1998年19岁的肇俊哲上调辽足一线队，与当年辽小虎们助球队重返当时的甲A联赛。1999年代表辽足参加甲A联赛，在当年的甲A联赛最后一场被北京国安逼平，错失联赛冠军，差一点复制当年德甲凯泽斯劳腾的奇迹。
2002年的韩日世界杯是中国队参加的唯一一次世界杯，在中国队对阵巴西的小组赛中，当比赛进行到第61分钟，肇俊哲接马明宇传球，一脚抽射中柱弹出，这是中国队最接近世界杯进球的一次射门。
2016年10月30日肇俊哲宣布退役，他的职业生涯始终为辽宁队效力。不管在中超还是在中甲，不管在甲A还是在甲B,肇俊哲都在为他的辽宁队克尽职守，从一个毛头小伙成长成为辽足的精神领袖，成为辽宁队的一面旗帜，他的每一步都是脚踏实地走出来的。2004年洁身自好的肇俊哲怒摔队长袖标，也就在当年肇俊哲被评为中国足球先生。
肇俊哲曾任国足与辽宁的双料队长，球风干净利落，大局观强。有很多强队都曾表示要挖走肇俊哲，都被肇俊哲谢绝。有人说，肇俊哲在辽宁图的什么，我想在这个世界上还有很多精神层面的东西，这也许就是肇俊哲心中的那一点点慰藉。
大漠的落日下，那*萧吹**的人是谁，任岁月剥去红装，只原今生和你的相会，肇俊哲一生只一队！
