俗话说"耳听为虚，眼见为实"，当显微镜发明后，人们在显微镜下看见了令人惊奇的小生命——微生物。从此，人们对世界的认识有了极大的改变。微生物学的发展促进了人类的极大进步。
通常人们都知道的词"细菌，长霉，病毒，杀菌，消毒，发酵，打预防针"等，都和微生物有关。
有人认为，如果把地球的年龄比喻为一年的话，则微生物的诞生时间是在3月20日左右，人类出现的时间约在12月31日下午19时许。微生物是一切生物的"老前辈"，是我们人类闯入了微生物的生活圈。
微生物个体小，面积大，数量多，1毫米内至少有数万个以上。生长旺，繁殖快，一个乳酸菌在适宜环境中经过24小时后，可以有百亿以上后代。吸收多，转化快。适应强，易变异。种类多，包括原核微生物（细菌、放线菌、蓝细菌、支原体、衣原体、立克次氏体），真核微生物（酵母菌、霉菌），非细胞型生物（病毒、类病毒、拟病毒、朊病毒）。
微生物分布广，在空气中，水中，土壤中等，微生物无处不在。在一些极端自然条件下，如高温、低温、高酸、高碱、高盐、高压、高辐射强度等，也有相应微生物生长。
在人类的皮肤、粘膜以及一切与外界环境相通的腔道，如口腔、鼻腔、消化道和泌尿生殖道中，经常有大量的微生物生存着。其他动物、植物与外界相通的地方，也一样生长着大量微生物。这些微生物一般是有益无害的，称为正常菌群，与人体保持着一个平衡状态。在正常菌群内部的各种微生物间，也相互制约，维持着相对的稳定。当这种平衡被破坏，也会引起疾病，这种情况在长期服用抗生素后尤为突出。正常菌当生存条件改变了，也可能变成致病菌。
人体的大肠中生活着数百种微生物，在一个人的肠道中，占粪便干重三分之一的是细菌，总数为约100万亿个。可以排阻、抑制外来致病菌，提供若干维生素，产生若干生物酶类，一定程度的固氮作用，还产生气体和粪臭物质。
致病菌对人类和其他生物的生命威胁严重，各种传染病都和微生物有关，如人们熟知的鼠疫、天花、麻风、梅毒、肺结核、艾滋病等。公园6世纪第一次鼠疫流行时，死亡人数约1亿人，14世纪第二次流行时，中国人死了约1300万，亚洲共约4000万，欧洲死了约2500万。新中国成立后，对传染病进行了大力防治，取得了举世瞩目的成就。
对人和高等动物，在生物进化过程中形成了天生即有、相对稳定、无特殊针对性的对病原微生物的天然抵抗力的先天免疫力。包括皮肤与粘膜的屏障结构，分泌液的局部抗菌作用（如汗腺分泌乳酸，胃粘膜分泌胃酸等），皮肤正常菌群的拮抗作用，血脑屏障，血胎屏障；吞噬细胞及其吞噬细菌作用；炎症反应吞噬细菌；体液和组织中的多种抗菌物质如补体、干扰素、溶菌酶等等。现在，普遍方法是通过接种疫苗来进行后天特异性免疫，来对传染病进行预防。人体的免疫器官有骨髓，胸腺，淋巴结，脾脏，扁桃体，阑尾，肠集合淋巴结等。
我们熟知的很多食品都是通过微生物发酵生成的，如酒、酱、醋、泡菜、豆豉、酸牛奶、干酪、面包、味精等。我们吃的食用菌也是真菌的子实体。
新型生物农药，生物除草剂，也是利用微生物吃掉害虫，吃掉有害微生物，吃掉野草。
地球是由各种元素（如碳、氢、氧、氮、磷、钾、钠、钙等）为最基本物质，由元素组成了各种无机物、有机物和有机生命。这些物质处于一个动态循环之中，微生物就起着推动无机物、有机物和有机生命还原为各种基本元素的作用，保证物质能永久循环再利用。因此，生命终归于尘土，是被微生物分解的。
在当代，环境污染严重，水源的污染又是危害最广、最大的，如生活污水、工业有机污水、工业有毒污水等。在自然界中，存在着各种能分解相应污染物的微生物类型。通过微生物的分解，又可以还给人类一个山清水秀的环境。所以说微生物在环境治理中起着不可替代的作用。
