚夏等。1994赛季四川全兴队获得联赛第6名，这个战绩对于全兴队来说是相当不错的。
1995赛季，马明宇转会广东宏远队，四川全兴队实力有所下滑，战绩不如前一年，联赛最后几轮还面临降级的危险，当时有人喊出“保卫成都”的口号，而四川全兴队也不负众望，在最后两轮的关键比赛中接连战胜青岛海牛队和八一队，获得联赛第10名，成功保级。
1996赛季四川全兴队再度获得联赛第6名，并且全年保持了联赛主场不败，这是全兴队唯一全年联赛主场保持不败的一个赛季。
1997赛季马明宇又转会回到四川全兴队，和他一起来的还有黎兵，兵强马壮的全兴队被人们普遍看好，但球队表现却让人们比较失望，最后只获得联赛第7名。当年联赛结束后，余东风不再担任球队主教练。
1998赛季全兴队第一次聘请外籍主教练——克罗地亚人米罗西，这个赛季全兴队第一阶段表现不错，在主场首次战胜了上海申花、大连万达这些强队，但是后来球队表现却越来越糟，米罗西也中途下课，之后由迟尚斌接替主教练职务，最后四川全兴队获得联赛第5名。
1999赛季巴西人塔瓦雷斯担任全兴队主教练，在他的带领下，全兴队终于有了一支强队的风范，最后获得联赛第3名，与第1名山东鲁能只差3分，虽然创造了全兴队历史最佳战绩，但是主场面对沈阳海狮、吉林敖东这些不强的球队没能取胜，让全兴与冠军失之交臂，不得不说是一大遗憾。
2000赛季全兴队再度聘请克罗地亚人米罗西担任主教练，这个赛季全兴队表现开局不错，但还是由于高开低走的态势没有根除，最终也只能获得联赛第3名。而联赛进行期间，马明宇登陆意甲。
2001赛季，全兴队整体出让冠名权，叫四川商务通队，聘请英国人霍顿担任主教练，四川队开局不错，曾经还出现过球队史无前例的五连胜，但接下来又是前所未有的四连败，不过这个赛季四川队首次在客场战胜上海申花和大连实德，算是亮点，尤其是联赛中两胜最后的冠军大连实德，这个赛季四川队获得联赛第4名。联赛刚结束，全兴集团宣布退出足坛，全兴时代结束。
2002年到2005年，四川足球队成为了和大连实德的关联球队，很多川足老队员在这期间陆续离开球队，有些退役有些转会，而球队战绩大不如前，只有2003年成功冲进中超算是亮点。2006年初球队解散，那支川足从此成为记忆。