近年来，养殖水体发红的现象愈来愈多，虽然还有其它因素导致水体发红，但很大程度上是养殖水体富含有机质（养殖前期出现甲藻主要是施肥过多造成水体富营养化，后期主要是投料多有机污染积累多），适宜水环境条件下，刺激赤潮甲藻类如夜光藻、祼甲藻等大量繁殖造成的。甲藻是天然水体主要的浮游藻类之一，其分布范围很广，淡水、半咸水、海水中都有。海生种类很多，尤以热带海洋最多，在寒带海洋中种类较少但数量较多。甲藻趋光性强，只生存于养殖水体的中上层，甲藻的色素体呈绿色或棕色，所以甲藻生长的水色也是绿色与棕褐色。生活于淡水中的种类，多喜在酸性水域中，即当水中含有机质多和酸性时常有甲藻生存。某些甲藻为寄生种，寄主在鱼虾的体表或鳃部。
多年的高密度养殖造成养殖周边的水体累积的有机质过多或水体悬浮有机物过多，水体富营养化（养殖前期出现甲藻主要是施肥不当造成水体富营养化，后期主要是排换水量不够或管理不当）导致甲藻爆发式的增长繁殖，致使水分层，并发出腥臭味，并且致使水中溶解氧急剧下降，导致呼吸器官鳃负担过重或直接附着在鳃丝上发生病变——出现黄鳃、肿鳃等现象，甲藻暴长老化后产生甲藻毒素直接危害肝脏，对鱼、虾、蟹的健康危害极大。
所以一旦甲藻暴长就会出现鳃黄、肠道弯曲、减料这三大应激现象，时间久了还会出现红身肠炎、瘦身、软壳等病症现象，严重时导致鱼虾发病死亡（对虾大多是因为体质弱耗氧多加水体亚缺氧共同造成虾无法脱壳而死，死虾体色泛棕黄肝萎缩）。
甲藻的生物学特性
甲藻是水中常见的单细胞浮游植物。分布范围很广，海水、半咸水、淡水中都有，多数生活在海水中，少量存在于淡水中，也有极少数种寄生于鱼类、桡足类和其他脊椎动物体内。甲藻趋光性强，光照充足时集中存在于养殖水体的中上层，光照减弱时甲藻下沉。色素体呈蓝绿色或红棕色，所以甲藻过量繁殖时的水色呈蓝绿色与红棕色。少量甲藻爆发，下风口呈红色带状分布甲藻是重要的浮游藻类，是水体生态系统的重要组成部分，也是水生动物主要饵料之一。但是由于多年的高密度养殖及工业和生活污水的排放量逐年增加，造成养殖池塘水体有机质过多，水体富营养化，水中藻类比例失衡。海水中甲藻过量繁殖时，常形成“赤潮”，淡水中形成“水华”，发生腥臭气味。由于甲藻密度过大，藻体死亡后滋生大量腐生细菌，由于细菌的分解作用，使水中的溶氧量急剧下降，并产生大量有毒物质，同时有的甲藻也分泌毒素，因此，赤潮或水华发生后，易造成鱼虾贝类大量死亡对渔业危害很大。
甲藻的特征
常分布于淡水和海水中，有些甲藻的活动是有害的，它们的生存会带有一些特殊的气味。有的则可以形成“红潮”和“藻花”，使局部海水呈现红色、黄色或棕色。
甲藻爆发时，水色发红，少量时下风口呈红色带状分布。甲藻本身会产生大量有毒物质，死亡后沉积到塘底，毒害虾蟹贝。甲藻爆发的塘口，容易引起缺氧。
甲藻产生的原因
1、池塘底部未分解的有机质过多，水体富营养化是产生甲藻的主要原因。
2、甲藻喜欢生长的PH略高，水体盐度高的水体中。
3、增氧机配套不合理，甲藻喜欢生长在静止的水体中。
4、池塘消毒不当，用量过大，大量使用消毒剂致使有益藻类大量死亡，而甲藻对消毒剂的耐受能力较强。
甲藻的危害
甲藻大量繁殖使水分层，并发出腥臭味，并且使水中溶解氧急剧下降，导致养殖动物鳃负担过重或直接附着在鳃丝上出现黄鳃肿鳃等现象；甲藻老化后产生甲藻毒素直接危害肝脏，严重影响到养殖动物的健康。在对虾养殖中一旦甲藻暴发就会出现黄鳃、肠道弯曲、减料等应激现象，时间久了还会出现红体、肠炎、软壳等，严重时导致死亡（对虾大多是因为体质弱耗氧多加水体亚缺氧共同造成虾无法脱壳而死，死虾体色泛棕黄、肝萎缩）。所以一旦发现甲藻生长，就要及时采取措施进行处理。
甲藻的预防
1、加大肥水力度：无论在预防还是治疗甲藻上，在施用微生态制剂的基础上，一定要加大肥水力度，平衡水体营养元素，从而加快有益藻的繁殖，使其尽快成为优势种。有效预防甲藻的爆发。
2、套养滤食性鱼类，比如白鲢、花鲢、罗非鱼，大部分甲藻都能够滤食性鱼类消化食用，从而预防甲藻的爆发。
3、科学投饵，养殖期间投喂饵料按照七到八成饱原则投饵，投饵还需根据天气、水质、溶氧等变化灵活增减
甲藻的处理：
适量换水，选择在白天排出，晚上加水，换完水后，晚上使用过硫酸氢钾复合盐改底，第二天有机酸解毒，两个小时后泼洒芽孢杆菌和光合细菌
第三天泼洒有益藻类