目前桥本氏甲状腺炎的治疗主要为减轻肿大的甲状腺和纠正异常的甲状腺功能，但本病还没有根治方法。
如果病人甲状腺肿大程度轻轻，无明显压迫症状，并且不伴有甲状腺功能异常，可只做临床观察，无需特殊治疗。应该限制碘摄入量在安全范围(尿碘100～200μg/L)，可阻止甲状腺自身免疫破坏。
对甲状腺明显肿大伴有压迫症状者，应给予L-T4，用量每天25-100ｕg，从小剂量开始，可减轻甲状腺肿，解除压迫症状，又可保证甲状腺功能正常。
伴有甲状腺机能减退即甲减的病人，或甲状腺激素水平虽然正常，但TSH≥10mU/L的病人，需用甲状腺素替代治疗。通常给予L-T4 50～100μg/ 天，逐步增至200～300μg/d ，直至腺体缩小，TSH降至正常，然后调整至维持量，维持甲状腺功能及TSH正常，甲状腺缩小。
若甲状腺激素水平正常，TSH虽然升高，但没有超过正常值的两倍，一般情况下可以不进行治疗，要定期监测。但对于老年人、孕妇及不孕症病人以及生长发育期的儿童，应该接受治疗！
老年病人，或伴有缺血性心脏病的病人，L-T4 应该从更小剂量用起始，且增加剂量应更缓慢。
虽然桥本氏甲状腺炎属于风湿免疫性疾病范畴，但一般不主张口服或静脉应用糖皮质激素等免疫*制剂抑**，如甲状腺肿大明显，且伴有疼痛，在除外甲状腺癌的基础上可先给予阿司匹林等药物对症止痛，如效果不佳可予泼尼松10 mg，每日3次口服，1～2周后逐渐减量，每周递减5 mg/d直至停药。
激素的局部用药还是推荐的，甲状腺内局部注射糖皮质激素可抑制自身免疫致病过程，减少其破坏性抗体的产生及对甲状腺滤泡的破坏，可以预防桥本氏甲状腺炎病人进展为甲减。
桥本氏甲状腺炎，若合并甲亢，一般不主张抗甲亢药物治疗，可用心得安等药物对症治疗。若用抗甲状腺药物，一定要遵从小剂量、短疗程、密切复查甲功的治疗原则！
中医中药在治疗桥本氏甲状腺炎方面有一定的实用价值，例如，用扶正益气中药复方不仅具有扶正益气、化痰散结的功效，还可显著改善病人异常抗体水平，具有良好的治疗效果。
如非考虑恶性可能或有重度压迫，或者是伴有甲亢且反复发作，一般不需要手术治疗。
临床应该严格掌握手术手术指征:
1、甲状腺肿大，伴有明显压迫症状，或甲状腺重度肿大影响工作和生活。
2、疼痛严重、药物治疗无效或不能耐受药物治疗。
3、并发甲亢反复发作，或并发重度甲亢。
4、高度怀疑甲状腺癌。
桥本氏甲状腺炎还可试用白细胞介素10、干扰素、单抗、环胞素A、他汀类降脂药物以及微量元素硒。
有研究证实，在L-T4治疗的基础上，加用微量元素硒，病人的抗体滴度与单用L-T4相比显著降低，硒治疗量通常需达100mg /天以上，但应注意用药的毒副作用。
也有研究表明，他汀类药物在改善血脂代谢的同时，还具有抑制炎症反应和免疫调节作用，可通过调节细胞免疫状态而改善桥本氏甲状腺炎病人的甲状腺功能。
虽然桥本氏甲状腺炎的发病机制在免疫、环境、遗传研究方面都取得了一定的进展， 但其发病机制仍未明确，只有进一步明确发病机理，充分运用中西医药物治疗上的优势，找到最有效的治疗方法，才能从根本上解决桥本氏甲状腺炎。
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