出生于足球城大连的崔鹏从小喜欢足球，就读于著名的东北路小学，并在东北路小学开始了较为正规的足球训练。时任东北路小学主教练柳忠云曾言，在学校时，崔鹏训练非常刻苦，所以一直是同年龄球员中的尖子。
1999年夏天，鲁能足校的张海涛指导亲自来到大连，去崔鹏家找崔鹏的父亲时，曾说过：崔鹏这孩子是个好苗子，将来肯定能打出来，你让他去山东肯定没错，你也别看这孩子身高不高，这都没关系，他只需要长到一米七五就够用了，我们有一套合适他的踢法。正是张海涛指导的这句话让崔鹏父亲下定了决心，让崔鹏到了鲁能足校。
2004赛季，鲁能队大胆启用年轻球员，崔鹏凭借着出色的天赋和刻苦努力的训练态度得到了时任山东鲁能主帅图拔科维奇的认可，2004年联赛快要结束的时候，经过鲁能教练组的多次考察，图拔教练将他从足校调入了一线队。
在鲁能足校磨练球技的崔鹏
2005年亚冠，十七岁的崔鹏在与横滨水手的比赛中上演鲁能首秀，年轻的崔鹏在场上毫无畏惧，精准的滑铲是他的标志性动作，敢拼敢抢的他开始被鲁能球迷称为“拼命三郎”。 2006年，山东鲁能队在中超联赛创造十三连胜、提前六轮夺冠等多项纪录。十九岁的崔鹏与周海滨、日科夫、郑智一起，组成了鲁能的主力中场，夺得双冠王。此后在2008年和2010年，作为鲁能队的主力后腰崔鹏又随鲁能再夺两座中超冠军。
2005年世青赛崔鹏随国青队出战，脚下技术出众的他是球队主力后腰，小组赛三比二击败乌克兰国青的比赛中，崔鹏斩获一粒进球，那一届世青赛中国队最终以小组头名出线。之后崔鹏又随国奥队参加了北京奥运会，虽然国奥队的表现不尽如人意，但崔鹏在场上的发挥还是可圈可点的。
出战北京奥运会的崔鹏
2010年后，崔鹏的体重开始渐渐失控，他本身就是易胖体质，加上他的训练并不严谨、科学、系统，他的体重超标严重，开始跟不上球队的节奏了。2011赛季在对阵恒大队的比赛中，崔鹏在拼抢中腿部韧带部分撕裂以及半月板损伤。伤愈复出后，崔鹏在鲁能队中的地位一落千丈，出场机会寥寥。2014年夏天，二十七岁的崔鹏被租借至中甲球队成都天诚队。
结束租借的崔鹏在2014年底回到鲁能队。由于不在库卡教练的计划内，崔鹏没能入选2015赛季鲁能队中超大名单，只能通过业余比赛来保持状态。2016年初，崔鹏加盟石家庄永昌队。初到永昌队的崔鹏迅速占据球队主力位置，这名负责覆盖本方半场抢断的防守悍将正在逐渐找回巅峰时期的状态，但赛季中期不幸遭遇的伤病却使得他提前告别了2016赛季。
2015年底，崔鹏加盟石家庄永昌队
2017赛季开始前，从德国养伤归来的崔鹏曾随鲁能预备队的队员在昆明进行恢复性训练。这半年的时间，虽然无球可踢，但崔鹏一直坚持在健身房和进行有球训练，他的目标只有一个，重新回到赛场。2017年夏天，崔鹏与鲁能队签下一份“0.5+1”的合约，2017下半赛季，崔鹏将代表鲁能队出战预备队联赛。
与鲁能队合约到期的崔鹏在2020年夏天以自由身加盟中甲新军昆山FC队，作为昆山队名气最大的球员，崔鹏担任球队的队长，而且他的表现也是非常的出色，在场上不仅可以帮助球队梳理进攻，还可以加强球队的防守，可以在防线身前形成一道有效的保护屏障。
新赛季，崔鹏将继续带领昆山FC队完成冲超目标，加油崔鹏。