就在北大、清华、南开等校师生向长沙逃亡之时，傅斯年已随一批*国党**大员回到南京，主持中央研究院总办事处日常工作。
史语所自北平迁入上海后，未久即转迁南京北极阁，与中央研究院总办事处驻在一处，算是落地生根，安顿下来。
1936年春，继杨杏佛之后担任中央研究院总干事的丁文江因煤气中毒不幸在长沙去世，蔡元培与傅斯年共同邀请朱家骅接任总干事。
是年冬，朱家骅被国民政府任命为浙江省主席，成为威震一方的封疆大吏。
不久，卢沟桥事变爆发，日军即有进攻上海、迫近南京之势，华东陷入全面危急，朱家骅已无法继续兼顾中研院事务，只好请傅斯年出面代理。
而这个时候，中央研究院已由最初的几个所，发展到十个研究所，开始步入历史上的鼎盛时期。
从庐山回到南京的傅斯年，开始以事实上的总干事身份处理中央研究院各项事务，史语所只是他掌控大局中的一个组成部分。
就在傅斯年上下奔波，忙得焦头烂额之时，淞沪抗战接着爆发。
1937年8月13日，驻上海日军与张治中第9集团军因虹口机场的“大山勇夫事件”发生摩擦并交火，日军乘势向江湾、闸北中国驻军发起进攻，中国*队军**奋起抵抗，举世瞩目的淞沪抗战拉开了序幕。
8月15日，日本政府紧急动员两个师团开往中国，并拟成立作战大本营，中日战争机器全面开动，就此踏上了不是鱼死就是网破，不分胜负决不罢兵的不归路。
8月17日，国防最高会议国防参议会在南京召开，胡适、傅斯年、蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓等学界要人出席了会议。
在这次会议上，傅斯年力主中央研究院各研究所以及平津重点大学，内迁长沙与南昌一带城市暂避。这个请求得到了多数与会者的响应与支持，并很快形成了政府决议。
蒋介石受全民抗日激情的影响，下定决心与日本一战，同时，又希望在外交上能得到英美等国的同情和支持。
当天的会议，决定派胡适出使美国，蒋百里出使德国，孙科出使苏联，争取国际援助，压制日本的嚣张气焰。此时，胡适已完全抛弃了过去坚持与日本和谈的梦想，发出了“和比战难百倍”清醒而符合时代大势的呼声。
未久，胡适从香港乘飞机抵达旧金山，开始了被他自己誉为“过河卒子”的外交生涯。
8月23日，日军将领松井石根率领第3、第11师团在吴淞登陆，日军实力大增。9月11日，日军第9、第13、第101等三个精锐师团也抵达上海，与先前部队兵合一处，向中国*队军**发动全线攻击，守军拼死抵抗。
蕰藻浜、苏州河之战，双方死亡惨重，成堆的死尸阻断了航道，血流成河，浜水皆赤。
上海战事正酣，南京国民政府已开始设法动用运输力量，把国家珍宝、工业设施、战略物资和科研设备，经长江、陇海铁路和各条公路悄悄运往内地，以保存实力，准备长期抗战。
与此同时，根据国民政府命令，中央研究院各研究所也开始向长沙与南昌一带迁徙。
决策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆扎物资仪器，打点行装，准备起程。
同时，他满怀豪情地写下了岑参《轮台歌奉送封大夫出师西征》诗，以此鞭策自己，激励同事：“ 轮台城头夜吹角，轮台城北旄头落。羽书昨夜过渠黎，单于已在金山西。戍楼西望烟尘黑，汉军屯在轮台北。……古来青史谁不见，今见功名胜古人。”
早在淞沪战事爆发之前，中央研究院史语所考古组已根据战争形势，在富有远见和责任心的李济指挥下，开始对历次发掘器物和各种器材进行打包装箱，准备内迁。
据史语所《大事记》民国二十六年（1937年）七月条载：
“ 本所随本院西迁，先选装最珍贵中西文图书、杂志及善本书共六十箱，首批运往南昌农学院，其余一千三百三十三箱分批运长沙。但部分殷墟出土的人骨、兽骨及陶片等，限于运输工具，暂留原址。”
八月条：“ 本院组织长沙工作站筹备委员会，本所迁入长沙圣经学院，所长傅斯年仍留南京，派梁思永为筹备会常务委员。”
《大事记》所说的殷墟出土物，为史语所三组人员在安阳小屯发掘的古物。
早在史语所正式成立之前，富有学术远见和办事才干的傅斯年就指派时任中山大学副教授、史语所通信员的董作宾，悄悄赶往安阳殷墟，对甲骨出土地进行调查并收集甲骨了。
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此时，距光绪二十五年（1899年）秋，甲骨文被时任国子监祭酒的山东烟台福山人王懿荣发现，已有三十多年。
傅斯年决定派34岁的河南南阳人董作宾前往甲骨文出土地——安阳调查的时候，曾遭到不少学者的反对，以罗振玉为首的大部分金石学家和古器物学家认为，安阳之地“宝藏一空矣”，没有发掘的价值。
但是，董作宾到达安阳后，通过实地调查得知，小屯地下埋藏的有字甲骨，并不像罗振玉等人所说的那样已被挖尽，他从当地农民盗掘甲骨留下的坑痕做出判断，殷墟规模庞大，地下遗物十分丰富，且遗址破坏严重，有组织的科学发掘已到了刻不容缓的紧要关头。
董作宾在向傅斯年报告中颇为焦虑地宣称：“迟之一日，即有一日之损失，是则由国家学术机关以科学方法发掘之，实为刻不容缓之图。”
傅斯年得知安阳殷墟情形，惊喜交加，马上筹措经费，购置设备，调配人员，在中央研究院蔡元培院长的大力支持下，组成由李济、董作宾等为首的殷墟科学发掘团，开赴安阳进行发掘，从此揭开了殷墟发掘的序幕。
这是史语所继内阁档案之后，找到的又一丰富的研究资源，通过对殷墟的科学考古发掘，湮没了3000多年的殷商历史大门轰然洞开，传说中的古代灿烂王朝终于露出了它的真容。
1934年秋到1935年秋，由史语所三组考古学家、梁启超之子梁思永主持的第10、11、12次殷墟发掘，对已发现的王陵迹象紧追不舍。
此时，参加发掘的专业人员达到了鼎盛之势，除总指挥梁思永外，另有董作宾、石璋如、刘燿（尹达）、祁延霈、李光宇、王湘、胡福林、尹焕章、马元材、徐中舒、滕固、黄文弼、李景聃、高去寻、潘悫、王建勋、李春岩、丁维汾、刘守忠、王献唐、富占魁、夏鼐（实习）、吴金鼎（访问）、傅斯年、李济（视察），以及法国汉学家伯希和（访问），河南大学、清华大学等部分师生。
一时间，在几十平方公里的殷墟发掘工地上，大师云集，将星闪耀，气势如虹。
殷墟考古发掘现场旧照 图片来自网络
胸有成竹的梁思永充分表现出一个战略家的宏大气魄，规划周密，指挥若定，每天用工达到500人以上，遗址得以大面积发现，连续发掘了10座王陵，以及王陵周围1200多座小墓和祭祀坑。
他们所发现的商代墓葬规模巨大，雄伟壮观，虽经盗掘，成千上万件的精美铜器、玉器、骨器等出土*物文**仍令举世震惊。
1936年春、夏，郭宝钧主持的第13次发掘，在寻求甲骨方面也取得了突破性进展。他们在著名的编号为YH127号商代灰坑，一次发现带字甲骨17096片，其中有300多块是未破损的整版甲骨且刻有卜辞。
更为重要的是，这些甲骨出于同一坑中，说明相互之间有某种内在的联系，比之零星出土的传世甲骨残片，其学术价值更高一筹，这一重大发现，令学者们欣喜若狂。
同年秋冬，由梁思永主持的第14次发掘，于小屯村北部两区开掘探方60个，面积3950平方米，发现版筑基址26处，灰坑122个，墓葬132座以及多条水沟等，一批精致的青铜礼器、玉石器及大量陶器、青铜*器武**随之出土。
其间，由高去寻主持发掘的大司空村，开挖探坑63个，面积达1100平方米，发现殷代窖穴29个，殷代与战国墓葬91座，出土了一批重要*物文**。
1937年春，由石璋如主持的第15次更大规模的殷墟发掘再度展开，从3月16日开始，一直延续至6月。
此时，华北已是战云密布，局势一日紧似一日，日本人磨刀霍霍，即将血溅中原。面对一触即发的中日大战，为防不测，殷墟发掘不得不于6月19日匆匆结束——这是抗日战争全面爆发之前最后一次发掘。
至此，从1928年开始的殷墟发掘共进行了九年15次，出土有字甲骨24918片，另有大量头骨、陶器、玉器、青铜器等器物出土，其发掘规模之大，牵涉人员之多，收获之丰，前所未有，世所罕见。
殷墟考古发掘出土的带字甲骨旧照 图片来自网络
这一创世纪的伟大成就，正如后来著名考古学家、美国哈佛大学人类学教授张光直所言：“在规模上与重要性上只有周口店的研究可以与之相比。但殷墟在中国历史研究上的重要性是无匹的。”
战情紧急，发掘人员于匆忙中，将出土器物整理装箱，风尘仆仆押运到南京钦天山北极阁中央研究院史语所大厦，喘息未定，额头的汗水尚未抹去，震惊中外的卢沟桥事变与淞沪会战相继爆发，史语所人员被迫对这些发掘物再次进行处理和转运。
此次行动，按照史语所研究人员石璋如的说法，首先选择重要的*物文**装箱，“像骨头就选人骨，其他部分就留下，这也是一种决定”。
根据不同的情况，傅斯年与李济、梁思永商定，已捆装完毕的60箱最珍贵中西文图书及善本书等，由李济亲自负责押运到南昌农学院保存，其他1300多箱出土器物，陆续运到南京下关码头装船，分批运往长沙，由梁思永总负其责，组织雇用船只、运输和安置。
经过一个多月的忙碌，史语所物资、人员陆续抵达长沙圣经学院。
就在北大、清华、南开三校和中央研究院下属的几个研究所，在长沙圣经学院空旷的校区安顿下来之时，从后方退出的大批机关单位、知识分子、工人、商人、难民、乞丐、无产者等各色人物，潮水一样纷纷向长沙涌来，整座城市已呈人满为患、混乱不堪之势。
而每一股难民潮的涌入，都标志着前线战场国军溃退以及大片国土的丧失。
11月12日，远东最大的海港城市上海失陷，日军向江浙一带进发，中华民族到了最危急的紧要关口。
12月5日，日军开始*攻围**南京，中国10万守军在司令官唐生智的指挥下拼死抵抗，伤亡惨重但未能阻止日军的凌厉攻势。
12月13日，日军攻占南京，这座散发着浓重的脂粉与墨香气味的六朝古都，顿时淹没在鲜血、*吟呻**与绝望的哀号之中。放下*器武**的中国官兵被集体*杀屠**，30余万手无寸铁的无辜市民遭到杀戮，日军像出笼的野兽一样，在大街小巷疯狂*暴强**泪尽滴血的中国妇女。
连续40余日的屠城，横七竖八的尸骨满目皆是，扬子江成为一条流动的血河，整个南京笼罩在“天雨粟，鬼夜哭”的阴霾恐怖之中。消息传出，举世震动。
此时，全世界每一个关注中国命运的人，都感受到了1937年隆冬，那来自远东地区强烈的震撼与滴血的呼喊。
紧接着，杭州、济南等重量级省会城市于12月下旬陷落。
由于平汉铁路沿线的保定、石家庄、新乡等军事重镇相继失守，长江沿岸的上海、南京、芜湖等地区陷落，骄狂的日军开始集结精锐部队，沿长江一线大规模向西南方向推进，地处两条干线交会处的军事要道武汉三镇，立即成为中日双方注目的焦点和即将进行生死一搏的主战场。
12月14日，蒋介石由江西抵达武昌，紧急布置军事防务，国民政府最高统帅部加紧了武汉大会战的策划和兵力集结。
大战在即，而长沙与武汉只有300公里之距，一旦武汉失守，长沙势难独撑。面对危局，无论是刚组建不久的临时大学，还是中央研究院在长沙的几个研究所，又一次面临迁徙*亡流**的历史抉择。