萎缩性胃炎通常由幽门螺旋杆菌感染引起。这种细菌感染最常发生在儿童期，如果不治疗则会随着时间的推移而恶化。直接接触受感染者的粪便，呕吐物或唾液可使幽门螺旋杆菌在人与人之间传播。食用受到细菌污染的食物或饮用水也会导致幽门螺旋杆菌感染。
还有一种萎缩性胃炎是当您的身体产生的抗体错误地攻击体内健康的胃细胞时，自身免疫性萎缩性胃炎就会发展。抗体是帮助身体识别和对抗感染的蛋白质。它们通常会攻击细菌和病毒等有害物质。然而，患有自身免疫性萎缩性胃炎的人的抗体会错误地向负责产生帮助消化的酸性汁液的胃细胞攻击。但这种疾病一般在亚裔人群很少，亚裔多患有由幽门螺旋杆菌感染的萎缩性胃炎。
慢性萎缩性胃炎的治疗
西药治疗：有胃黏膜糜烂和（或）以反酸上腹痛等症状者可选质子泵*制剂抑**（如泮托拉唑），有胃黏膜糜烂或胆汁反流者可选粘膜保护剂（如硫糖铝、铝碳酸镁），有上腹饱胀或恶心、呕吐者可选促动力药物（如莫沙比利），存在明显精神因素者可用抗抑郁药或抗焦虑药。其中根除幽门螺杆菌治疗：适用于伴有胃粘膜糜烂、萎缩及肠化生、异型增生者；伴有消化不良症状者，伴有胃癌家族史者。现主要采用质子泵*制剂抑**加两种抗生素，如奥美拉唑与克拉霉素和甲硝唑联合应用根除幽门螺杆菌。对消化不良的治疗：慢性萎缩性胃炎伴有消化不良的症状者，可给予抑酸抗酸、促胃肠动力药，胃粘膜保护药硫糖铝，枸橼酸铋钾等及中药等。
中医中药治疗慢性萎缩性胃炎：一般给予升清降浊，清热养阴，消积通瘀治法。萎缩性胃炎可所属中医学“胃痞“、“痞满“、“”胸痹心痛“等病范围。可分成肝气郁结证、肝胃郁火证、脾胃湿热证、胃络瘀阻证、脾胃虚弱证、胃阴不足证，在医治上需中医辨证论治。
比如，胃康灵胶嚢：由赤芍、白及、三七、甘草、薏苡仁、延胡索、海螵蛸、颠茄浸膏构成。柔肝和胃，散於活血，轻重缓急止疼，去腐生新。用以肝胃不和、淤血阻络引发的胃腕疼痛、连及两胁、呃逆、泛酸;急、慢性胃炎，胃、十二指肠溃疡，胃出血见所述症状者。