由于明、清两代传染病的不断流行，对温病积累了丰富的知识，提出了新的见解，从而形成一个独立的学派，并成为明清医学发展上的一个突出方面。
温病是多种热性病的总称，包括各种传染性和非传染性热性病。温病学派认为外感热病的致病是由于“六淫”、“戾气”、“杂气”而来，发病和气候变化与季节性关系有一定的规律，冬季有伤寒病，春季有风温病和春温病，夏季有暑温和湿温病，秋季有秋燥和伏暑病等。特别强调六淫之邪所以能致人于病，是由于人体“正气不足以拒邪”，并认为反常的气候往往是产生疫疠等流行病的一个重要条件。到了清代，温病学说达到成熟阶段，形成了温病辨证论治的完整体系。在温病学派的形成过程中，影响较大的有叶桂（字天士，1667～1746）、吴瑭（字鞠通，1736～1820）、王士雄（字孟英，约1808～1867）。
叶桂，苏州人，是温病学派的代表人物。苏州是明代兴起的大城市，也是明清两代的医学中心之一，薛己、王肯堂、吴有性、缪希雍等都是这一带人。叶桂接受了时代影响，总结了前人成就并进一步发挥，著成《温热论》（1746），他的重要业绩是，为温病学的发展提供了理论与辨证的基础。第一，首先提出了“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的说法，概括了温病的发病途径和传变，成为外感温病的纲领。第二，根据温病的发展过程，分为卫、气、营、血四个阶段，表示病变由浅入深的四个层次，作为辨证施治的纲领。第三，在温病诊断上，总结前人经验，创造性地发展了察舌、验齿、辨别斑疹和白瘩的方法。
温病学派的另一医家吴瑭，又进一步总结并发展了叶桂的学说，著成《温病条辨》（1798）。他以三焦为纲，病名为目，论述风温、温热、温疫等九种温病的证治。并根据叶氏经验，提出清络、清营、育阴等各种治法，使温病学说更趋于系统和完整。
其后，王士雄的《温热经纬》（1852）更以《内经》、《伤寒论》有关温病的条文为经，以叶天士、薛生白诸家之说为纬，除引证历代医家见解，阐明温热的病源、症状、诊断及治疗原则，并结合临证经验将温病分为新感、伏气两大类进行辨证施治，对温病学说作了发挥和总结。
温病学说是历代人民和医学家同传染病作斗争的经验总结，发展到十九世纪，与伤寒学说相辅相成，成为中医治疗外感病的两大学派，在我国医学发展史上占有重要地位，对保障我国劳动人民的健康作出了很大贡献。