在肾细胞癌治疗中，舒尼替尼作为一种以受体酪氨酸激酶为靶点的抗肿瘤药物得到了广泛的应用。但舒尼替尼对于肾细胞癌的治疗存在诸多不利因素，如10%-20%的患者先天对舒尼替尼存在耐药性、患者在经舒尼替尼治疗6-12月后产生抗性，然而人们对于舒尼替尼耐药性的机制尚不清楚。此外，作为生物分子标记物的监测舒尼替尼治疗效果的预后因子很少，因此探明舒尼替尼耐药性产生的机制，发现预测舒尼替尼药效的可靠生物标志物十分迫切。
有研究发现基质细胞通过释放外泌体来转运蛋白和miRNA可以影响药物治疗，这提示着我们耐药的癌细胞可能通过释放外泌体将抗药性转移至敏感性细胞。此外，有文献报道指出外泌体中包裹的成分可以作为评估患者对药物的反应，同时现有研究也表明lncRNA可以调节多种癌症指标，包括增殖、凋亡、转移以及代谢等，这些研究发现均提示着我们在肾细胞癌中lncRNA也有可能发挥着重要作用。
那么，如何找到想要研究的有功能的LNCRNA？
第一步，寻找细胞中高表达lncRNA
作者首先将敏感性肾癌细胞786-O和ACHN植入裸鼠体内，经舒尼替尼三代体内筛选，最终获得对应的抗舒尼替尼癌细胞7Su3rd和ACSu3rd（见下图A）。
接下来作者开始进行肾细胞癌中对于抗舒尼替尼必须的lncRNA的筛选：第一步采用基因芯片技术比较亲本肾癌细胞与抗舒尼替尼肾癌细胞的lncRNA表达谱（图B，左），挑选出表达差异在5倍以上的lncRNA共67个，然后采用QPCR在三组敏感性肾癌PDX和抗舒尼替尼肾癌PDX中验证，筛选出24个lncRNA（图B，右）。
第二步，构建模型，检测指标
本文构建了肾癌PDX模型，然后进行舒尼替尼处理，模拟舒尼替尼治疗病人的计划。结果发现第一轮的候选lncRNA共有8个在舒尼替尼疗效差的PDX中高表达（下图H）。
第三步，RNAi干扰筛选
首先采用RNAi干扰的方法在抗舒尼替尼肾癌细胞中对8个筛选出的lncRNA进行功能性缺失实验分析，确定设计siRNA对对应的lncRNA表达具有抑制作用。（见下图I）。
然后验证siRNA处理抗舒尼替尼细胞后，舒尼替尼半抑制率的变化（见下图J），发现420273、420980和413504的siRNA明显降低舒尼替尼半抑制率，同时进一步以c-PARP检测细胞凋亡结果显示，420980 siRNA可减低抗舒尼替尼癌细胞对舒尼替尼的抗性（见下图K）。
最终将编号为ENST00000424980的lncRNA命名为lncARSR（抗舒尼替尼肾癌细胞中活化的lncRNA）。RACE检验技术显示lncARSR定位于9号染色体，包含4个外显子，总长591个nt(见下图C)。
第四步，验证目标lncRNA
Northern blot显示，相对于亲本细胞，抗舒尼替尼细胞中lncARSR表达明显升高（见下图D），同时发现lncARSR在舒尼替尼治疗后肿瘤复发的病人肾癌组织中的表达明显高于对舒尼替尼治疗效果明显和单纯治疗的病人的肾癌组织（见下图E）。最重要的事，以LNA为基础的原位杂交技术显示，经舒尼替尼治疗后的的肿瘤组织中其lncARSR的表达明显高于舒尼替尼治疗前的的肿瘤组织（见下图F），以上结果说明lncARSR在抗舒尼替尼细胞中表达是丰富的。
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文献原文
Exosome-Transmitted lncARSR Promotes Sunitinib Resistance in Renal Cancer by Acting as a Competing Endogenous RNA. Cancer Cell. 2016 May 9;29(5):653-68. doi: 10.1016/j.ccell.2016.03.004. Epub 2016 Apr 21.
来源:永诺生物