1.下丘脑性闭经
最常见的是功能性下丘脑闭经，也就是说下丘脑本身没有病变，但由于种种原因，引起它主管女性生殖的第一道令牌——促性腺激素释放激素和它下级器官（垂体）主管的第二道令牌——促性腺激素分泌不足，从而引起闭经，以精神性原因最为常见。诱发因素有很多，如周围环境变化的压力增加，个人耐受能力差，神经内分泌系统功能不稳定，等等。这类闭经多发生于脑力劳动者、长跑运动员、芭蕾舞演员或突然受到精神刺激者。
2.垂体性闭经
有两种常见情况。一种是垂体泌乳素瘤，它是一种良性肿瘤，典型表现有闭经和泌乳，同时可能伴有头疼和视力障碍。鉴于垂体所在的位置（蝶鞍）很狭小而且四周都是骨头，故直径大于1厘米的就称为大腺瘤，小于1厘米的称为微腺瘤。溴隐亭可控制垂体微腺瘤的生长速度，并将泌乳素水平降到正常水平，从而使患者月经恢复并且有可能怀孕，从而避免手术。但对于有压迫症状的大腺瘤，还是需要手术。
垂体性闭经的另一种原因是席汉综合征，是产后大出血、长期的低血容量低血压休克，造成垂体功能不全甚至丧失的结果。垂体失去了分泌促卵泡激素、促黄体激素、促甲状腺激素、促肾上腺激素的能力，导致闭经和甲状腺、肾上腺功能全面低下。
3.卵巢性闭经
由于卵巢功能异常，不能对垂体分泌的促性腺激素发生反应，从而不能合成雌激素、孕激素和雄激素等物质，无法指挥子宫内膜，从而闭经。
常见的卵巢性闭经原因是特纳综合征，是指因为一条X染色体缺失或结构畸变，导致卵巢不发育，结果引起第二性征不发育、原发性闭经，患者身材矮小，蹼状颈，肘外翻，有的还伴有心血管和泌尿系统畸形，但智力基本正常。与特纳综合征引起闭经相似的情况是单纯性腺发育不全，表现也以闭经和第二性征不发育为主，但没有特纳综合征的其他特征性表现。