IBD患儿大多发生蛋白质-能量营养不良，往往存在包括维生素、矿物质及微量元素等在内的多种营养素的缺乏症。营养不良是CD患儿常见和突出的并发症，合理的营养治疗是治疗成功的关键步骤之一。越来越多的证据显示，单纯肠道休息并不能使病变好转，营养的改善较肠道休息更有利于减轻肠道负担和维持肠黏膜屏障。近年研究表明，营养治疗对儿童CD诱导缓解的作用与肾上腺皮质激素相同，且能促进CD患儿生长发育的恢复。因此，英国在治疗新近诊断的儿童CD患者时，将肠内营养（EN）列为一线治疗方法。
饮食及生活方式
饮食结构的调整有助于减轻症状，病情活动期可减少纤维摄入。若可以耐受乳制品，可维持摄人。低渣饮食减少大便次数（但溃疡性直肠炎可进食高渣饮食以改善便秘）。流质、配方饮食及禁食可减轻梗阻症状，全肠内营养可减轻炎症性病变。常规补充多种维生素及铁剂。
1.低纤维膳食
低纤维膳食适用于发生肠狭窄或出现肠梗阻症状的患者。膳食纤维由多种不同的木质素和碳水化合物组成，对胃肠道功能产生不同的影响。不溶性纤维如麸质具有缩短胃肠道传递时间而增加排便频率的作用，可溶性纤维如果胶等可延长肠传递的时间，且由于吸水能力较强，有利于改变便溏的症状。
2.低乳糖或去乳糖膳食
重要的蛋白质、钙与维生素D的来源，奶类食品因为IBD患者发生乳糖不耐受症而受到限制时，应适当补充低乳糖或剔除乳糖奶类。
3.低脂膳食
CD患者及患回肠疾病或回肠切除术后患者多发生脂肪泻。吸收不良的脂肪酸及肠道细菌产生的羟基脂肪酸衍生物均可刺激结肠分泌液体与电解质，从而加重腹泻症状。另外，未吸收的脂肪酸与钙结合后，结肠内形成不溶性草酸钙减少，所以应限制膳食中脂肪和钙的补充，以有效减少草酸盐的吸收，防止高草酸尿症与肾结石的发生。
4.维生素与矿物质
部分IBD患者可出现明显的维牛素和矿物质缺乏，应给予一定的补充和膳食纠正，大部分维生素和矿物质可通过饮食补充，但口服镁剂吸收较差，还可能加重腹泻症状，所以需要静脉输注补充。
要素膳食
CD患儿常有高渗性腹泻，因此要素膳食宜从低浓度500 kcal/L起始，逐渐增至750kcal/L，最后达到1000 kcal/L。每日所需的热量摄入50～60 kcal，应根据各年龄段理想体质量进行推算以维持患儿正常生长发育的需求。为使患儿易于口服耐受，要素膳食中可加入适量水果、可可粉、咖啡或制成果酱味，以满足大多数患儿的口味。对于那些不喜好口服要素膳食的年长患儿，可每夜经鼻饲胃管给予。同时应注意补充维生素和矿物质。