施今墨先生创立“中西医结合辨病辨证理论”，其核心意在兼顾“辨病”与“辨证”，总结规律，形成治疗西医各类疾病的既定专方，临床使用时再灵活调整。
经常有患者在看中医时，强调某种疾病的存在，如“肾炎”、“巧克力囊肿”、“胸水”等。
这种强调并非不可以，但中医首讲“辨证论治”，即采用望、闻、问、切等手段，收集患者的症状表现，分析病变的部位、原因、性质以及邪正关系，确定证型，凭证施治。
这也是中医存在“异病同治”和“同病异治”的原因——证型相同的不同疾病，可以使用相同的处方原则；同一疾病的不同证型，治疗方路上各不相同。
如肝郁气滞证的乳腺增生和抑郁症，所用的中药处方可能大体相似；而单论乳腺增生病，肝郁气滞证与冲任失调、痰瘀凝结等证型的治法可能差别颇大。
所以，中医问诊时，“哪里不舒服”很重要。
这并不意味着，“所患何种疾病”不值一提，相反的，西医疾病诊断是中医诊断时的重要参考信息。
施小墨医生认为施今墨先生所创立的中西医结合辨病辨证的方法，大致可分为3个阶段。
第一，以西医疾病分类学为纲，统一中西病名。
第二，用中医辨证方法，结合西医诊断和病理，总结西医疾病的规律。
第三，在反复实践过程中，逐步总结出治疗西医各种疾病的专方。
首先，应避免“我觉得是什么病”这类思维，尤其是“心脏病”、“胃炎”等疾病。西医诊断是需要确切依据的，如影像学检查、血液检查、病理检查等；对于如感冒、腹泻等常见病，可以依据症状进行判断并治疗，但若投药无果，仍需进行更深入的检查。
西医对感冒的诊断
其次，中医对于危病、重病、急病，不可拘泥于以前的诊断。如癌症患者确诊后，常常会出现疾病的发展、转移或其他变化，这种变化甚至是每时每刻都在发生的，所以过于久远的诊断便只能作为参考。
而对于某些慢性病、传染性疾病、免疫缺陷问题、精神神志问题等，需要开诚布公的告知医生。如病毒性肝炎的患者，中医处方时可能要考虑护肝柔肝；针灸时更要注意操作的安全防护。
有了疾病的现代医学诊断和患者的既往病史后，中医可以选择更加准确的治疗方案，并规避可能出现的风险。
自古便有针对某种疾病的专方，如“普济消毒饮治疗大头瘟”、“阳和汤治阴疽”、“茵陈蒿汤治阳黄（黄疸）”。
这些处方并不是一成不变的，根据患者的证型、个体情况、既往病史等会进行个体化的调整。
如施派传人、北京协和医学院教授祝谌予先生所创“过敏煎”，由防风、银柴胡、乌梅、五味子各10克组成，可用于各种过敏病症（凡过敏试验阳性者）。
但对于不同疾病，不同人群，祝老也会进行相应调整：
- 过敏性*麻疹荨**属于风寒者，加桂枝、麻黄、升麻、荆芥；风热者加菊花、蝉衣、银花、薄荷；血热者加丹皮、紫草、白茅根；热毒内盛者加连翘、银花、甘草、蒲公英、紫花地丁、板蓝根。
- 过敏性哮喘，常加 莱菔 子、白芥子、苏子、 葶 苈 子、杏仁。
- 过敏性紫癜，常加藕节炭、血余炭、荆芥炭、茜草根、旱莲草、仙鹤草。
- 过敏性鼻炎，常加白芷、菖蒲、辛夷、菊花、细辛，生地、苍耳子、葛根；冷空气过敏症，常加桂枝、白芍、生姜等。
张仁济、张大宁父女也曾针对癌症的不同分类，总结出对应的“既定处方”，部分内容收录在《中医治癌新路》一书中。
如“肺癌I号”，由百部、瓜 蒌 、 薤白 、紫菀、款冬花、白花蛇舌草、半边莲、半枝莲、远志、草河车、虎杖、橘红、陈皮、水红花子组成。
将此类处方制作成中成药或膏方，对于典型患者、平稳期癌症患者、术后防转移防复发患者来说，更为有效、方便、易接受。
张大宁主任近日视频接诊的一位重症患者，已出现胸水，虽然家属提供了西医胸腔积液的诊断，但在视频时，张大宁主任了解到患者现在无法平卧及右侧卧，仅能以左侧卧位勉强入睡，由此推断患者为左侧胸腔积液，结合患者肺癌病史，考虑为渗出性胸腔积液。此时用药须综合考虑胸膜是否浸润，心脏承受的压力，呼吸受到的影响等问题。
又如张主任平素接诊乳腺结节的患者，通常会考虑是否有甲状腺结节、子宫肌瘤等病症的存在，根据临床统计，近半数以上乳腺结节患者同时患有甲状腺结节/子宫肌瘤/三者兼有，而三者的治疗方案非常相似，这应和了中医异病同治理论。