从小对足球颇感兴趣的杨云在十二岁时进入申花足校。在申花足校求学杨云，在前几年的时间里还是按部就班的训练。2003年，身体条件出众的杨云进入申花U17梯队，之后他也顺利地进入了U19梯队。
2007年初，时任申花主教练吴金贵一眼看中了杨云的潜力，把他从预备队挑到一队。但随着申花和联城的合并，使得球队的一线队和预备队一下子人满为患。
2008年五月，申花队曾经与来访的意甲豪门尤文图斯队在上海体育场进行了一场友谊赛。两队随后还达成一项协议，尤文将挑选一名年轻球员前往试训。时任尤文主帅拉涅利相中了二十岁的杨云。
2009年四月初，杨云开始和尤文图斯预备队合练。在刚刚抵达预备队后，杨云就随预备队和尤文图斯一线队打了一场比赛，在那场比赛中杨云表现不俗，令尤文图斯预备队的主教练队对杨云赞不绝口。
由于放假等方面的原因，杨云在短短为期十天的试训中只跟随尤文图斯预备队训练了四堂课。不过，最让杨云惊喜的是，在他回国前的最后一次训练，他被安排与一线队进行训练。能在现实中与皮耶罗、布丰等巨星一起训练，这令申花小将受益匪浅。
在尤文图斯试训的杨云
从意大利“镀金”归来的杨云自信满满，期望能够在申花一线队好好表现，希望有机会早日进入申花十八人大名单，参加中超联赛。但现实却是残酷的，无法跻身一线队的杨云只能还是委身预备队，还一度因为状态达不到预备队的要求，被申花俱乐部将会在二次转会上挂牌上榜。
重回申花队杨云
时任南昌衡源队主帅、杨云的申花足校恩师朱炯指导伸出援手。加盟南昌衡源后，杨云被主教练朱炯委以重任，成为南昌衡源队的主力后卫。杨云也用行动证明了自己的能力，不仅成为南昌衡源队后防线的中流砥柱，还打进了两粒进球，助南昌衡源队顺利冲超。
2010赛季算是杨云职业生涯意义上的第一个中超赛季。作为球队主力中卫，杨云代表南昌衡源出战二十一场中超联赛，是球队后防线的核心球员之一。
2010赛季结束后，结束租借的杨云重返申花队。经过了两个赛季的锻炼，这名出自申花青训营的小将，原本以为可以得到更多的比赛机会，但是在申花队先后引进了忻峰、安古洛和达卡等内外援，杨云只能跟随预备队进行训练，更不要说进入一线队，打上主力了。为了获得更多比赛机会，杨云加盟中甲球队重庆力帆。2017年初，效力重庆力帆六个赛季后，杨云转投另一支中甲球队青岛黄海。两年后，杨云加盟冲超热门球队石家庄永昌。
如今，三十四岁的杨云是沧州雄狮队的后防核心。本赛季至今，作为球队主力中卫已出场十七次 。
沧州雄狮队后防核心杨云
不知与沧州雄狮的合同将在年底到期的杨云是否会与球队续约？