张元济之与古籍影印，迄今仍无人能够超越。早在清末最后数年，张元济即有意推动用现代印刷技术保存古籍，使嫏嬛秘籍得以“化身千百亿”，以广流传，并分饷读书人。
只是由于那个时候新潮澎湃，“西学猖狂”，商务资本有限，涵芬楼入藏的古籍善本亦有限，条件还不成熟，所以1909年前后缪荃孙建议他影印古籍时，他曾审慎地回答说：
“此时尚应者寥寥”，但“期于必得，终当有翕羽之雅，慰我嘤鸣”。
张元济
大约到了1915年，商务的营业已获得巨大的进展，闲置的资金越来越多，古籍的搜罗亦有了相当的规模，张元济乃着手辑印《涵芬楼秘笈》，随后又于1919年至1921年陆续推出了《四部丛刊》。
以此为起点，他先后为商务主持编校、辑印的古籍丛书包括
《涵芬楼秘笈》线装80册；
《四部丛刊》初编、续编及三编，计线装3112册，另附书目1册；
《续古逸丛书》47种；《道藏•续道藏》1476种，1120册；
《百衲本二十四史》线装820册；
《四库全书珍本初集》线装1960册；
《丛书集成初编》线装3467册；
《国立北平图书馆善本丛书》线装70册；
《景印元明善本丛书》10种；
《孤本元明杂剧》线装32册；
等等。
这些古籍丛书大多都是1926年张元济退休后完成的，它们与商务出版的其他古籍丛书，共同构成了中国学术文化史上规模最大的古籍整理、影印工程，被誉为一项“不朽的出版工程”。
其中张元济用力最劬、费神最多且最受学界称道的自然是《四部丛刊》《百衲本二十四史》和《续古逸丛书》。
《四部丛刊》1915年启动，1919年开始影印，1922年底刊成。
全套共收书323种，线装2100册，其中宋本39、金本2、元本18、影宋写本16、影元写本5、校本18、明活字本8、高丽旧刻本4、释、道藏本2，余皆为明清精校精刻本。
1926年张元济又主持了丛刊的换版重印，抽换初版中20种未尽善之本，并加“初编”序次，称《四部丛刊初编》。这项工作从1926年始到1929年全面完工，历时近三年之久。换版重印后，《初编》更趋于精善。
1934年，张元济继续秉持“书贵初刻”和重视善本的原则，刊成《四部丛刊》续编，收书81种，1438卷；1936年又续出《三编》，收书73种，1910卷。就种数而言， 《续编》和《三编》不及初编的一半，但影印的第一流善本却并不亚于初编，而且其中有不少是大部头书。
如毛氏汲古阁影写宋抄本《群经音辨》、元熊氏翻蜀本《山谷外集诗注》、宋乾道刊本《东莱先生诗集》等7种均是从日本搜罗而来的孤本秘籍，其他大部头书如《太平御览》、《罪惟录》、《嘉庆重修一统志》和《天下郡国利病书》或由几个版本精心拼凑而成，或用手稿本整理影印，具有极高的文献价值和版本价值。
四部丛刊三编《罪惟录》
本来在《三编》出版过程中张元济就已在筹划《四编》，并编订“预备续出之书”目录，广泛征询海内外著名学者、藏书家意见，后因抗战军兴而中辍。
时隔八十年后，也就是2016年4月，《四编》在众多藏书机构和专家鼎力支持下，由中国书店出版社正式出版。共收书123种，其中宋刊本29种，元刊本10种，明刻本43种，明代钞本11种，清代精钞本28种，清代精刻本2种。
由张元济首创的《四部丛刊》编纂、影印计划终于告竣，张元济的遗愿最终得以实现。 从创议到《四编》刊成，这套大型古籍丛刊的编纂、影印前后历时整一个世纪。
《四部丛刊》
有感于“今本正史之不可信”，张元济完成《四部丛刊》换版后，即投入“重校正史”之役，并开始于1930年出版，原计划分四期出书，到1933年全部出齐，后因“一•二八”事变商务遭战火之毁而中断，直到1936年才告竣。
所谓“百衲本”，是指采用的各种版本，残缺不全，彼此补缀而成，有如僧服的“百衲衣”一样。
这是一项比编纂《四部丛刊》更为艰难的重大文化工程，且不说古本搜寻和版本甄别之难，即寻到拼衲后“影印描润工序”就极烦琐。
有初修，有精修，有初校、复校和总校，先要用*粉白**笔去掉底样上所有的阴影、黑眼、搭痕和溢墨，再用红笔将断笔、缺笔、花淡笔一一加以弥补，然后将已修润的底样与同一书目的其他不同版本进行精校，并在页边空白处注明所有不一致的内容，重新编辑处理，而且每一道工序往往要往复多次才能完成。
为了尽快进度，张元济接受胡适的建议，1930年8月成立校史处，招聘多名助手，负责衲史的初校。有关当年校史处的工作情形，曾参与校史之役的王绍曾先生晚年有极亲切的回忆，该文题为《商务印书馆校史处的回忆》，载《商务印书馆九十五年》。
上海宝山路商务印书馆总务处
《续古逸丛书》则是张元济继黎庶昌主持、杨守敬编校的《古逸丛书》之后陆续推出的罕传逸编。
《古逸丛书》辑印于1882年至1884年间，共收书26种，200卷。除《日本国见在书目一卷》为日本人藤原佐世撰，其余25种多为中土久佚之书或稀见珍本。
由于《古逸丛书》所收多为中国亡佚不存之书，且刻工精良，历来受到学界的推重。张元济着手辑印古籍善本之始，即拟将所觅孤本珍籍辑为丛刊，以为《古逸丛书》续编。
自1919年首刊宋本《孟子》始，至1957年刊成《杜工部集》止，前后历时38年，共影印孤本珍籍47种。跟《四部丛刊》《百衲本二十四史》不同，这套丛书收录的全是罕传的珍本，而且全部按原书版式大小影印。
为了不让“张元济专美于前”（周叔弢语），1982年刚恢复的古籍整理出版规划小组在李一氓主导下启动《古逸丛书三编》影印计划，并列入1982—1992年国务院《古籍整理出版规划》，拟印书目51种，复经周叔弢等相关专家建议，增为56种。但检阅拟印各书，不少已汗漫不可印，最后仅刊成43种。这可是以国家的名义实施并完成的古籍影印丛书，成就斐然可观。
以此为参照， 张元济以一人一公司之力历时38年刊成孤本珍籍47种，这种努力尤令人肃然起敬。
张元济
上述古籍丛刊的编校、影印出版，孤本赖以不绝，文运因之恢张，是皆有大功德于中国文化，其嘉惠学界之功岂止浅鲜！
正因为如此，顾廷龙先生曾由衷地赞叹：这是中国现代出版史上放一异彩的大事！如此“皇皇巨编，非有高深的学养，难能作出宏大的规划；博访古本、善本，非熟悉中外藏书情况，难以集事；搜罗异书，发扬特点，非有渊博的学问，不克有所发明”。
确实如此，没有高深的学养，渊博的学问，以及对中外藏书情况和版本源流的了如指掌，张元济是难以成就如此规模的千秋盛业的。