经过抗病毒药物治疗，HBV DNA下降、肝功能正常后，可因发生HBV DNA再次升高和肝功能异常有三种原因：一是病毒耐药后反弹，二是停药后反弹，三是停药后复发。
病毒耐药后发生反弹的原因很好理解。那就是病毒对治疗药物产生了耐药性，治疗药物不能有效抑制病毒复制，使病毒重新活跃起来。因此，病毒耐药后反弹只能出现在治疗的过程中，而不会发生在停药以后。这种情况下，医生必须通过改变治疗策略，加用或换用其他敏感的抗病毒药物治疗，才能使病人重新恢复健康。
乙肝病毒1
停药后反弹的原因是停药时间过早，病毒尚未达到彻底抑制。目前我们对HBV DNA的检测方法，只能检测到500个拷贝/毫升或1000个拷贝/毫升以上的病毒DNA。因此，在抗病毒治疗后，血中的病毒复制量在小于500个拷贝/毫升或1000个拷贝/毫升时就检测不到了。
但实际上病毒还在体内少量复制，一旦失去抗病毒药物的抑制，病毒就会重新复制起来，导致疾病复发。乙型肝炎停药后反弹一般发生在停药后1年以内，最常发生在停药后的4个月至半年。因此，医生常常告诉病人，在HBV DNA转阴后也不能马上停药，“大三阳”的患者要等转成“小三阳”后再服药6个月至1年，“小三阳”的患者在HBV DNA转阴后还要服用更长时间(2～3年)才算达到了“停药标准”。
如果停药过早，80%以上的患者会出现反弹，HBV DNA再次升高，肝功能再次出现异常，前面的治疗前功尽弃。而达到了医生所说的“停药标准”后停药就安全多了，70%～80%的患者有可能不反弹，但也有20%～30%的患者在1年内出现反弹。
乙肝病毒2
所以，经过抗病毒治疗而停药的患者在停药的最初半年内要加强监测，每1～2个月就要检测一次肝功能和HBV DNA。一旦出现反弹，由于病毒没有产生耐药性，医生可以再次使用原来的药物或换用其他敏感的抗病毒药物治疗。
停药后复发的患者停药的时机是正确的。在达到医生所说的“停药标准”后，病毒被彻底抑制住了，尽管完全清除乙肝病毒的可能性很低，但被药物和免疫系统抑制住的乙肝病毒不得不暂时放弃了它的疯狂复制，HBV DNA转为阴性，“大三阳”变成了“小三阳”，也就是乙肝病毒感染进入了它自然史的第三期——非活动或低(非)复制期。在这种情况下，许多患者可以稳定终生，甚至自动清除乙肝病毒(表面抗原转阴)。
但是，乙肝病毒并不甘心在机体的免疫抑制下生存，只要遇到时机，就会“东山再起”，再度发动“战争”。这就是乙肝病毒的再活动期，也就是慢性乙型肝炎的复发。在此期，病毒为了逃避免疫系统的抑制，“费尽心机”，把自己“乔装打扮”了一番，发生了病毒前C区变异，在复制中不再产生e抗原了。病毒变异后，在感染者的血清中不能检测出e抗原，有时甚至还能检测出e抗体。
针
因此，从乙肝五项检测指标来看，还是“小三阳”。但这种“小三阳”是“假”的，在《乙肝指南》中被称为“e抗原阴性的慢性乙型肝炎”。也有时，病毒没有发生前C区变异，直接冲破免疫的防线，再次成为HBV DNA阳性的“大三阳”患者，转氨酶也随着病毒量的升高再次出现异常。这就是乙型肝炎停药后的复发。停药后复发往往发生在停药后1年以上甚至更长时间。
所以，停药1年以上仍稳定的患者每年也要复查一次肝功能和HBV DNA，尤其中40岁以上的乙肝病毒感染者。停药后复发的病人也可以再次使用原来的药物或换用其他敏感的抗病毒药物治疗。