毕尔巴鄂队起源于19世纪末，它是那个时代的产物。在19世纪末由于英国和比斯开地区商业和文化交流的日益扩大,使得比斯开地区的人们看到了英国工业的强大和各种新鲜事物，于是渴望进步的资产阶级青年们纷纷离开毕尔巴鄂港口去英国学习先进的工业技术，在英国这些人看到了足球这项运动并喜欢上了这个由两队组成每队11人的运动，且还组建了一个队叫毕尔巴鄂队的球队。
当这些人回国以后，这项运动就以令人惊异的速度开始传播和发展起来，并组建了巴斯克地区的第一个俱乐部毕尔巴鄂俱乐部。终于在1901年9月5日毕尔巴鄂俱乐部成立了，由圣何塞担当第一任主席并由33个会员组成。毕尔巴鄂竞技队在1902年夺得比斯开杯，成为了西班牙联赛的第一个冠军，在以后的几年中毕尔巴鄂队都十分活跃。
1910年至1936年是俱乐部发展最为重要的一个时期，此时从事足球的青年人和球迷与日俱增，并且在这时俱乐部花费89000比塞塔买下一块地，建造能容纳3500人的体育场。1913年8月21日圣马枚斯体育场正式建成。毕尔巴鄂竞技队在1916年决赛中击败皇家马德里队又一次夺得冠军。从1941年到1950年毕尔巴鄂竞技队四次问鼎联赛冠军。
2000之后，毕尔巴鄂在德国明帅海因克斯的带领下取得了不错的成绩，然而上赛季他和俱乐部出现摩擦，由二队教练巴尔韦德担任主教练并取得了非常好的成绩。本赛季，他们只是从B队提拔了两名新队员。这已经是他们连续五年没有通过转会市场引进外援了经过上赛季一年的磨合，主帅巴尔韦德也从一名不为人知的二流教练成为西甲一名特点鲜明的教练。