清朝时期，河南只有巡抚，直隶只有总督，这和清朝行政机构及其组成的变化有密切关系。
清朝各省行政机构，主要有督抚和司道等官员及其衙门组成，前后有较大的变化。
顺治年间，省行政机构官员的组成，基本沿袭明末制度。以河南省为例，有巡抚、布政使司左右布政使、按察使司按察使，以及布政使司左右参政、左右参议和按察使司副使、佥事等道员，监察官员有巡按御史。部分省设有总督，地位高于巡抚。较为特殊的为江南省，设有江宁、安庐、凤阳等三员巡抚，分疆管理，而以江南江西总督和布按二司管理全省事务。另外，一些省还设有区域巡抚，如在江西省赣州设有南赣巡抚，所管区域一般为数省交界地区，只能以军政为主。本时期的省级行*变政**化，是顺治二年改南直隶省为江南省，同时改南京应天府为江宁府，属江南省。由明代的两京十三布政使司，演变为直隶地方和十四省。
顺治十八年，辅政大臣掌权后，清代省制发生第一次较大变化，一是停派各省巡按，所有地方行政事务均有巡抚办理；二是每省均设一员总督，区域性巡抚被逐步裁撤。同时进行文武分治。总督开始总辖文武，节制巡抚、提督。巡抚的职能改变并且作用下降，只管行政，不管军政。由于巡抚不再节制绿营且抚标被裁，区域巡抚对地方的控制弱化，由地方大员转变为冗员。此后，南赣、宁夏、凤阳等巡抚于康熙四年（1665年）被裁撤。
康熙四年，总督员缺的数量进行了调整。裁撤山东、河南、江西、山西、广西、贵州等六省总督，改设直隶山东河南、江南江西、山陕、两广、云贵等五员总督，保留福建、浙江、湖广、四川四省总督。这次调整并未影响原来的行政体制，只是裁撤了一部分总督官缺，由保留下来的总督管理两至三省，每省实际上仍有总督巡抚两员行政长官。
康熙六年七月，省制再次发生较大变化，各省布政司停用左右布政使之名，河南等十一省裁一员布政使，江南、陕西、湖广三省的两员布政使照驻扎地方命名，裁各省守巡道一百零八员。由此，各省布政司只设一员布政使（直至乾隆年间，江苏省因情况特殊，破例设立两员布政使），江南、湖广、陕西分省过程完成；除直隶、陕西等少数直省外，多数省份不设守巡道，由省行政机构直接管理府、直隶州。
在顺治十八年至康熙六年间，江南、湖广、陕西分省，省区数量增加。顺治十八年六月，江宁巡抚朱国治为解决苏松常镇四府的钱粮积欠问题，将江南省右布政使分驻苏州，主管江宁、苏州、常州、镇江五府的钱粮征收，使得江南省左右布政使分驻分治。康熙二年、三年，湖广省、陕西省左右布政使先后分驻与分治。康熙三年，江南等三省增设一员按察使，按察使分驻并分治。
康熙三年（湖北、湖南）、四年（陕西、甘肃）、五年（江苏、安徽），这六个区域内的巡抚辖区先后与布政使、按察使的辖区重合，并在此后保持着辖区的长期稳定，标志着分省、建省在行政机构设置、辖区两个层面的完成。康熙六年，江南、陕西、湖广三省的两员布政使照驻扎地方命名，为分省的完成，康熙初年省制的改革到此完成。
康熙初年江南等省的分省，不是在某一时间点上发生的单个事件，而是一个长达数年，有多个事件组合而成的分省过程，牵涉到巡抚、司道等多个方面的官缺及其辖区的调整。由此从十四省增加到十七省。
康熙八年，裁撤直隶山东河南总督，该三省只设巡抚，不设总督。省制由此发生变化，少数直省只设一员行政长官。此后，总督员缺的设置及总督的辖区虽然一再发生变化，但从宏观上来说，督抚制度在某些方面已经定型：大部分省设有总督和巡抚两员行政长官，少数省份只设总督（兼巡抚事）或者只设巡抚一员行政长官。同年六月，因直隶地方无布政使司、按察使司，改通蓟道为守道，总管钱粮，霸易道为巡道，总管刑名，驻扎保定府。直隶地方行政制度逐渐向省制靠拢。
雍正二年（1724年）十二月，直隶设布按两司，直隶地方官缺设置与各省相同，实行省制。由此清代内地为十八省。雍正年间，各省普遍设立守巡道，形成省行政机构通过守巡道间接管理府级政区的制度。雍正四年十一月，规定各省均设提督学政。此前，各省学官体制不一，或设督学道，或设提督学政。由此各省提学官不再与督抚有统属关系，提学无道衔，各省不再有学道而全部是学院，学官与行政管分离。
清代的省制，经历了顺治年间的清承明制阶段，以及康熙、雍正两朝的不断改革，至乾隆初年，典型的清代省制已经完全形成。乾隆二十三年（1758年），新修成的《清会典》从两个方面记载了这项制度：从中可以看到，第一，省的数量、地方行政区层级和总督、巡抚的管辖区域。第二，省级行政官员的组成和职能，以及省行政机构内不同级别行政官员间的管理层级。
由此可见，从康熙年间开始，清代省制有以下特点：省行政机构有督抚、布按两司以及驿传等专务道和守巡道共同组成，只设总督或只设巡抚的省份为单一长官制，大多数省份为双长官制，总督、巡抚同为一省行政长官，守巡道是省里行政机构的派出官员，与督抚、布按两司共同构成了省行政机构内部的三个管理层级。全国十八省，共设直隶、两江、闽浙、湖广、陕甘、四川、两广、云贵等八员总督，设有山西、山东、河南、江苏、安徽、江西、福建、浙江、湖北、湖南、广东、广西、陕西、甘肃、云南、贵州等十六员巡抚。这一制度，一直沿用至光绪初年。除十八省外，盛京、吉林、黑龙江三将军的辖区，虽然行政制度与省制不同，也习惯称为“东三省”。
根据嘉庆一统志，清政府的各省分别是直隶、盛京（含奉天府、锦州府、吉林、黑龙江）、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、广东、云南、贵州、*疆新**、乌里雅苏台、蒙古、青海厄鲁特、*藏西**等。
咸丰、同治年间，军务兴起，各省为了筹措经费，设置了一批财政局所。光绪末、宣统年间，随着各种形势的变化，省制也发生了多方面的变化。
光绪元年，为解决盛京将军与奉天府尹旗民分管所带来的种种矛盾，特派刑部尚书崇实署理盛京将军，改革盛京地区的地方管理体制，奉天省行政制度逐渐向省制靠拢。光绪十年，设置*疆新**省，十一年设置台湾省。*疆新**台湾两省刑名事务相对较少，均不设按察使缺，其职能分别由镇迪道、台湾道兼理。全国由十八省增加到二十省。
光绪二十一年三月，清政府和日本签订《马关条约》，将台湾全岛及澎湖列岛割让给日本。光绪三十年十二月，裁漕运总督，同时设立江淮省，管辖原江苏省江宁布政使所辖江宁、淮安、扬州、徐州四府和通州、海州两直隶州，光绪三十一年三月，被裁撤。光绪三十三年三月，裁盛京将军缺，设东三省总督兼管三省将军事务，同时设立奉天巡抚、吉林巡抚、黑龙江巡抚，东三省正式建省，全国省份增加到二十二个。
光绪三十三年颁布《各省官制通则》，与乾、嘉时期相比，主要有以下变化：原先兼辖两省或三省的总督，其行政职能改为只管辖所住的省份（同城巡抚在此之前已经裁撤），对兼辖的省份只是管辖军政和外交事务，对行政、人事等项均不能干涉。各省实行单一长官制。司道成为同一层级的官缺，均向督抚负责。督抚司道衙门均分科办事。裁撤守巡道，只设置一些负责督捕事务的兵备道，减少了管理层级。在通则规定之外，又有交涉使的设立，但不是每省都设置。此外，东三省不设布政使、巡警道，设有民政使、度支使、盐运使等。各个司道官员，除受本省行政长官的统属外，还受到中央相关主管部门——度支部、学部、民政部、农工商部、邮传部的考核。
至清亡前，直隶省设有总督、布政使、交涉使、提学使、提法使、巡警道、劝业道以及多员守巡道，奉天省设有总督、民政使、交涉使、提学使、提法使、度支使、劝业道及多员守巡道，均为省级行政官员设置较多的省份，一般省份，如山西省设有巡抚、布政使、提学使、提法使、巡警道、劝业道及归绥兵备道等。
光绪年间，为防范外国势力的渗入，加强统治，在藩部地区或少数民族聚居区设立行省的呼声非常强烈。如光绪三十一年，中书尹克昌请酌收四川、云南土司，添设建昌行省；给事中左绍佐奏，西北空虚，拟请设立行省；光绪三十三年，绥远城将军贻谷奏请绥远城设立行省；西宁办事大臣庆恕认为青海也宜改省；光绪三十四年，科布多参赞大臣连魁奏议科布多设立行省。此外，也有建议在*藏西**设立行省。
对于这些设立行省的建议，地方大员多持否定态度。但在内蒙古设立行省的提议，得到了热河都统、察哈尔都统的赞同。但这些设想在清末均未实现。
注：文献来源，《中国行政区划通史·清代卷》