托马森自从加盟的AC米兰以来，有很长的一段时间都没有得到什么机会。直到03~04赛季，托马森的出场时间得到了提升，他也在各项比赛中打进15球，其中意甲的12粒进球大多都是在替补出场时完成的，因此丹麦人也成为那一年意甲最高效的得分手。托马森优异的表现，让时任米兰主帅安切洛蒂称其为，“球队的福星，优秀的帮手”。
在AC米兰的最后一个赛季，托马森的状态有所下滑，只为球队攻进了9球。在经历了欧冠决赛被利物浦神奇逆转后，托马森离开了红黑军团，加盟德甲斯图加特。从此，托马森的职业生涯开始漂泊，也开始下滑，在斯图加特度过了一个半郁郁寡欢的赛季后。托马森在2006年来到了西甲的比利亚雷尔了，丹麦人也因此成为国际足坛少数几位在欧洲主流四大联赛都进过球的球员。除了意甲、德甲和西甲。其实早在21岁那年，托马森就曾在英超的纽卡踢过一个赛季，不过由于伤病等因素，他的发挥没有得到当时的主教练达格利什以及球迷的认可，经验匮乏的托马森只为球队打进4球。
在国家队的层面，托马森是一位极其高效的射手，他一共为丹麦国家队攻入52球，和尼尔森一起并列为丹麦历史进球最多的球员。此外，他还在02年和04年两次当选丹麦足球先生。而他和桑德组成的丹麦锋线，成为了我看球快20年来，最美好的一段回忆。在体验了多个国家的联赛后，托马森在2008年重新回到了费耶诺德，并在那里继续踢了三个赛季。2010年的南非世界杯成为了托马森作为职业足球员的最后回忆，在和日本的小组赛中尽管他取得了进球，但也在比赛中不幸受伤。由于这一次的伤病，托马森甚至在2010-11赛季没捞到一次上场的机会。无奈之下，当时35岁的托马森只好宣布挂靴。
在召开新闻发布会的那天，丹麦人动情地说到：“这是无比悲伤的一天。我已经恢复一年多了，但医生告诉我，至少还需要三个月，而且不保证能恢复完全。成为一名职业球员是无与伦比的一件事，我为自己的生涯感到骄傲。”托马森曾经透露，自己是一名狂热的足球份子，他热爱绿茵场。所以在挂靴后，托马森没有远离足球，他在荷兰开始了自己的教练生涯。他的教练生涯首战选择了鹿特丹的另一支球队，鹿特丹精英助理。在那里，他从助教起步，能力在得到了高层的认可后，在2013年转为主教练。