横滨水手前身为1972年创建的日产汽车足球队，以神奈川县横滨市，横须贺市，大和市为主场，是J联赛最初加盟10支球队之一。夺得过日本国内三大主要赛事冠军（J1联赛，J联赛杯，天皇杯），是日本国内冠军大满贯，J联赛初期卫冕过亚洲优胜者杯，是首支夺得亚洲赛事冠军的日本俱乐部，从未降级到J2联赛，是日本国内最成功球队之一。
球队名"Marinos"在西班牙语中为"水手"，"海员"，意味着球队将以国际港口横滨为起点，横渡7大洋，走向全世界。
横滨水手原为日产汽车独立出资赞助，1999年与同市球队横滨飞翼（同为J联赛最初10支球队）合并时，横滨飞翼母公司全日空（ANA）出资30%，日产出资70%，2002年2月1日日产又将全日空所持股份全资收购，又成为日产独资足球俱乐部。2014年7月城市足球集团（CFG）收购横滨水手20%左右股份，成为仅次于日产的第2大股东，横滨水手也顺势加入城市集团俱乐部行列（曼城，墨尔本城，纽约城，四川九牛等）。
2016年，日产汽车决定将因燃油效率测试作弊而陷入财务困境的三菱汽车纳入旗下进行重组，但同为J联赛浦和红钻队母公司为三菱汽车，因而违反了《J联赛章程》（同一母公司不能交叉持有不同球队），日产汽车将所持浦和红钻股份交易到三菱汽车母公司三菱重工，从而解决了该问题。
2003年，2004年为俱乐部黄金一代，在主教练冈田武史的指导下，柳想铁，松田直树，那须大亮，中泽佑二及久保龙彦等一众主力，夺取J1联赛冠军，2004年赛季成功签入韩国国脚安贞桓，再次卫冕J1联赛冠军，实现两连冠。
之后成绩回归平淡，2010年，中村俊辅从欧洲回归球队，13赛季夺得联赛亚军，天皇杯冠军。
2019年开始又重返巅峰，在现热刺主教练主教练波斯特科格鲁的带领下，稳固防线为前提，以快速进攻打法成功击败多支劲旅，夺得2019年联赛冠军。2021年亚军，2022年冠军，本赛季的亚军。
俱乐部史上，目前就缺一座亚冠冠军奖杯，趁着巅峰时期，尽快夺得一座亚冠奖杯成为了最主要目标。近些年由于新能源汽车的普及，日产汽车也陷入了销售低谷，日产也在日本本土推出了多款EV电动汽车，积极布局市场。但在电动车竞争激烈的国内市场，尽管推出了e-POWER技术，以及纯电车型-Ariya，但销售量依旧不是很乐观。由此可见，我们国产新能源的强大，期待更多的外道超车。包括足球。