邓涵文出道于陕西人和浐灞队，2011年8月，中国足协留葡计划开启，41名年轻球员踏上西行取经的路途，邓涵文便成为了其中的一员，前往葡萄牙进行了为期两年的培训。在葡萄牙期间，邓涵文先后效力葡萄牙阿尔韦卡和皇家体育会梯队，但因年纪等关系，他并未在正式比赛中获得机会。
2012年，陕西人和弃陕投黔，但其梯队仍留在陕西备战2013年全运会。邓涵文在2013年结束了留洋的训练之后，首先也是回到西安代表陕西全运队参加了该年的比赛。然而全运会结束之后，许多全运会则面临解散的窘境。邓涵文、罗安东等在内的人和梯队球员依然没有前往贵州，而是追随曾经的恩师王波，以租借形式前往太原中优嘉怡参加中乙比赛。太原中优嘉怡便以人和梯队为班底，刮起了一场青春旋风。
在2014年的中乙决赛阶段比赛中，正是凭借着邓涵文的进球，太原中优嘉怡客场1比1逼平丽江嘉云昊，为球队冲甲奠定基础
球队冲甲后，邓涵文就牢牢占据着中优主力后卫的位置。在中甲联赛中，他出场23次，其中首发20次，共计2112分钟，仅次于效力于武汉卓尔的明天和*疆新**天山雪豹的阿卜杜力艾则孜，在中甲联赛95年龄段球员中出场排名第三。而在联赛的第8轮，呼和浩特中优主场与梅州客家的比赛中，邓涵文还收获了自己中甲的首粒进球，帮助球队取胜。
2017年转会北京人和足球俱乐部。12月24日，广州恒大淘宝足球俱乐部官方宣布与球员邓涵文正式签。
6月13日，中国男足将迎来2018世预赛亚洲区十二强赛与叙利亚队的客场较量，为了锻炼新人，以及提升进攻端的自信心 ，选择了实力较弱的菲律宾国家队作为热身赛对手。其中发挥最为惊艳的当属国足新兵——国足集训名单中唯一效力于中国次级联赛的小将邓涵文。这位95后小将的上佳表现，令现场球迷印象深刻，从刚替补登场时的默默无闻，到后来被球迷铭记，他只用了45分钟，就上演了一幕“两球成名”的剧情。通过本场比赛，国家队收获了一名年轻的带刀侍卫，令人欣喜。也许就是从那时起，这名来自中国次级联赛的小将逐渐真正取得了里皮团队的信任，后来先是入选国家二队集训名单，进而跻身此次的国家队集训阵容。
2017赛季末，邓涵文从北京人和加盟广州恒大，开启豪门高薪之旅，本来是顶着张琳芃的替补光环的，但是毕竟没有老将经验丰富，只能替补，或者在张莫斯移师中后卫后，才能占据场上一个首发位置。
纵观上图在恒大两年的数据也不是很亮眼。
本赛季开始前广州恒大与贵州恒丰进行热身赛的时候，邓涵文是拄着拐杖出现的，给人一种恒大左后卫告急啦的现象。
本赛季第八轮，恒大对阵苏宁，中场前，张莫斯两黄变一红被罚出场，邓涵文替补登场，结果长期没有比赛乱成一团糟，无奈在第82分钟又被换下，可能后面比赛上场机会更少了。