皮层下-非节段性肌阵挛是一组由罕见问题组成的异质性疾病，例如特发性肌阵挛、肌阵挛-肌张力障碍综合征、反射性肌阵挛、过度惊跳症和脊髓固有性肌阵挛。
对于大多数类型的皮层下-非节段性肌阵挛，标准的抗癫痫发作药物(如，左乙拉西坦和丙戊酸盐)一般 无 疗效。根据临床经验和主要来自个案的佐证，氯硝西泮是不错的第一选择。
氯硝西泮 — 对于大多数皮层下-非节段性肌阵挛患者，我们建议首先使用氯硝西泮治疗。用法用量与皮层性肌阵挛一样。
支持性证据来自有关以下患者的病例系列研究：特发性肌阵挛、肌阵挛-肌张力障碍、网状反射性肌阵挛、过度惊跳症和脊髓固有性肌阵挛。
唑尼沙胺 — 唑尼沙胺是肌阵挛-肌张力障碍的替代治疗药物，应在氯硝西泮效果不充分时尝试使用。
一项单中心安慰剂对照随机交叉试验纳入24例肌阵挛-肌张力障碍患者，发现唑尼沙胺显著改善了动作性肌阵挛和功能性残疾，其起始剂量为50mg/d，逐步加量，最大剂量300mg/d。有限的数据也提示，唑尼沙胺可能有益于脊髓固有性肌阵挛。
其他 — 对于特发性肌阵挛(包括肌阵挛-肌张力障碍)患者，苯扎托品或苯海索可用作初始治疗的替代选择，或用作附加治疗。*丁酸羟**钠是γ-*丁酸羟**的钠盐，已有特发性肌阵挛患者使用该药后病情改善的报道；似乎还需要进一步研究。
病例报道显示，左乙拉西坦、丙戊酸盐、奥卡西平、卡马西平和巴氯芬对脊髓固有性肌阵挛有疗效。
应注意，特发性肌阵挛(包括肌阵挛-肌张力障碍)往往可通过饮酒获得缓解，与特发性震颤中所见的效应类似。部分患者会自我医治，应监测其是否发生不健康或过度的饮酒。
外科治疗的作用 — 部分难治性肌阵挛-肌张力障碍综合征患者可能适合DBS。只能在严重失能的难治性病例中考虑该法。
一篇系统评价纳入40例独特的肌阵挛-肌张力障碍综合征患者，给予DBS治疗并平均随访27个月后发现，所有患者在治疗后均有改善；肌阵挛评分平均改善了73%，肌张力障碍评分平均改善了53%。刺激GPi和刺激VIM对肌阵挛的改善程度相近(分别为76%和70%)。然而，刺激Gpi的肌张力障碍改善效果优于刺激VIM(分别为60%和33%)。
这些结果提示，以DBS治疗肌阵挛-肌张力障碍综合征时优选刺激Gpi。然而，该结果应当谨慎解读，因为数据都是来自回顾性和非随机报告。而且，肌阵挛-肌张力障碍综合征的病因不同，疗效可能视病因而异；在大多数提示DBS有益的研究中，评估对象都是ε-肌聚糖(sarcoglycan epsilon, SGCE )基因突变导致的肌阵挛-肌张力障碍综合征(DYT11)患者，该突变是肌阵挛-肌张力障碍最常见的病因。
