出于经营战略的考虑，企业会考虑出售名下的不动产，包括土地、厂房等。如果直接将不动产作为资产买卖，考虑到不动产的原始获得成本，可能会产生较高的土地增值税成本。如果能以股转方式转让则公司股东可能只需要缴纳个人/企业所得税、印花税，大大减轻了税负成本，税率见下表：
一、税筹路径举例说明
假设某甲公司拟将公司名下的不动产转让给乙公司。甲公司作为运营多年的生产性企业，其资产除了不动产外还包括了机器设备。甲公司（转让方）和乙公司（受让方）考虑通过以下三种方案开展交易。
二、具体法律分析
（一）税收法定基本原则不可违反
根据《中华人民共和国立法法》第八条、第九条规定，税收基本制度只能通过法律制定；第八条规定的事项尚未制定法律的，全国人民代表大会及其常务委员会有权作出决定，授权国务院可以根据实际需要，对其中的部分事项先制定行政法规，但是有关犯罪和刑罚、对公民政治权利的剥夺和限制人身自由的强制措施和处罚、司法制度等事项除外。《土地增值税暂行条例》第二条规定已明确，土地增值税是对“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人”征税。
股东转让股权与不动产的所有权人转让不动产是完全不同的行为，对应不同的纳税科目，不能将股东转让股权的行为与转让不动产的行为混为一谈；当股东转让其持有的公司股权时，标的公司并未发生房地产转让的应税行为。根据上述规定确立的“税收法定原则”，股权转让不属于土地增值税的征税范围。
（二）人民法院裁判观点
马庆泉、马松坚与湖北瑞尚置业有限公司股权转让纠纷二审案（案号：【2014】民二终字第264号）判决书中，最高院二审认为：“……股权与建设用地使用权是完全不同的权利，股权转让与建设用地使用权转让的法律依据不同，两者不可混淆。当公司股权发生转让时，该公司的资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利由转让方转移到受让方，而作为公司资产的建设用地使用权仍登记在该公司名下，土地使用权的公司法人财产性质未发生改变。……公司在转让股权时，该公司的资产状况，包括建设用地使用权的价值，是决定股权转让价格的重要因素。但不等于说，公司在股权转让时只要有土地使用权，该公司股权转让的性质就变成了土地使用权转让，进而认为其行为是名为股权转让实为土地使用权转让而无效。……由于转让股权和转让土地使用权是完全不同的行为，当股权发生转让时，目标公司并未发生国有土地使用权转让的应税行为，目标公司并不需要缴纳营业税和土地增值税。如双方在履行合同中有规避纳税的行为，应向税务部门反映，由相关部门进行查处。”
司法实践中，人民法院往往会区别股权转让和房地产转让两种情形，认定前者情况下并不存在缴纳土地增值税的义务，相应股权转让协议依法有效。
（三）税务机关的批复及网上答复意见
《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）内容如下——你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报[2000]32号）收悉。鉴于深圳市**集团有限公司和深圳**投资股份有限公司一次性共同转让深圳**（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”
12366纳税服务平台上各地税务机关对该问题的网上答复并不具有一致性。2022年1月5日，浙江纳税服务平台有留言：国家税务总局分别在2000年、2009年和2011年分别以批复（国税函【2000】687号、国税函【2009】387号、国税函【2011】415号 ）的形式，对广西壮族自治区税务局和天津市地方税务局请示的三起股权转让个案进行回应，要求征收土地增值税。请问，在上述案例中，最后税务机关要求征收土地增值税，也就是缴纳土地增值税的义务主体是哪一方？答：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）规定：第二条 转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。https://12366.chinatax.gov.cn/nszx/onlinemessage/detail?id=8e4f1022221d435b851453b87f25b16c
与此相反的是，福建税务2021年12月12366咨询热点难点问题集 14.A企业将B企业的股权转让给C企业，B企业名下有不动产，上述业务中是否需要缴纳土地增值税？答：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第二条规定：“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。”因此，A企业将B企业的股权转让给C企业，不动产始终在B企业名下未发生转移，不需要缴纳土地增值税。
http://fujian.chinatax.gov.cn/bsfw/nsfwrx/12366wtj_201/202201/t20220110_439621.htm
三、实务建议
综上所述，股转交易中，如果转让方转让的股权底层资产主要是不动产，则主管税务机关从穿透原则上可能会认定该等股权转让的实质为不动产转让，从而追征土地增值税。
但是笔者认为上述税收风险是总体可控的。原因有二：其一，因为无论是国家税务总局的个案批复，还是地方税务机关针对个案的网上回复并不具有普遍适用性；同时，该等文件或者回复既非法律法规规章，亦非税收规范性文件，如果税务机关在执法中如果套用该等文件对股权转让行为征收土地增值税，存在一定的执法风险。其二，从土地增值税的计税方式来看，股转并不导致税源的流失。股权转让也只是股东的变换，土地使用权权属没有变化，股权无论经过多少次转让，土地无论如何增值，公司初始受让土地支付对价的成本不变。但是，只要不动产发生了权属流转，公司就需要按最终的实际房地产销售价与最初的房地产成本价之间的增值部分缴纳土地增值税。
根据笔者的实务经验和与同行的交流，除X南省外，绝大多数的税务机关均未按照国税函〔2000〕687号的口径来对股权转让行为征税土地增值税。由于该函件实质上针对某一特定案例，公司在进行股权转让时候不妨采用与该案件不同的方案，例如广西案例转让方采用“一次性共同转让”，那么通过分步转让股权的方式，就能从一定程度上降低被认定为“明股实地”的涉税风险。