烂菇指的是瓶栽金针菇工厂化生产中，能确定不是金针菇基腐病、金针菇黑斑病等病害引起的烂菇。
发病症状：在金针菇生产中发现烂根一般是在采收，或者生育后期，严重时生育室会有一股腐烂味道，腐烂产生的水滴会自上而下滴下，从而引起自上而下同一位置全部烂菇，损失加重，清库后会发现地面上有大量粘性液体。烂菇早期在子实体上的表现一般很难发现，这对判断烂菇原因带来了一定的难度。
发病时间：这种情况的烂菇大多发生在春季和夏季，秋季开始逐渐减少，冬季很少发生。
发病原因及预防措施：
1、搔菌前培养瓶已经感染细菌（严重的很容易确定，这里指的是隐性感染）
这是一种最容易被忽视的原因，引起这种在搔菌时不能发现的隐性细菌感染的原因很多，灭菌不彻底、接种环境、液体菌种不纯等，其中液体菌种带有隐性细菌导致烂根的可能性最大，也是最容易被忽视的一种。
预防措施：对搔菌前所有环节进行排查，杜绝隐性细菌感染的机会，要对菌丝的纯度有高度的重视，不能认为表面上看不到就没有问题。
2、催蕾期间感染细菌(和金针菇根腐病接近，这里指早期表现不明显的情况）
催蕾期间子实体感染细菌，早期感染面积较小，症状也较轻，逐渐生长会表现严重，特别是卷之后，烂菇的面积和数量开始增加。催蕾期间感染细菌主要有两个原因，一是湿度大，二是催蕾室环境差，没能做到每次清库时洗库，两者同时具备时更加严重。
预防措施：在烂菇多发的季节里，催蕾室湿度按可接受的下限湿度控制，同时保证每次清库的时候测底洗库，消毒。
3、子实体生理性吐水引起的细菌感染
引起金针菇子实体生理性吐水（菇体表面出现透明、清澈的水珠）的原因主要是金针菇生长的时候水分从培养基到子实体水分的传输旺盛，同时金针菇子实体新陈代谢异常导致金针菇表面代谢水结露而形成附着在子实体表面的水珠，这种结露产生的水珠很容易受到细菌、酵母菌的感染而导致烂菇，一般春季和秋季菇房温度和外界温度差较小的时候容易出现。
预防措施：降低菇房的空气相对湿度，降低培养基的含水量，或者提高培养基的持水性能。
4、菇房出现某种细菌
这是一种单纯性某种细菌感染引起的烂菇，类似金针菇绵腐病，当金针菇工厂连续生产一段时间一般都会出现，只是发病轻重程度不同，不同地区感染的细菌种类有所不同。
预防措施：加强菇房的卫生清理，做到清库后洗库、消毒，对于发病的子实体要及时清理，避免厂内传染。