经常使用饮水机而不定期清洗相当于直接饮用自来水。桶装饮用水打开后，最好在一周内饮用完。3天后不宜饮用原水，饮用前应煮沸。简单的清洗方法可以用清水清洗，可以有效减少水垢沉积和细菌繁殖。
有时饮水机上的水桶里没有水，但水桶接触槽里还有水。水与空气接触会加速细菌的繁殖，因此每次换水前都要把水排干。桶装水不能暴露在阳光下，也不能购买储存时间过长的饮用水。
清洗时，先拔下电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排水管(通常是用白色塑料制成的旋钮)，把剩下的水排干。接着，打开冷热水开关排水。浸泡法。饮水机的各个管道都用消毒剂浸泡。二氧化氯和过氧化氢是消毒剂的有效成分。
二氧化氯成本低，但残渣不易清理。使用二氧化氯消毒时，可在50~100mg/L溶液中浸泡5分钟，达到消毒目的；使用过氧化氢消毒时，浸泡时间为5分钟，但浓度为1.5%。
喷雾循环消毒法。利用“高压喷射”的工业消毒原理，将消毒剂从饮水机的进水口喷出，使消毒剂通过高压在饮水机中“循环”。药液回收后，无需再次清洗，成本与浸泡消毒相当，受到众多饮水机厂家的重视。
通过释放臭氧进行消毒。饮水机冷水室和热水室内的余水排出后，将消毒塞插入饮水机进水口，连接臭氧发生器软管，打开臭氧发生器电源，进入臭氧15分钟。然后，打开冷水喷嘴，用臭氧对冷水循环管进行消毒，5分钟后关闭冷水喷嘴，然后打开热水喷嘴对热水管进行消毒。
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