引起辣椒烂秆的病害有多种，其中细菌性软腐病、疫病、菌核病、灰霉病和条斑病毒病是主要的。
细菌性软腐病多从伤口、叶痕侵入，引起枝条表皮腐烂，色灰白，呈浓状，易被弄破露出木质部，而木质部颜色不变，依然为白色。病斑多，发展扩大，或绕茎干一周，发出轻微的腥臭味。也能使果实染病，呈软腐状。
疫病多发于主干和主茎的“节”部位，即叶痕处。病斑深褐色或黑褐色，皮层不软腐，木质部变深褐色，病斑开始不凹陷，能生稀疏白霉毛，但环境干燥时较少见。一株或一根枝条上会有多处发生，也能侵入叶片和果实，使之呈水浸状，呈深绿色腐烂。
菌核病多发生于枝条分杈处，开始为灰白色软腐，病斑不凹陷，后生出白色浓密的白霉，继而聚集产生鼠粪状菌核，病斑下木质部朽烂、干枯，但不变色，髓部会生菌核，上部枝叶会枯死。菌核病也能侵染果实和叶片，使之腐烂，生浓密白霉。
灰霉病多由残花生霉后落在茎干上而引发，也有些是由于老灰霉病斑处滴水而传染到茎部。另外，有的品种属高感，在棚室辣椒经历一冬天的灰霉为害后，棚内灰霉孢子极多，会从植株茎上叶痕、果柄等处侵入引起茎杆腐烂。病斑浅褐色，不凹陷，着生灰色浓密霉毛，绕茎一周后，上部干枯。
条斑病毒病是在茎上出现纵向的浅黄褐色条状斑，凹陷，不生霉毛，不腐烂。以生长点下发生最早，也可在粗大的茎干部出现，病株叶柄和果实上也会出现浅褐色条纹斑，果实外观质量差，无商品价值。
防治细菌病需喷用铜制剂或链霉素；对细菌性软腐，可喷用琥胶肥酸铜（DT）500倍或噻菌铜600倍混加链霉素3000倍；对属卵菌的疫病可喷用烯酰吗啉、氟吗啉锰锌、嘧菌酯、霜霉威等；对属于真菌的菌核和灰霉可喷用多霉威、农利灵、啶菌恶唑（菌思奇）、异菌脲等；对属于病毒的条斑病毒病，除种子用磷酸三钠消毒外，育苗需用防虫网，移栽时对周围杂草蔬菜喷用吡虫啉，控制传毒害虫，避免干旱和高温，并及时喷用宁南霉素混盐酸吗啉胍酮进行预防。
来源：种大棚