2012年11月，上海东亚足球俱乐部夺得中甲冠军获得次年征战中超联赛的资格，当年年底，东亚俱乐部得到了上港集团方的冠名赞助，同时俱乐部提出“631”计划，“在中超第一年争前六，第二年夺前三，第三年夺冠军。”
2013年2月27日，上海上港队新闻发布会上宣布高洪波正式成为球队主教练，首个中超赛季，高洪波率队交出10胜7平13负的答卷，球队最终位列中超积分榜第9位，武磊凭进15球的表现，获得中超本土最佳射手称号。年底，高洪波去职到江苏舜天，接替德拉甘担任主教练。
前上海上港队主教练高洪波
2014赛季，外援来了瑞超银靴海森、内援来了李运秋等人，上海上港主帅由救火教练奚志康担任，征战一个赛季之后，上海上港因净胜球劣势位居联赛第五名，没能获得亚冠资格，年底，奚志康交出帅位，转任上港俱乐部领队兼助理教练。
前上海上港队主教练奚志康
2014年底，上港集团全资收购了上海东亚俱乐部，包括一线队和预备队、梯队（不含U15），年底的新闻发布会上，宣布球队新一界主教练为瑞典人埃里克森，领队兼中方教练为奚志康，徐根宝是俱乐部总顾问。2015年在埃里克森的率领下，上港联赛结束取得30战65分，夺得中超亚军，获得来年参加亚冠的资格，球员武磊也第三次获得中超本土射手王称号。
两年内担任上海上港队主教练的埃里克森
2016年，来了外援埃尔克森，赛季中来了胡尔克，赛季末签下奥斯卡，上海上港三线作战，中超、亚冠、足协杯的赛程严重考验俱乐部球员的板凳深度，赛季结束时，老帅埃里克森治下的上港队获联赛第三名，亚冠八强。
前上海上港队主教练博阿斯，足协杯上错失冠军
2017年，欧洲名帅博阿斯上任，这一年的征程大家较为熟悉，联赛里上港面对恒大多轮失败、超车机会就在眼前，但多次未能抓住机会，加上俱乐部对外援管理的放纵，使得多名外援出现犯规禁赛缺阵的现象，最终联赛排名第二，亚冠东亚区第二、全亚洲进入四强，足协杯决赛两回合，博阿斯给自己挖坑，未能派出最有效的主力阵容，将冠军最终送给同城对手上海申花，年底，博阿斯去职。
2017年12月12日下午，上海上港俱乐部召开新闻发布会，宣布两度葡超冠军教练佩雷拉担任球队主教练一职。
新一任上海上港队主教练佩雷拉
上港集团全面接手足球俱乐部以来，三年里已投入资金高达60亿，但也只获得中超亚军、足协杯亚军、亚冠联赛四强的成绩，俱乐部也非常不满意，2018新赛季，肯定为了夺得一次冠军，不惜力的拼搏。