一、竞争性病
1、木霉（绿霉）
如果是发生在菌种麦粒上，一般是播种时从菌种带入，或者是播种温度过高引起，或者是菌种菌丝没有吃透麦粒，播种后被绿霉侵染。处理方法一般是让床面干燥，然后在覆土前喷点咪鲜胺类的杀菌剂，浓度为1000倍液。控制床温不要超过28度。一般这种绿霉不会侵染培养料，如果绿霉会侵染培养料，那么证明料没有做好，可能是料偏酸一般是少于7度。或者料里含碳水化合物过高，一次二次发酵没有做好。如果是发生在第二潮菇以后，在土层上，那一个是死菇﹑死菇头引起，一般喷施400斤水+200克咪鲜胺。如果在土层里，那是蘑菇菌丝死亡引起的，一般是第一潮是出菇及，土层水分供应不足，引起菌丝死亡，特别是第一潮高产以后，更严重。如果是土层里发生，没有好的治疗效果。只能预防，在第一潮时加足水，让床面一直保持比较高的水分。
2、青霉
一般也是发生在麦粒菌种上，土层偶尔也会，情况和处理方法基本和木霉相似。
3、石膏霉
如果发生石膏霉，那么说明料没有做好，一般是料太粘，透气性差，水分过高。但是有时料不粘干燥也会，那是前期发酵厌氧造成的。处理方法，用100倍亿隆达催菇菌液喷灌效果极佳。
4、橄榄绿毛壳菌
一般在氨气重的培养料发生，也是前后发酵没有做好，特别是发酵前期太干热后期湿会比较严重。二次发酵长期干热温度偏高也会比较严重。所以二次发酵不可长期高于60度。处理方法，也是100-200倍亿隆达催菇菌液喷施，效果极佳，因为可以改变料的营养成分。其他药物效果较差，10%的酒精，或者1000倍液的咪鲜胺。
5、地霉（漳州菇农称为臭扑菌）
可以发生在料里和土层，发生此菌基本可以确定是发生虫害，此菌不用杀菌剂杀灭，只要杀灭虫害，菌丝恢复就可以抑制该菌生长。下面图片就是地霉
6、胡桃肉状菌
此菌为土壤菌，大部分是从土壤带进来，还空气中的病原孢子进入菇房引起。到目前为止，本人还没有发现说从菌种带菌的情况。有人竟然说此菌是高温由蘑菇菌丝变异来的，那更是笑谈。高温会促进此菌的生长和孢子的萌发。目前尚无好的预防方法。好在可控制得当，损失不会很厉害。发现此病害，及时用100倍的多菌灵液灌床，然后正反两面喷施，过后不要再喷水。喷过多菌灵以后，此菌就不易形成子实体，就不易扩散到整个菇房。
7、曲霉
曲霉有黑曲霉黄曲霉，曲霉和木霉青霉的区分为，麦粒感染曲霉后，看起来比原来的麦粒大，而木霉青霉麦粒一般还是原来大小。一般都是在菌种麦粒上。一般是高温或者麦粒上菌丝弱吃菌不深引起的。一般不用防治，只要床面通风干燥即可。
二、侵染性病害
1、疣孢霉
（漳州菇农称为馒头菇，北方称为无头菇）
此菌为土壤菌，主要是土壤带菌，和菇房感染后菇房床架地面带菌，有时巴氏灭菌不易杀死。覆土的土最好要放在塑料薄膜上消毒后再用，100平方米的菇床用土可以用3-4斤漂*粉白**灌水消毒。放置一周后使用。或者6斤甲醛闷48小时，掀开后过48小时再使用。覆土后发现的要及时200倍咪鲜胺液喷施患处，然后将病菇用塑料袋采起。再喷施一次咪鲜胺药液。
底下图片就是患疣孢霉的病菇
2、轮枝霉
轮枝霉引起病害主要有3种，由菌生轮枝霉引起的干泡病（褐斑病），还有喜热变种引起的严重菇盖褐斑病，还由菌褶轮枝霉引起的黑褶病（这个病害困扰漳州菇农包括本人很多年，至今很多人还以为是病毒，有的以为是生理性病害）。黑褶病严重时菌床出菇稀少，患病菇容易开硬伞，有的菌褶发育不全，菌褶和菌柄接触的部位有黑褐色物质。此菌在低温高湿时更易爆发。此菌用亿隆达催菇菌液防治效果非常好，在菇床有此病害导致出菇减少的，喷亿隆达催菇菌液后（200倍液），过后可以从新长出蘑菇。菌生轮枝霉引起的病害菌生轮枝霉引起的病害。
3、细菌性斑点病
主要2种：
一种是托拉斯假单孢杆菌引起，主要表现为菇盖泛黄黄色斑主要在表面黄斑的周围边缘会有先起红色然后向中心过度为黄色甚至黄褐色。
一种据报道是菊黄假单孢杆菌引起，初期表现菇体有透明的地方，有的会慢慢的变为黄褐色，有的不会。褐色严重的菇盖会凹陷下去很深，凹洞边缘不整齐。此两种菌大自然中大量存在，土壤里也有。预防主要是提高菇床和菇体的蒸发量，不要让菇床一直没有干燥的过程。空调菇房加强内部循环风。普通菇房要加强通风。特别是喷水后要在2-4小时让菇盖干燥。在潮湿季节发病严重。
4、水渍病（有的称水菇病）
由某种假单孢杆菌引起，病菇开始时菇体有水珠渗出，后期菇体大量流水，并发出恶臭味，菇体烂掉。用100斤水加31克漂*粉白**，每平方米床面喷2-3斤，效果极好。或者在病菇处盖上石灰粉。
5、干僵病
由某种假单孢杆菌引起，感染速度非常快，有时一天感染床面高达1-2米长，蘑菇未出菇时感染，小菇长不大，床面很多死小菇，偶尔可以长大的菇，菇脚基部集结很多绒状菌丝，采菇是带起大量土。后期感染的，蘑菇迅速死亡，有时像高温死菇一样菇软掉，掰开菇盖和菇柄结合处，可以看到菇肉变褐。但是有的菌株患病后表现略有不同，w192感染后扩散较慢，新20的感染后扩撒较快。在感染前期，菇房可以闻到漂*粉白**的味道。一般是在同一菇床扩散，但有时也会向上向下，向左右传播。水可以确定是一个比较大的传播媒介，还有高湿度的空气也很可能是传播媒介，蚊虫也是一个传播媒介。此病还目前还没有好的预防和控制措施。有时危害严重。今年在全国各地都有发生。
三、虫害
虫害主要有菇蚊菇蝇，螨虫，跳虫，线虫，这里把菇蚊菇蝇归为一类。
1、菇蚊类
菇房只要看到会飞的虫子基本都会产卵，变虫，危害蘑菇菌丝，主要有白蛆，还有橙黄蛆。这个最好的预防措施是菇房的门，进风口出风口要装防虫网。菇房定期用蚊香或者蝇香熏。在覆土前，在料温低于20度时用磷化铝熏蒸1立方米10克，注意料温在熏蒸期间不要超过28度。熏蒸时间为24-36小时。
2、螨虫
螨虫一般是从外界进入，或者二次发酵时没有完全杀灭。处理方法同菇蚊类（注：蚊香蝇香对螨虫效果不大）。
3、跳虫
此虫有时危害严重，特别是菇房过分潮湿时危害严重，也很难控制。处理方法同菇蚊类。（注，蚊香蝇香对跳虫效果不大）
对付螨虫跳虫的最好方法是定期对菇房地面墙壁还有周围环境喷杀虫药。
4、线虫
体型极细，跟人的手臂毛一样粗而已，体长大约在1-2毫米。用手电斜照可以看到在动的闪光点。但是在黄土上不易发现，在草炭土上比较容易发现。线虫一般是水或者土，或者飞虫带进菇房。所以土要做好消毒，用蒸汽56-58度4-6个小时消毒或者甲醛消毒。二次发酵空间温度不要低于58度。如果水带虫，用漂*粉白**对水进行消毒。一吨水加漂*粉白**100-200克，停置几天后才使用。覆土前菇房最好用磷化铝熏蒸一立方米10克，注意料温在熏蒸期间不要超过28度，熏蒸时间为36小时。