性身份障碍到目前为止并没有找到性染色体及内分泌相关的异常，根据家族性易性症病例报告研究，也发现性身份障碍与遗传关系不大，因此认为性身份障碍的原因与性心理身份障碍有关。接下来我们就从心理动力学观点、行为主义观点、环境教养因素三个方面来一探性身份障碍的究竟。

心理动力学观点

精神分析通常把性身份障碍归因于父母-婴儿纽带失调。对于男孩来说，这种情况是指与母亲之间时间过长的共生关系，在婴儿时期产生了对女性性别认同（通常可见由妈妈带大的男孩）。对于女孩来说被认为由于缺乏母亲身体或情感上的关爱，结果女孩转向对父亲性别进行认同。总之，其核心观点是与异性父母一方“愉快的共生”，并且认为心理分析方法是一种适当的治疗方法。

行为主义观点

行为主义认为性身份障碍是一种长期细微过程产生的结果。在这个过程中，儿童的性别角色行为被一位重要照料人塑造成异性的方式。遵循这种理论所得治疗方法是停止对跨性别行为的强化，并且对正常性别行为方式进行强化。概况为性身份障碍者是对异性父母印记式的性别固着导致的结果，这种固着发生在一个决定性的发展阶段，然后经过强化印记下来。（这种观点认为性身份障碍是认为塑造的）

环境教养因素

婴儿出生后其生殖器解剖和形态向周围的人发出有关其性别的信号，首先受影响的是其父母，从而构成双亲对婴儿特别的态度，使其周围的人用解剖性别来对待他（她）评价他（她），从而限定了孩子性心理行为方式。但人类稳定建立性身份，还需要一段时间，有赖于环境教养的因素的影响。性指定和教育，影响性心理改变。如双亲在男孩出生后即以女孩相待，取女孩名、玩女孩游戏等，可招致男孩心理女性化。另一方面，父母、玩伴、社会文化等不断给孩子发出性别归属的信息，有的是公开的，有的是隐蔽的，通过条件反射机制，也会影响其发生性心理身份障碍。