完善的基因检测是肺癌精准治疗的基础，基于DNA的大Panel（基因组）的下一代测序技术（NGS）只需要相对少的样本就可以覆盖几百个癌基因，是大规模探测基因突变的强有力工具，但在MET 14外显子跳跃突变和基因融合检测方面依然存在假阴性率较高的问题。最近的研究显示DNA测序无驱动基因异常的患者补充RNA测序有可能检测到MET 14外显子跳跃突变或基因融合。
RNA测序可检出更多MET 14外显子跳跃突变患者
MET 14外显子发生的突变大部分位于外显子起始端或末端和内含子交接处，突变分布的区域较广泛，而以DNA为基础的NGS探针所需覆盖的区域广泛，一旦不能全面覆盖这些突变的区域，可能会造成漏检，TCGA数据库的分析基于DNA的NGS只能检测约80%的MET 14外显子跳跃突变。而在RNA层面上，MET 14号外显子发生的突变会直接导致整个14号外显子的缺失，故只要检测到MET 13号外显子后面接的15号外显子，就能说明存在14号外显子的突变，探针覆盖区域小，不容易产生漏检。
今年ASCO上公布了哥伦比亚医学中心的Magdalena等人的一项研究，研究比较了DNA检测与RNA检测对MET 14外显子跳跃突变的检出率。对644例肺腺癌患者进行以DNA为基础的NGS检测时，共检测到16例MET 14外显子跳跃突变的病例（2.5%），而当使用以RNA为基础的NGS技术对剩下的DNA检测阴性样本作进一步检测，又发现了另外9例MET 14外显子跳跃突变。
Kurtis等人分别采用基于DNA的NGS技术（DNA-seq）和基于RNA的NGS技术（RNA-seq）对肿瘤组织进行测序。结果DNA-seq在856个非小细胞肺癌样本中检出11个（1.3％）样本存在MET 14外显子跳跃突变，而RNA-seq在404个样本中检出17个（4.2％）样本存在MET 14外显子跳跃突变，与DNA-seq相比，检出率显着增加。而进行DNA-seq和RNA-seq联合检测的286个样本中检出10个样本存在MET 14外显子跳跃突变，其中6个样本DNA-seq无法检出，提示DNA-seq容易漏检MET 14外显子跳跃突变。
RNA测序更适合同时检测多种基因融合
非小细胞肺癌最多见的致病性基因融合为ALK融合，但随着研究进展，发现了越来越多的致病性基因融合，包括ROS1、RET、NTRK、NRG1等，这些基因融合均为可靶向治疗的基因异常。
传统检测基因融合的技术方法如FISH、RT-PCR等，这些方法灵敏度高，但通常只检测单个融合基因的存在，诊断过程漫长、需要的样本多，且费用昂贵。此外，这些方法不能识别新的融合基因伴侣或解决复杂的结构重排，这也是导致假阴性结果的主要原因。
基于DNA的NGS技术可以实现一次性检测多种基因融合，但准确度较低，而结合基于RNA的NGS技术则可以提高准确度。
Ryma Benayed等人的研究发现DNA-seq结果阴性的患者进行DNA-seq可以检出有可靶向治疗的基因融合和MET 14外显子变异。研究人员先对2,522例肺腺癌进行DNA-seq，结果检出195例（7.7%）基因融合，119例（4.7%）MET 14外显子变异。
而在DNA-seq结果阴性的患者中有254例有足够样本进行RNA-seq，结果有14%（36/254)病例检出基因异常，其中33例为可靶向治疗的基因异常，包括MET 14外显子跳跃突变6例、ROS1融合10例、NRG1融合5例、ALK融合4例、RET融合3例、NTRK3融合2例、BRAF融合1例、FGFR2融合1例、NTRK2融合1例。这33例患者中有10例接受了相应的靶向治疗，结果8例有临床获益。
32%(81/254)的DNA-seq阴性病例为低TMB（0-5mut/Mb），这些低TMB病例RNA-seq结果为31%（25例）存在基因融合，而在TMB>5 mut/Mb的DNA-seq阴性病例中进行RNA-seq，结果仅7%存在基因融合，差异有统计学意义。研究结果提示低TMB的DNA-seq阴性患者中有更多漏检的基因融合患者。
DNA/RNA同时测序，未来可期
目前NCCN指南建议，如果使用基于DNA的NGS技术进行多达几百个基因的检测，仍然没有检测到任何驱动变异时，建议补充基于RNA的NGS，以排除多个基因的漏检。国内的NGS产品也有一些是包含了RNA-seq，当然不同的产品RNA-seq涵盖的基因数量不一样，价格也不一样。NGS在技术上进行RNA测序是没问题的，但是阻碍RNA-seq更多的是因为分别进行两次检测会增加费用和时间。
好在，国内的科研团队已经研究出一种整合的NGS检测方法，能够检测报告出从组织样本中提取的总核酸（TNA）中的多种变异类型，实现单次检测中即可同时分析两种模板（DNA和RNA）并极大地简化了变异检测流程，期待新技术能早日应用推广，降低检测费用和时间。
留言“入群”，申请加入肺腾病友群，与肺癌患者/患者家属/专业医学顾问交流，或咨询临床入组相关信息。