本次全国青少年男子足球U16联赛第二阶段的比赛，共40支参赛队，和联赛第一阶段队伍数一致。该年龄段第二阶段，分别将队伍划分在山东潍坊、河南漯河、江苏海门、湖北孝感四个不同的赛区先后完成比赛。 江苏海门赛区L组5支球队，于26日率先打响该年龄段第二阶段的比赛。
联赛第二阶段竞赛安排U16
U16联赛第二阶段，四个赛区先后开赛。潍坊赛区队伍27日报到，29日开赛，5月7日完成比赛。漯河赛区队伍29日报到，5月1日开赛，5月8日完成比赛。海门赛区队伍24日报到，26日开赛，5月3日完成比赛。孝感赛区队伍27日报到，29日开赛，5月6日完成比赛。
上区12支参赛队 比赛地点：山东潍坊
潍坊赛区将在29日展开第二阶段的首轮比赛。
潍坊赛区赛程如下
U16联赛第二阶段，下区J组、K组10支队 比赛地点：河南漯河
J组和K组的5支队分别由该联赛第一阶段下区E、F、G、H、I组，获得积分榜排名第一和第二的队伍组成。
参加第二阶段漯河赛区比赛的10支队伍，将在5月1日展开第一轮角逐，共五轮20场比赛，8日进行最后一轮比赛。
漯河赛区赛程如下
U16联赛第二阶段，下区L组5支队 比赛地点：江苏海门
L组5支队由该联赛第一阶段下区E、F、G、H、I组，获得积分榜排名第三名的队伍组成。
参加海门赛区第二阶段比赛的队伍，26日将率先打响该联赛的阶段的第一枪，共五轮10场比赛，将在5月3日完成。
海门赛区赛程如下
U16联赛第二阶段，下区Ma组、Mb组11支队 比赛地点：湖北孝感
参加孝感赛区第二轮比赛队伍抵达赛区时间同潍坊赛区，同样是在29日展开首轮比赛。
孝感赛区赛程如下
