杭州绿城足球俱乐部成立于1998年，是浙江省第一家职业足球俱乐部。
1998年1月14日，浙江绿城足球俱乐部有限公司正式成立。1999年1月22日，绿城乙级队正式组建，并参加了1999中国足球乙级联赛。
2000年底绿城足球俱乐部收购了延边一线队，开始了甲B征程，2001赛季甲B联赛结束后不久，绿城俱乐部董事长宋卫平在俱乐部临时召开的新闻发布会上宣布，将队中五名涉嫌“打假球”的队员开除出队。2001年10月12日，在沈阳召开的甲级俱乐部联席会议上，中国足协专职副主席阎世铎对于甲B最后两轮不正常的比赛定性为“假球”，并于10月16日对涉嫌俱乐部及人员作出处罚决定，绿城受到重罚。2001年12月14日，绿城、吉利联手声讨中国足坛黑幕，揭开了“反黑”风暴的序幕。
2001年12月7日，绿城足球俱乐部召开了股东会临时会议，会议一致同意浙江绿城房地产开发有限责任公司将其在俱乐部持有的占注册资本51%的出资转让给浙江绿城控股集团有限公司。
2004年3月16日，巴贝集团出资1200万元买断了绿城中甲队三年的冠名权，绿城中甲队开始以“巴贝绿城”的名称征战中国足坛。2006年10月21日，2006赛季中甲联赛最后一个客场，巴贝绿城房产队在经历5连胜后，1：1战平河南建业，提前一轮冲超成功。2009年3月，经过董事会讨论决定，将“浙江绿城”更名为“杭州绿城”。
2016年10月30日，在2016赛季中超联赛第30轮比赛中，杭州绿城队主场以2比2战平延边富德队，联赛总积分32分，最终降级。
球队主场设在黄龙体育中心，黄龙体育中心占地面积为1166亩。是一座斜拉网壳挑蓬体育场，可容纳观众近6万人，观众席上部建有遮雨、避阳的屋盖，集体育比赛、文体表演、健身娱乐、商务办公和购物展览为一体，总建筑面积80000平方米。