对于鱼类来说，鳃是最主要的呼吸器官，鳃不仅是氧气和二氧化碳的交换场所，同时又是新陈代谢的排泄器官，鱼类的代谢产物氨，主要是以分子氨的形式，透过鳃上皮排除体外。此外，鳃还参与了鱼的机体渗透压的调节。对于部分滤食性鱼类来说，还起到了过滤食物的作用，正是由于鳃本身的结构的特殊性（无其他的保护性组织，直接与水中的物质接触）和自身承担的生理机能，使之容易受到病原微生物的侵袭或者外界环境的影响，从而感染疾病，导致鳃组织的上皮黏膜受损，引起烂鳃。在养殖生产中，出现的烂鳃可以分为以下几类：
病毒性烂鳃
俗称急性烂鳃
病毒性烂鳃俗称急性烂鳃，是指流行于鲤鱼，框鳞镜鲤以及锦鲤的疱疹病毒引起的以急性烂鳃为主要症状的疾病，在诊断的过程中，由于烂鳃的症状和细菌性烂鳃的症状很相似，需要从其他症状上注意仔细区分，以免误诊。
急性烂鳃的症状主要有以下几点：
1.部分鱼体表出血，有些出血严重。
2.鳃边缘腐烂，有缺口，呈灰色或者灰白色，有粘液。
3.发病的鲤鱼鱼眼凹陷。颅骨凹凸不平。这是有别于其他烂鳃的显著特征。
4.粘液增多，皮肤上出现白色的块斑和水泡。
5. 短期内死亡量相对较大。
6.只感染鲤鱼或者锦鲤。同塘套养的花白鲢不发病。
7.解剖：可见脾脏肿大，发黑，肾脏肿大，内脏粘连在一起，闻味道有臭海鲜的味道。
急性烂鳃的防控请参考《水产技术百科全书》急性烂鳃的防控。
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细菌性烂鳃
一般是由鱼体与病原菌直接接触而引起
1.病原细菌性烂鳃病的病原体为柱状黄杆菌（柱状噬纤维菌），一般是由鱼体与病原菌直接接触而引起，尤其是鱼的鳃部遭到机械损伤后更易感染。流行该病在水温20℃～35℃范围内均可发生，流行季节为4月～11月，6月～9月为发病高峰期。危害草鱼、青鱼、鲢鱼、鳙鱼、鳜鱼、鳗鱼、鲤鱼、鲫鱼和加州鲈等多种淡水鱼，从种鱼到成鱼均可受害，水温越高越易暴发流行，常引起大量死亡。鱼的密度越大、水质越差则越容易暴发流行。病鱼常伴有赤皮病、肠炎病并发。
2.症状
病鱼行动缓慢，反应迟钝，离群独游或漂浮水面，呼吸困难，食欲减退。病情严重的鱼不吃食，鱼体消瘦，各鳍的边缘色泽变淡呈“镶边状”。腐烂处常常带有污泥等杂质。病鱼体色发黑，尤以头部为甚，故又称“乌头瘟”。随着病情的加剧，病鱼鳃盖内表皮出现充血，中间部分的内膜常被腐蚀成圆形或不规则的透明小窗，俗称“开天窗”；
鳃瓣变灰白色或白色，鳃瓣边缘附着污泥或大量黏液。草鱼患此病时症状显著，掀开鳃盖可见到病鱼鳃上黏液增多，有的沾有污泥，鳃丝肿胀腐烂，末端软骨外露，鳃小片坏死脱落，在病变组织的周围常有淡黄色附着物。鳃组织的坏死常常导致鱼的呼吸困难。
用显微镜检查，鳃上没有大量寄生虫及真菌寄生，看到大量细长、滑动的杆菌，可作出进一步诊断。
3.细菌性烂鳃病应与鳃霉病、寄生虫性烂鳃病相区别。
三者在发病早期外观症状较为相似，但发病晚期容易区别。患病晚期，细菌性烂鳃病的鳃盖内表皮发炎充血，中间部分腐烂呈现“开天窗”状，其余二者无。如无“开天窗”或处于发病早期，还需借助显微镜加以鉴别。若鳃丝腐烂发白带黄色，尖端软骨外露，并沾有污泥或黏液，镜检见有大量细长、滑行的杆菌，酶免疫测定呈阳性反应，则为细菌性烂鳃病；若鳃片颜色比正常鱼的白，并略带有红色小点，镜检可见病原体的菌丝进入鳃小片组织或血管和软骨中生长，则为鳃霉病；镜检中如寄生虫数量较多，则为寄生虫性烂鳃病。
4.发病原因
（1）环境因素
养殖过程中的操作，拉网，转塘等操作以及养殖水体中悬浮的黏粒过多，造成养殖鱼类的鳃部的上皮细胞受损
（2）生物因素：养殖水体中的致病菌达到一定数量才能致病。侵入机体后需要足够的数量才能克服宿主的防御系统，引起感染，发病，出现相应的症状。
处理建议：使用抗菌素和中草药拌料投喂，增强鱼的体质，芳草菌尼（10%的氟苯尼考）100克或者诺可信（10%的恩诺沙星粉）100克+芳草三黄散100g+ +板黄散100g=饲料20斤，连用三天。外用苯扎溴铵100ml（使用时不计水深）+浓戊二醛250ml =3亩，及泼洒姜（100克1亩）。第三天用菌必清（250毫升的聚维酮碘）1瓶1亩。
鳃霉引起的烂鳃
广泛流行于淡水养殖的鱼类
病原为鳃霉，广泛流行于淡水养殖的鱼类，流行于水温较高的5-10月。
症状：当水体有机质含量很高、水质较差的池塘易发病；该病对草鱼、青鱼、鳙、鲫等鱼苗和成鱼都易感染。病鱼表现为不摄食，行动迟缓，鳃上有出血、淤血或缺血的斑点，呈现花鳃；严重者鳃丝坏死。病重时整个鳃呈青灰色。显微镜下镜检鳃丝出现大量鳃霉即可确诊。
寄生虫寄生引起的烂鳃
病原体是寄生虫
病原体是寄生虫，导致鱼烂鳃最常见的寄生虫有斜管虫，车轮虫、小瓜虫，刺激隐核虫，三代虫，指环虫、中华鳋等；
鳃丝多为淡红色或鲜红色，鳃上面常常出现白点，由于寄生虫的刺激，鳃丝上往往粘液增多，寄生虫通过在鳃上面的寄生，活动的过程，严重损害了鳃的上皮细胞，造成鳃组织的损伤，引起鳃部细菌，真菌的继发感染，鳃组织的炎症和局部坏死。如果是孢子虫寄生，则可在鳃丝上找到孢囊，形如菜籽状、块状；
病鱼的鳃盖内表面组织一般无损伤，不充血；因鳃丝组织受损导致鱼的呼吸供能受损，容易引发鱼的缺氧浮头（尽管水中的溶氧充足），导致鱼游动异常，体色变暗，发黑等，有的鳃盖张开，不能闭合。
寄生虫性烂鳃的处理，在处理寄生虫之后还需要进行消毒，避免鳃部创口引发的细菌继发感染。
非生物因素引起的烂鳃
首先需要对水质进行解毒和抗应激处理
主要是指养殖过程中的水质不良，氨氮，重金属长期超标，对鳃上皮的腐蚀，以及药物（重金属类的杀虫剂，具有强烈刺激性的消毒剂，如强氯精）的长期不合理使用导致鳃上皮黏膜受损，鳃上粘液增多，鳃小片粘连，融合，严重影响鳃的正常呼吸功能。
对于非生物因素引起的烂鳃，则首先需要对水质进行解毒和抗应激处理，可以使用硫代硫酸钠1千克每亩.米或者腐殖酸钠（1-2千克/亩）进行水体解毒净水处理。水质浑浊的可以使用聚合氯化铝（1千克亩.米）或者沸石粉（5千克亩.米）进行浊水处理，同时需要使用泼洒姜进行护鳃，修复粘液的处理。泼洒姜具有镇定效果，外在表现减少应激，内在修复鳃丝组织。
处理建议方案：
第一天使用硫代硫酸钠1千克每亩.米或者腐殖酸钠（1-2千克/亩），（水中氨氮高的水体使用沸石粉）+泼洒姜100克每亩.米，晚上需要采取加开增氧机或者使用化学增氧剂等措施，保证养殖水体中溶氧的充足。
第二天使用45%含量的苯扎溴铵（100毫升）+20%的浓戊二醛（250毫升）=3亩.米。或者使用聚维酮碘250毫升每亩米，连续使用2天。处理鳃部的创口细菌的继发感染。
过几天后可以使用芽孢杆菌等微生物制剂，保持养殖水体指标的长期稳定。