全额开具普通发票（或者全额开具专用发票）：
以旅游业为例，增值税一般纳税人在2016年5月1日以后提供旅游服务的，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。付给其他单位的住宿费、餐饮费、交通费、门票费可以从销售额中扣除，但不得开具增值税专用发票。
将本期取得的含税收入（总额）填入“增值税纳税申报表附列资料（三）（服务、不动产和无形资产扣除项目明细）”6%税率的项目（不含金融商品转让）（填写对应的项目及栏次）“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”中进行纳税申报。
将本期取得的且在本期实际扣除的金额填入“增值税纳税申报表附列资料（三）（服务、不动产和无形资产扣除项目明细）”6%税率的项目（不含金融商品转让）（填写对应的项目及栏次）“本期发生额”“本期应扣除金额”“本期实际扣除金额”中进行纳税申报。
根据开具普通发票的收入总额计算得出不含税收入及税额分别填入“增值税纳税申报表附列资料（一）（本期销售情况明细）”中“一般计税方法计税”“6%税率”（项目所对应的税率）填写销售额和销项税额，将扣除项目金额填入“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”中，将开具普通发票“收入总额”减去“扣除项目金额”填入“扣除后含税(免税)销售额”中，然后根据对应的税率或者征收率计算出“扣除后销项(应纳)税额”并填入“ 增值税纳税申报表（一般纳税人适用）”“销项税额”进行纳税申报。
将差额扣除前的按税率计算的不含税销售额填列在 “增值税纳税申报表（一般纳税人适用）”“按适用税率计税销售额”“应税劳务销售额”进行纳税申报。
差额开具专用发票：
按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关*开代**增值税发票时，通过新系统中差额征税*票开**功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。
将本期取得的且在本期实际扣除的金额填入“增值税纳税申报表附列资料（三）（服务、不动产和无形资产扣除项目明细）”6%税率的项目（不含金融商品转让）（填写对应的项目及栏次）“本期发生额”“本期应扣除金额”“本期实际扣除金额”中进行纳税申报。
将扣除项目金额同时填入“增值税纳税申报表附列资料（一）（本期销售情况明细）”中“一般计税方法计税”“6%税率”（项目所对应的税率）“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”中进行纳税申报。
通过系统差额征税的功能开具的发票，通过录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额。销项税额=（含税销售额-扣除额）÷（1+适用税率）×适用税率，不含税金额应为含税销售额（或含税评估额）-销项税额，税率用***代替。该差额*票开**专用发票不含税金额与税额之间不存在税率的勾稽关系，因此应通过本月“合计销售额”与“开具其他发票销售额”、“未开具发票销售额”金额的差去计算得出本期应填写的“专用发票的销售额”与“销项税”。
“增值税纳税申报表附列资料（一）（本期销售情况明细）”中“一般计税方法计税”“6%税率”（项目所对应的税率）销项税额=开具专用发票的价税合计金额/（1+适用税率）*适用税率，销售额=开具专用发票的价税合计金额-销项税额，然后核对一下“扣除后含税(免税)销售额”和“扣除后销项(应纳)税额”进项纳税申报。