对于日本，中国人的普遍认知可以说存在结构性偏差甚至谬误，而且完全没有意识到这一点。
中国人自幼就形成了对日本的以下印象：与中国人同文同种，同属儒家文化圈，古代即学习引进中国的文化与制度；近代面对西方列强时，二者分道扬镳，日本学习西方文化与制度，摒弃旧有的中华制度，脱亚入欧，成功崛起。
几乎不会有人对此产生怀疑，与此同时，个别对日本深入探究的人，在进一步学习和了解过程中，会逐渐发觉有点不对劲儿：阅读日本文学作品时，会感觉到日本人的心理结构、处事原则、行为方式与中国人差异巨大；语言学家欲将日语归入东亚地区的汉藏／阿尔泰语系，却发现死活做不到这一点——日语从根本上就与周边各民族语言不具备同源关系。
如同1900年前后物理学史上著名的“两朵乌云”最终摧毁了整个物理学大厦一样，循着这些“异样”的蛛丝马迹继续挖掘，会发现越来越多的日本与东亚大陆不兼容之处。“同属儒家文化圈”这一点完全经不起细究，越深入挖掘就“露馅”越多。
在经历了不停打补丁、不断自我安慰“这不过是少数例外而已”——正如一个世纪以前物理学家们所做的那样——的过程之后，才相继醒悟过来：日本压根就不属于东亚文化，相反，从古至今就是西欧人的“*亲近**”，东亚地区的人类学孤岛！
让我们来看一下“触目惊心”的事实。
中国千年以来就是中央集权社会，日本则自古以来封建领主林立、地方高度自治，与西欧完全相同。
中国君主权力巨大，改朝换代频仍；日本天皇万世一系却权力微弱，与“风能进，雨能进，国王不能进”的西欧如出一辙。
中国自古以来公有制为主体，日本与西欧自古以来实行私有制。
中国宫廷实行宦官制度，日本和西欧则从未有过。
中国科举选官，阶层流动剧烈，农民起义家常便饭；日本和西欧贵族世袭，鲜有农民起义，社会阶层几乎不流动。
论及日本民族特性的孤绝东亚，最深刻的例子莫过于科举制的推广。
中国在隋唐以前，阶层流动性较差，世袭严重。隋唐之际开始科举取士，逐渐破除士族世袭，周边国家纷纷效仿并取得成功，比如朝鲜和越南。
日本在唐朝时期也学习了相关制度，实行贡举制度，但由于贵族干政、学官世袭，大学寮基本上为贵族把持。推荐学生参加科举不是依据才学而是比拼名望，致使科举制度逐渐流于形式。
11世纪以后，考生全部由权贵推荐，应考者无条件及第，科举制已完全异化。
对比朝鲜与越南的情形，旨在破除贵族世袭的科举取士在日本严重水土不服，最终还是输给了贵族世袭这一根深蒂固的传统。
与之形成鲜明对照的是19世纪下半叶，中、日两国在面对西方侵袭的大背景下各自推出的自我维新运动。很多人在总结这两个同时期同性质的事件时，着眼于具体举措的得失，而忽略了民族特性的影响。可以说，当时的中国和日本，除了生产力水平，就再无相似之处了。
日本几乎具备一切适宜的软性条件：高度繁荣的商品经济（中国自古鄙视商业，打击商贾，今天依然可觅其迹）、私有制、封建领主体系。而中国的一切都与这套西方体制完全相逆，后来的结果也就可想而知了。同样的西化改革，在日本顺风顺水，在中国则有如逆水行舟。
每一个中国人耳熟能详的是：日本古代起就全方位学习中国，从唐朝引进了制度、建筑风格、服饰等等；茶艺、围棋、书法等中华文化也在日本落地生根。
这些固然能说明一些源自中国的影响，但也仅仅是触及了皮毛而已。今天的中国人穿西装、吃面包，居住和工作在西式建筑中；运动健身时抛弃了太极、武术，而选择了足球、篮球；欣赏源自西方的流行音乐和电影；明星们在完全拷贝西方的颁奖礼上，身着西式晚礼服在舞台上发表西式获奖感言“感谢某某，感谢XX”。
这些显然不能证明中国属于欧美文化圈。大家一定认同，心理结构、思维方式等内在秉性才更能够表征民族性。而日本与西欧的关系就是如此——上千年的历史发展过程与社会结构都极为相似。相比之下，日本与中国就只是表皮相似而已。