攻克丰都后，*伯承刘**又率护国军第四支队追歼向江岸逃跑的敌军。他带领士兵奋勇冲击，一鼓作气把敌人驱赶到城外大河坝。突然，一股暗藏在右侧的敌人疯狂地向他们射击。当*伯承刘**回头关照一个士兵的时候，一颗*弹子**穿过他的颅顶，他忍着伤痛，仍顽强地挥着指挥刀向敌人冲锋。接着，又飞来一颗*弹子**，从他右太阳穴射入，由眼眶飞出，流血不止，*伯承刘**当即昏倒。经过包扎救护，他缓缓苏醒，竭尽全力呼喊：“弟兄们，不要管我，追赶敌人要紧!”*伯承刘**被士兵们扶到大西门内的茶馆里，店主是策应护国军的开明商人，他立即找来几支“水蜡烛”(中药名蒲黄，能止血)按在伤口，并用丝帕包扎好，随即与几名护国军士兵把*伯承刘**抬到县邮政局休息。恒春茂药房老板郑慎之是本县的名中医，闻讯立即赶来治伤，给*伯承刘**敷上止疼的创伤药，减轻了他的伤痛。
这时，北洋军大批援军分别由重庆、万县乘舰船疾驶丰都。*伯承刘**完成牵制敌军的任务后，率领第四支队主动于1916年3月18日撤出丰都县城，转移到涪陵、长寿、垫江、丰都四县接壤的鹤游坪。20日，他带伤主持阵亡官兵追悼会，当他头包绷带出现在会场时，全场震惊，个个都为他爱兵舍命的精神所感动。
为了避免与合围鹤游坪的北洋军硬拼，第四支队分遣到川东各城区展开游击活动。负重伤的*伯承刘**，由康云程护理，安排到长寿县开明绅士刘云裳家里养伤。刘云裳是老同盟会员、四川省议员，对*伯承刘**至为钦佩。他将*伯承刘**送到陶家岩，由老中医龙廷辉和西医刘仿舟为其治伤。陶家岩地处长寿、涪陵边境，山高林密。出于安全考虑，龙廷辉安排*伯承刘**在一个荫蔽的山洞里养伤，除家人外，附近邻居都不知道这山洞里藏着*伯承刘**。由于生活和治疗都得到精心照顾，数日后，*伯承刘**的伤势已基本稳定，只有右眼创伤仍在化脓。这时，护国军讨袁战争获胜，袁世凯称帝失败，社会上清查革命*党**人的风潮逐渐平息，刘云裳又能以同盟会员身份公开露面，而且气候开始转暖，于是将*伯承刘**接回家中养伤。在刘云裳等人劝说下，*伯承刘**决定到重庆去医治眼伤。
*伯承刘**在康云程陪同下，从山路绕道秘密来到重庆南岸王旭东家安身，由王氏兄弟送他到重庆城临江门附近的宽仁医院医治。医院决定手术治疗，主刀医生是德国大夫。仔细检查*伯承刘**的伤势后，德国大夫作出的手术方案是实行全身麻醉。一心只为拯国救民的*伯承刘**，对这个方案产生了质疑，担心日后会影响他带兵打仗。他问大夫：打了*醉药麻**针，日后对大脑神经功能会不会带来不好的影响？德国大夫没有明确回答这一问题。*伯承刘**的担心没有得到可靠解答，考虑了一阵后，坚定地向德国大夫要求，给他动手术不能用*醉药麻**。德国大夫惊疑不已，急忙嚷道：“不行，不行!不麻醉，这种手术我是不敢做的。万一发生了意外怎么办？”*伯承刘**态度十分坚决地回答说：“大夫，请你放心好了。不管发生什么意外，都不要你负任何责任。”德国大夫连连耸肩、摇头说：“真叫我不可思议!”面对坚强的患者，德国大夫想出了一个妥协方案，提出：“刘先生，不全身麻醉，就局部麻醉吧。不然，你会痛得受不了的。”*伯承刘**回答说：“不用，一点都不用。不管痛得怎么厉害，我都能忍受。”
德国大夫一时说服不了这位从未遇到过的患者，想通过*伯承刘**的三弟刘叔禹去说服他。刘叔禹想到向大哥阐明麻醉的必要性是自己的责任，便遵医嘱前去劝说。*伯承刘**却坦然说道：你们的好心我完全懂得，不用麻醉做手术当然是痛苦得多。但是，一个人被用了*醉药麻**，无论如何对他的大脑神经总是有损伤的。要是我这次因为麻醉伤害了脑神经，失去了思维能力，成了一个只能吃饭穿衣，不能为国家民族和黎民百姓出力做事的废人，这还算什么人，是行尸走肉!是社会的负担！他反过来开导三弟刘叔禹说：战国时的孙膑被砍断双足后，由于他身残志坚，有韬略智谋，后来能率领千军万马，布阵用兵，克敌制胜，成为我国古代杰出的军事家。我这次虽然失去了一只眼睛，但我救国救民的决心丝毫没有改变。今后我还要为国为民带兵打仗，尽革命军人的天职。所以，无论如何我是不用*醉药麻**的。如果一定要使用*醉药麻**，我只能转到别的医院去了。
面对*伯承刘**如此顽强的决心，德国大夫只好同意不用*醉药麻**手术。手术开始，*伯承刘**双手紧紧地握住手术台的小柱子，牙关咬得紧紧的，强忍着钻心的疼痛，汗水从额头、鼻梁和全身的毛孔涌出，透过内衣把铺在手术台上的毯子也浸湿了。为了缩短*伯承刘**痛楚的时间，德国大夫聚精会神地使用锋利的手术刀，先将腐烂了的眼球挖掉，然后精心细致地将眼眶里的腐肉一点一点地清除。整个手术过程持续了3个小时，*伯承刘**连*吟呻**一声都没有。手术效果比预期的要好，之前准备的意外施救措施全都没有用上。手术结束后，德国大夫和助手们把*伯承刘**从手术台上扶起来，当看到湿淋淋的毯子和手术台小柱子上的指痕时，德国大夫激动得热泪盈眶，颤抖着双手感慨不已：“佩服!佩服!我衷心佩服刘先生的坚强意志和无比毅力!”后来，这位德国医生常对别人夸奖青年军官*伯承刘**的勇敢，赞扬道：“*伯承刘**真不愧为英雄，是军神!我当了这么多年的外科医生，还没有遇见一个像他这样的顽强者!”*伯承刘**不用麻药做眼手术的非凡事迹，长期在民间广为流传，同《三国演义》中关羽刮骨疗毒的故事相媲美，古今两英雄都成为人们摆龙门阵的传奇人物。
1919年10月10日，中华革命*党**经孙中山改组，改名为中国国民*党**。1923年2月，孙中山在广州重建大元帅府，组织讨贼军，讨伐直系军阀曹锟、吴佩孚。熊克武被孙中山任命为四川讨贼军总司令，第二混成旅是这支*队军**的主力，名义上熊克武是该旅指挥官，其实际指挥官则是*伯承刘**，一到作战，*伯承刘**就被授权指挥全旅。这年3月，奉熊克武之命，*伯承刘**率部参加征讨直系军阀曹锟、吴佩孚的部队。在实战中，*伯承刘**已经掌握了同敌军大部队作战的指挥本领，5月13日夺回成都，随后又指挥部队相继打了几个漂亮的胜仗，消灭敌军有成建制的旅和团，并将其敌旅、团指挥官击毙；曾一次包围了12个营的敌军，将其全部缴械。在战斗中，*伯承刘**用兵精细、严谨、大胆，常常出奇制胜，其智勇不仅为本部指战员颂扬，也令友军官兵所折服。而他勇敢无畏的精神，更为一般军人所罕有。每到打起仗来，他总是亲临火线，冲在前头，其英勇善战的名声渐渐传开，将军神话信息不胫而走，由此成为四川讨贼军中最有威望的指挥官，成为川中名将。
1923年9月10日下午，讨贼军分三路进攻大足。当*伯承刘**正用望远镜观察七星庵的敌情、地形时，忽然对面敌人放枪，一颗*弹子**打穿了他的右腿，鲜血喷流，随行副官立即组织还击掩护，一位向导扯下头上白布进行包扎，另一位向导赶紧背起负伤的*伯承刘**回到前进指挥所。
11日凌晨，*伯承刘**被送到内江*战野**医院进行抢救，昏迷不醒，伤势十分危急。在成都的熊克武忧心如焚，一直守在电话机旁，关注着*伯承刘**的伤情，并电话指示内江*战野**医院，把成都北门外一家法国医院的院长艾毓梅接到他在内江的官邸实施抢救。*伯承刘**苏醒过来后，熊克武接受艾毓梅的建议，命令内江的部下火速送*伯承刘**到成都继续抢救治疗。经过法国医生的抢救，*伯承刘**终于脱离了危险。但因天气炎热，伤口感染，又红又肿。艾毓梅主张用麻药进行截肢手术，以免血液中毒危及生命。*伯承刘**坚决不从。经过一段时间治疗，*伯承刘**的腿伤奇迹般地好转了，他要求出院养伤。临行前，艾毓梅送给他一副拐杖，说：“你的伤不久就可痊愈了，我看你的腿上肌肉坏死太多，手术损伤不轻，愈后必成曲腿，这副拐杖可作你的终身伴侣。”*伯承刘**笑着回答：“世上有拿着拐杖走路的军人吗？请留下送给别人吧!”艾毓梅只好耸耸肩，无可奈何地摇摇头。
说服了医生，*伯承刘**来到成都剪子巷胡俊泉家养伤。这时他最为恼火的是，伤口愈合后伤腿果然伸不直。他经过反复思考，意识到惟有依靠锻炼才是出路。而通过锻炼恢复腿功能是十分难熬的。他每天用力拉伸，虽疼痛难当，浑身出汗，仍坚持牵引。初期效果明显，但到脚尖着地能行走时，再无进展了。一天，*伯承刘**将脚放在凳子上，自己坐在椅子上，强令士兵猛坐他的伤腿，当时*伯承刘**吼叫一声痛昏在椅子上，伤腿即刻肿了起来。幸好一位老中医用中药包敷，不多久，他的腿渐渐地好了。拒绝截肢，伤腿得以恢复功能，*伯承刘**再一次创了奇迹。
*伯承刘**在川军中转战10年有余，落得“遍体弹痕余只眼”。丰都战役，弹穿颅顶，眇之一目；大足之战，重伤肱股，险丧一腿。两处重创刻记下他青年时代戎马生涯的战绩。后来在回忆这段历史时，*伯承刘**曾说过这样一句话：我青年时代经历的挫折和痛苦，是常人所难以忍受的。