出道于广东名峰俱乐部青训的耿晓峰师从前国脚许奎武指导，在许指导麾下，耿晓峰打下了坚实的基础。
2001年初，鲁能足校在全国范围内挑选1987-1988年龄段优秀球员，十三岁的耿晓峰被鲁能足校总教练可可维奇一眼相中。
2006年初，在鲁能青训经过五年磨砺的耿晓峰代表鲁能青年队与鲁能一线队的热身赛中表现突出，球感好、爆发力好、移动速度快、预判能力强、出击时间掌握合理的耿晓峰被时任鲁能一线队主帅图拔科维奇相中，不满二十岁的耿晓峰顺利升入一线队。
由于当时鲁能队拥有李雷雷、杨程、关震三位实力派门将，耿晓峰几乎没有出场机会。2012年初，随着滕卡特成为鲁能主帅，耿晓峰坐稳了鲁能队首发门将位置。整个赛季出场二十一次，完成五次零封，表现不错。
2013赛季，名帅安蒂奇出任鲁能队主帅，耿晓峰深得塞尔维亚老帅信任，继续是鲁能队的主力门将。但在当年五月国足与泰国国家队的一比五“*案惨**”成为其职业生涯的“滑铁卢”。之后与申花队联赛中因小拇指骨折而赛季报销。身体和心理的双重压力使耿晓峰的2013年相当困难。
门前救险的耿晓峰
无奈的耿晓峰
2014年初，鲁能队从申花队引进了王大雷，耿晓峰则被租借去了申花。效力申花队首个赛季，耿晓峰在联赛中出场十一次，在与邱盛炯的较量中略处下风。十一场联赛失球十三粒，完成五次零封，表现中规中矩。
耿晓峰租借加盟申花
2015年初，耿晓峰正式加盟申花，成为球队主力门将。但因为在关键比赛中心理素质不过硬，尤其是在联赛第二十二轮对阵绿城队比赛中出现多次低级失误。赛季结束后，随着李帅的加盟，耿晓峰再次沦为替补门将。
2017年初，刚过而立之年的为了踢上比赛，选择加盟河北华夏幸福，但由于内援名额有限，耿晓峰只能以业余球员身份蛰伏预备队一个赛季。
2018赛季，耿晓峰顺利在华夏幸福一线队完成注册。但由于杨程和池文一及U23门将鲍亚雄几位“竞争对手”的存在，耿晓峰的出场机会并不多。
身披河北华夏幸福战袍的耿晓峰
2020赛季前，耿晓峰加盟中甲球队内蒙古中优，之后又前往武汉三镇，两个中甲赛季帮助中优队保级成功，随武汉三镇冲超成功，老将耿晓峰慢慢找回了状态。
耿晓峰随武汉三镇夺得中甲联赛冠军
上赛季，耿晓峰以自由身加盟中超新军成都蓉城，表现不俗。新赛季，三十六岁耿晓峰将继续征战中超赛场。