在1992年，后期为马三立捧哏的合作者王凤山也去世了。风格独特、技艺炉火纯青的大师级演员，能够找到一位功力相当、与之配合默契的搭档是非常不容易的，况且老来插科打诨，还有年龄匹配的因素。有评论称“马、王二位合作配合默契、精逗严捧、人艺合一，他们合作表演的每一段相声都是传世经典。”痛失臂膀，马三立的痛心、惋惜可想而知。
但那时的马三立没有多少闲余伤感，相声、观众都需要他。王凤山逝后，他就只说单口的小段节目了，这一来倒另辟蹊径，开拓了又一艺术天地，随着《家传秘方》《八十一层楼》《讲卫生》《练气功》《卖鱼》《内部电影》《老头醉酒》等小段的广为流传，他的保留节目增添了新的内容。他以老者的神态、语气讲笑话，往往从大家熟悉的生活琐事说起，乍听起来絮叨细碎，茫无头绪，可就在你不知不觉间流水无痕地转入正题了，他仍旧不慌不忙循循善诱峰回路转，直至“包袱”设就，从容“抖”开，让你先怔一下才幡然醒悟忘情失笑，而且越笑越有味道，有时还会依稀咀嚼出一丝哲理来，这就是大师的功力和境界了。
大师的幽默又是不受舞台限制的，晚年的马三立似乎随时随地能够抓出笑料，足迹所到之处信手拈来，得心应口，激起笑声一片。接受采访或出席活动，往往有人要求拍照，当时还没有数码相机，人家刚把照相机举起来，他随意问道：“胶卷是正品吗?”没等对方反应过来，接着要求：“现在骗人的事太多，不行，先打开看看！”拍照者急了：“一打开胶卷不就……”话到半截，他和在场的人就都乐了，原来是个“包袱”。
马三立大师去劳教所向失足少年讲话，走下汽车就有两位女警察从两边搀扶，记者一路追随照相，走着走着，马三立忽然温和地对女警察说：“能不能由一位扶着我？”女警察不解：“马老，您年纪大了，两人扶着走不是更稳当吗？”他显出为难的样子回答：“是，这样是稳当，可你们看这么多记者照相，明天一准见报，群众看见我让俩警察架着往里走，会说马三立这么大年纪还犯案，这不，被警察押着进监狱了！”此话一出，据说扶着他的两位女警察弯下身，半天没直起腰来!
马三立经常在台上说相声时自称“马大学问”，其实生活中的他确实爱读书，到老仍手不释卷，并且兴趣广泛，博闻强记。他早年的名作多是“文段子”，以擅长文哏著称，内容离不开引经据典之乎者也，虽然往往是“歪批”，原文却是货真价实的。他说来流畅自如，一气贯通，断句、语气准确妥帖，和他在古书上下过很深的功夫是分不开的。他读书涉猎的面很广，从古诗文到演义、评话、野史、传奇、志异、“笑林”以至科普读物都读，为了在相声中讥讽算卦迷信，还读了许多相书。他认为相声演员“肚子是杂货铺”，为此他一直忙中偷闲见缝插针勤读不已。
除了读书，他还喜欢看戏。戏曲和曲艺历来不分家，看戏是他的老爱好，结交了许多梨园行的朋友，还能粉墨登场，晚年偶尔在庆典或联欢性的合作戏中“客串”角色，虽然嗓音欠佳，却总能为之增色添彩。他还爱好国画、书法，爱看足球。
1998年，马三立在中国大戏院参加全市抗洪救灾募捐义演，时年84岁。
这是他最后一次登上这家历史悠久的名剧院舞台。在此前后，他开始越来越明显地感觉到身体和精力的变化了。
民间有一种“三短”的说法：春寒、秋暖、老健。指的是这三个现象都难以持久，春寒料峭，接下来就将转暖入夏;秋日和煦，离凛冽寒冬已然不远;人老犹健，实际上身体机能衰落的步伐一直没有停止，到一定时候还会“加速度”。马三立在纸上写下了：“风前之烛瓦上的霜 珍惜声望 莫追时尚”。
前两句，像是戏中常用来形容桑榆暮景的唱词，比喻形象而意境苍凉。后面两句则是郑重的自勉，强调老人最后要珍惜和坚守的艺术和人生的准则。
晚年的马三立始终律己甚严，曾经自拟“养心安神十一条不该”和为人处世的“三别、三不、三对、三要”。“十一条不该”中，有“不该办的事情，莫办;不该去的地方，不去;不该用的物品，不买;不该要的礼物，不收……不该得的报酬，不要”，“三不”是“不为名利得失伤脑筋，不羡慕妒忌大款大腕，不在艺术上消极灰心”，“三对”是“对自己的声望，珍惜;对道德品行，端正;对衣食住行，知足。”谁能想到，盛名之下的相声大师，老来给自己立下这么多严格的规矩。
马三立晚年，先是住进天津市第一工人疗养院，后转入以他命名的老年公寓，间或也应邀到津郊东丽区“马三立老人园”小住。
2000年，因身体不适住进医院检查，确诊为膀胱癌。
2001年接受第一次手术。术后病情缓解，体力虚弱，把吸了五六十年的香烟戒掉了。住院期间仍然乐观、豁达，笑口常开。术后伤口疼痛，医生说实在太疼就打止疼针，他问是打杜冷丁吗?医生称是，他知道杜冷丁类*醉药麻**容易上瘾，忍着疼痛不让多打，告诉医生：“少打这样的针，回头病好了 出院没回家，从医院直奔戒毒所就麻烦了！”在场医护人员都忍不住笑。
马老生前，曾借宋人程颢的诗抒怀：“云淡风轻近午天，傍花随柳过前川，时人不识余心乐，将谓偷闲学少年。”
他原为让人笑的，他坚持到了最后。