会计科目使用错误，属于典型的会计差错，企业应按照会计 准则 规定进行账务处理。
如果涉及到的会计科目为非损益类科目，也就说是资产、负债或所有者权益类科目错误的，可以先做一笔红字分录，与原错误分录的会计科目和金额完全一致，只是是红字的，摘要写明“冲销xxxx年xx月第xx号会计凭证错误”；然后，再做一笔正确的 会计分录 ，摘要写明“更正xxxx年xx月第xx号会计凭证错误”。
如果是 损益 类科目错误的，就相对复杂一点。
1.损益类科目错误的，但是都是损益类科目内部错误，对于“ 利润总额 ”没有造成影响的。比如 管理费用 与销售费用科目混淆了，或者损益科目下二级明细科目混淆了，对于这类错误因为对最终会计成果没有影响，甚至对纳税申报也没有影响的，可以不通过做会计分录来调整，只需要备查登记即可，如果财报还未报出的更改利润表就行。
2.涉及到损益类科目错误的，且影响到“利润总额”结果的。
（1）执行《小企业会计准则》的，在发现的当期采用未来适用法更正，即直接在发现当期更正，调整的结果也直接影响当期。比如错误的把12月收到的银行存款利息，做成了“财务费用-利息支出”，把收入做成支出，造成银行存款和利润都是错误的，在发现的2月份直接调整“银行存款”和“财务费用-利息收入”即可。
（2）执行《 企业会计准则 》的，需要按照《企业会计准则第28号——会计政策、会计估计变更和差错更正》进行处理，区分是否构成 重大会计差错 ；对于重大会计差错，需要采用追溯重述法进行调整，即需要通过“以前年度损益调整”科目进行；对于不构成重大会计差错或无法追溯调整的，则采用未来适用法，即在发现差错的当期调整，跟执行《小企业会计准则》一样的处理方式。