村书记(村基层组织人员)利用自己职务上的便利,通过非法形式(通过借据借用村集体资金),占用(长时间拒不归还)了村集体的资金,造成集体资金损失。

首先是挪用公款罪。
挪用公款罪属于刑法贪污贿赂罪的犯罪类别,村书记不属于刑法意义上的国家工作人员,一般不构成挪用公款罪的犯罪主体。
有一般,就有例外!
人大常委会关于村基层组织人员身份的解释:
村民委员会等村基层组织人员在从事哪些工作时属于刑法第九十三条第二款规定的“其他依照法律从事公务的人员”,解释如下:
村民委员会等村基层组织人员协助人民政府从事下列行政管理工作,属于刑法第九十三条第二款规定的“其他依照法律从事公务的人员”:
(一)救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物的管理;
(二)社会捐助公益事业款物的管理;
(三)国有土地的经营和管理;
(四)土地征用补偿费用的管理;
(五)代征、*缴税代**款;
(六)有关计划生育、户籍、征兵工作;
(七)协助人民政府从事的其他行政管理工作。
村民委员会等村基层组织人员从事前款规定的公务,利用职务上的便利,非法占有公共财物、挪用公款、索取他人财物或者非法收受他人财物,构成犯罪的,适用刑法第三百八十二条和第三百八十三条贪污罪、第三百八十四条挪用公款罪、第三百八十五条和第三百八十六条受贿罪的规定。
也就是说,村书记在这里要涉嫌挪用公款罪,有两个前提:
从事的是规定具体的协助人民政府的行政管理工作(抢险、救灾,征兵、征税等),解决国家工作人员的身份问题;
所占用(借用)的资金是特定的资金(救灾款,*地征**补偿款、社会抚养费等),解决所涉资金属于公款的问题。
符合这两个前提条件的,可以以挪用公款罪追究。
村书记实际上是侵犯了村集体的财物,造成村村集体的财物损失,属于侵犯财产类犯罪类别。

可能的两个罪名,一个是职务侵占罪,一个是挪用资金罪。
这两个罪名也是刑法里面紧密相邻的两个罪名。
两者的犯罪主体都是公司、企业或者其他单位的人员(村委会、村*党**支部成员都属于单位人员),犯罪形式都是利用职务上的便利。
所不同的是, 职务侵占是将本单位的财物非法占为己有,挪用资金是挪用本单位资金归个人所有或者借贷给他人。
村集体资金的保管人员应当是财物会计人员,这里有明显的借贷关系(借据),也就是说是村集体的财会人员将资金借贷给了村书记。
如果以挪用资金罪进行追究,追究的犯罪主体应当是村集体资金的保管人员,也就是财会人员。

同时,在这里 村集体资金保管人员出借村集体资金,明显是因为村书记利用了职务上的便利。
从村书记的职务身份上来说,是利用自己职务上的便利,把本单位的财物非法占为己有(长时间拒不归还),可以以职务侵占罪定罪追究。
最高法《全国法院维护农村稳定刑事审判工作座谈会纪要》
关于村委会和村*党**支部成员利用职务便利侵吞集体财产犯罪的定性问题,为了保证案件的及时审理,在没有司法解释规定之前,对于已起诉到法院的这类案件,原则上以职务侵占罪定罪处罚。
最高法《关于村民小组组长利用职务便利非法占有公共财物行为如何定性问题的批复》
对村民小组组长利用职务上的便利将村民小组集体财产非法占为己有数额较大的行为,应当依照刑法第271条第1款的规定,以职务侵占罪定罪处罚。