1 不用特殊的处理
只要在常规的根管治疗中处理测穿。一般两种情况适用：近根尖部的穿孔且发生在弯曲根管；由于内吸收造成的小穿孔。先用Ca(HO)2糊剂填充根管两周后再进行常规的根管治疗与填充。
2 将穿孔作为侧支根管来填充
首先探测穿孔的位置与深度，穿孔下可以进行常规的填充，对于穿孔用适当的牙胶尖进行填充，这样能减少或是避免对牙周组织的损伤。
3 牙对半切术与根尖截根术及切除术
对于穿孔修复不全、根尖附近、穿孔位置出现较重的感染或是根管难以打通的情况能采用这种措施。在手术过程中坚持保守治疗的原则，尽量减少手术的切除，减少手术创面。若是患者表现为上颌磨牙处近颊根腭侧的侧穿与下颌磨牙的近中根远中侧 穿，手术就难以将器械植入。所以，这时就需要采取截根或是半切术进行治疗，采用逆填充的方式进行充填。
4 采用充填修复是治疗髓室底穿的有效措施
这种方法不会引起过度的过敏反应，有利于牙槽骨和牙骨质的修复，所用材质较实惠，花费较少，且性能好的填充材料最为理想。临床上多采用在严格的隔湿和消毒条件下，用Ca(HO)2糊剂覆盖。若是无症状两周后就能进行根管治疗与充填。若是龋坏引起的就需要彻底消毒和消炎处理窝洞之后再修复穿孔。
穿孔怎么处理？1 髓室旁穿
发现髓室旁穿后应该重新寻找主根管、完成根管充填。然后对穿孔部位进行清理、冲洗、止血左后用银汞合金或是氧化锌丁香油粘固粉充填
2 髓室底穿孔
髓室底的穿孔在根充前要立即封闭，用生理盐水冲洗、止血、吸干后用氧化锌丁香油粘固粉封闭，小的穿孔也能直接用银汞合金充填，大的可先放一块锢箔然后再充填银汞合金防止超填。
3 侧壁穿孔
01 根管冠1/3的穿孔：
调整开阔方向，重新找到住根管，用分段充填主根管再封闭髓室底的方法封闭穿孔。也可以常规充填主根管，再去除根管冠1/3牙胶然后再封闭穿孔。
02 根管中1/3的穿孔：
如穿孔的部位在颊侧或近中、远中，可以用外科手术的方法修补。即翻开粘骨膜、凿去部分骨质，找到穿孔的根面，在主根管内插入最大号的扩大针，用银尖或是银汞合金充填穿孔后再做根管治疗
03 根管尖1/3的测穿：
若是测穿发生在根管的近根尖处，可以在充填材料时用热牙胶充填，加压将充填材料压入根管和穿孔部。也能将穿孔处作为一个副根管一样清理、修整、填充，有时因根尖部弯曲，穿孔部位又在根管冠1/3长轴的连线上，想要回到根尖区的主根管并充填是不大可能得，这时可将穿孔部位当成主根管填充。