灰霉病为低温高湿时常发病害，除做好相应的农业措施外(白天保持通风干燥)，也要结合使用生物药剂进行防治。于发病前或初期使用3亿CFU/克哈茨木霉菌300喷雾，兑水喷雾，每隔5-7天喷施一次，发病严重时缩短用药间隔，同时可结合有机硅增加附着性。
以早期预防为主，掌握好用药的3个关键时期，即苗期、初花期、果实膨大期。
- 苗期:定植前在番茄苗床用药，可选择对苗生长无影响的药剂或消毒剂，例如腐霉利、甲基硫菌灵、异菌脲等进行喷施，同时选择无病苗移栽。
- 初花期:第1穗果开花时，谨慎用药，选择50%异菌脲或20%嘧霉胺兑水喷雾，5-7天用药一次，进行预防。
- 果实膨大期:在浇催果水(尤其在浇第一、二穗果催果水)前一天用异菌脲、腐霉利、嘧霉胺、腐霉·福美双等喷雾防治，5-7天用药一次，连用2-3次。
正常情况下，灰霉病菌萌发后24小时就可以让有机体整体全部布满灰霉病菌丝体。我们常用的酒曲，做霉豆腐中豆腐霉变，都是灰霉病菌丝体感染的结果。把一个馒头摆放在上述环境条件下，馒头一个晚上由白变黑的过程，也就是真菌危害的过程，其中祸首就是灰霉病菌。
灰霉病病菌的适应能力和生存能力很强，既可以从活体的植物组织中摄取营养，也可以在死亡的残体中生存，属于半活体营养型病菌。
以黄瓜灰霉病为例，病菌的分生孢子可以在感病的果实、花瓣、花萼、茎秆、叶片上存活4-6个月的时间，菌核的生存时间更长。
灰霉病病菌可以在土壤中、植株上、大棚的后墙上、立柱上、吊线上存活栖息，通过气流、雨水、农事操作等途径传播到植株上，一旦条件合适，就迅速萌发侵染。
天气是影响灰霉病发生速率的重要原因。灰霉病病菌喜欢比较冷凉的温度（18-23℃）和很高的湿度（85%以上），以及光照不足的天气。所以，连续阴天降雪或降雨的天气，灰霉病很容易爆发。
扩增迅速灰霉病病菌的致病能力超强，一旦侵入进植物器官就会迅速表现症状，快速产生新的分生孢子。因此，病害一旦发生就意味着菌原数量很容易爆发式扩增，稍有耽搁就会暴发流行。
主要防治药剂：嘧霉胺 腐霉利 乙霉威 异菌脲 福美双 菌核净 啶酰菌胺 氟唑菌胺
嘧霉胺通过抑制病菌侵染酶的分泌从而阻止病菌侵染，并杀死病菌。具有保护和治疗作用，同时具有内吸和熏蒸作用。对灰霉病特效，目前已有抗性产生。对茄子、豆类、大棚樱桃等敏感，容易出药害。
腐霉利主要是抑制菌体内甘油三酯的合成，具有保护和治疗的双重作用，内吸性好，低温高湿条件好。
乙霉威进入菌体细胞后与菌体细胞内的微管蛋白结合，从而影响细胞的分裂,与多菌灵有交互抗性。与多菌灵有负交互抗性，也是多菌灵抗性灰霉菌会对乙霉威很敏感。一般不作为单剂使用。
异菌脲广谱触杀型杀菌剂, 对孢子、菌丝体、菌核同时起作用，抑制病菌孢子萌发和菌丝生长。在植物体内几乎不能渗透，属保护性杀菌剂。本药剂对灰葡萄孢属、核盘属、链孢霉属、小菌核属、丛梗孢属具有较好的杀菌作用。
菌核净杀菌内渗作用，持效期长，对灰霉病主要在防效。茄子黄瓜防治3000倍以上，其他1200倍以上。
氟唑菌胺，SDH*制剂抑**，从作用机理看，是以保护预防作用为主，对霜霉病疫霉病效果也很突出。
嘧菌环胺：兼具保护和治疗活性、具内吸传导性、可防治多种病害，对灰霉病和斑点落叶病效果最佳、具有新颖的作用机制，与其他已知杀菌剂无交互抗性，非常适用于病害综合治理和防治已对常用杀菌剂产生抗性的病原菌。黄瓜/西红柿使用后有药害。
