时势造英雄，一点不假。康熙九年（1670），巴图尔珲台吉之子、准噶尔汗僧格被其同父异母兄车臣和卓特巴巴图尔*杀暗**。次年，僧格胞弟、年仅二十七岁的噶尔丹自*藏西**返回准噶尔。他也是王族，却还有一个头衔——活佛。
宗教头衔在草原上很受羡慕和崇拜，同时，那也是一种地位的象征。他回到准噶尔时，由于*变政**者未能控制准噶尔属众，“僧格的部众，游牧的和兀鲁思的卡尔梅克人向各牧区和兀鲁思奔逃得一个不剩”。尤其是僧格的旧属，“僧格遇害，部落有逃，而结聚者百十骑，屯大碛东，未知所附”。 这时噶尔丹出现了。在一些贵族的支持下，他夺得了准噶尔部统治权。
为了显示众人选他“没有选错人”，康熙十五年（1676），葛尔丹攻打并俘获其叔父楚琥布乌巴什及其第五子罗卜藏额琳沁，杀其长子巴噶班第。次年击败和硕特部首领鄂齐尔图汗。三年后，达赖五世赐予他“博硕克图汗”封号。噶尔丹要求清廷承认他的博硕克图汗封号。之后又侵入吐鲁番、哈密、肃州。康熙十九年（1680），噶尔丹占领喀什噶尔、叶尔羌，执伊思玛伊尔汗，以白山派首领阿帕克和卓为南疆统治者。随后兵锋直指青海边界，但因清军把守严密，噶尔丹逗留几日后撤兵。
从以上史实可以看出，噶尔丹返回准噶尔后，最关注的是准噶尔内讧和近边的同族同宗部落的情况。他在短时期内就顺利解决了内讧，并赢得了部众的拥护，十年间扩张建立起了一个占据天山南北广大地域的准噶尔汗国。
历史给予了他一个“显摆”的机会。为在政治上寻求中原王朝的支持，噶尔丹上台的第二年（1672），就遣使向清朝政府上疏，请求朝廷批准他继承其兄僧格之位。康熙皇帝批准了噶尔丹的请求，还特派大臣持敕书前往慰勉。康熙二十三年（1684）九月，噶尔丹派古尔班珠率领三千人的使团人员，仍然声称“我并无自外于中华皇帝”,从而骗取朝廷的信任。但随着剪除政敌、兼并扩张的接连得手，噶尔丹的野心与日俱增。同年（1684），喀尔喀蒙古内部发生纷争，出现*乱动**，中部的土谢图部和西部的札萨克图部爆发武装冲突，给噶尔丹以可乘之机。
康熙二十七年（1688），噶尔丹以土谢图部杀其使者为借口，亲自率军三万，兵分三路从伊犁出发，越过阿尔泰山和爱杭山（今蒙古国境内），袭击喀尔喀蒙古部落。喀尔喀腹背受敌，损失惨重，被迫撤向内蒙古，到达长城附近。清政府一面向喀尔喀蒙古提供生活用品，划定内蒙古科尔沁地区暂时做他们的牧场；一面责令噶尔丹停止进攻喀尔喀，并归还侵占的牧地、虏获的人口和牲畜。噶尔丹却置之不理，与清政府公然对抗，使康熙皇帝极为震怒。
康熙二十九年（1690）六月，噶尔丹借口追击喀尔喀蒙古，率军两万深入漠南，对清朝产生直接威胁。八月，噶尔丹进占乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟的克什克腾南旗），距离北京只有三百多公里。噶尔丹遣使清朝，提出要求与康熙平分中国，南北分治。康熙大怒，决定亲征噶尔丹。清军在乌兰布通攻破噶尔丹的“驼城”，噶尔丹败逃往科布多（今蒙古国境内）。康熙三十四年（1695）八月，噶尔丹又组织人马卷土重来，以三万大军沿克鲁伦河东下，进逼北京。康熙再次亲征，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）大败噶尔丹军，噶尔丹再次兵败出逃。但噶尔丹依旧盘踞在蒙古高原北部，继续收罗人马，伺机反扑。
康熙三十六年（1697）二月，康熙第三次亲征，追剿噶尔丹残部，并令僧格之子策妄阿拉布坦派军防阿尔泰山，以截断噶尔丹的退路。噶尔丹败逃俄国，但沙俄见他已无利用价值，拒不接纳。噶尔丹众叛亲离，气急交加，遂暴病而亡。对于这个家伙的死因，历史众说纷纭，有记载是服毒自尽，也有记载是死于*交性**过渡引发的猝死（既腹上死，俗称马上风），也有记载说是死于重性病毒性性病。有记载说当康熙皇帝得知葛尔丹的死讯之时，正在黄河大堤上视察的康熙当即就跪到在黄河大堤上，拜天谢地，无比庆幸。
噶尔丹失败了，彻底地失败了。这固然与噶尔丹在政治上树敌过多，军事上孤军深入等一系列决策上的失误，以及他与之争斗的对手康熙皇帝和清王朝过于强大有关。最可悲的是噶尔丹与俄国交往的政治、外交实践的失败。噶尔丹本想借俄国力量达到自己与清王朝抗争的目的，但却被俄国利用，反成了俄国与清朝政府讨价还价的筹码。最终被俄国抛弃时，噶尔丹已与清军正面相撞，势不可收，成为过河卒子，无路可退。当然，噶尔丹的失败，从根本上说，他的行动违背了我国多民族国家走向统一与巩固的历史潮流，到头来不免走上覆灭的道路。从这一意义上说，噶尔丹又是一个悲剧性的历史人物。
噶尔丹败亡之后，策妄阿拉布坦在伊犁称准噶尔汗，并派使到北京请安纳贡。为增强自己的经济实力，策妄阿拉布坦除重视传统的畜牧业之外，还提倡发展农业和手工业，拜城等南疆各地从中获益。康熙五十四年（1715），由于归属清朝的哈密地区统治者阻截准噶尔商队到内地贸易，策妄阿拉布坦派兵2 000攻掠哈密。为避免战争升级，殃及周围百姓，清政府从中调解纠纷。但策妄阿拉布坦却一意孤行，拒绝了清朝的调解，从此与清朝的关系僵持下来。
康熙五十六年（1717）冬，策妄阿拉布坦不顾清朝的告诫，派军六千余人侵袭*藏西**，杀死*藏西**汗（达赖喇嘛），祸及青藏高原。次年（1718）清军入藏，准噶尔军战败后退出*藏西**。雍正五年（1727），策妄阿拉布坦死，之后由其子噶尔丹策零继位。他执政后一如其父，继续执行对外扩张政策。乾隆十年（1745），噶尔丹策零死后，汗国逐渐混乱，危及西域地区的安定。乾隆二十年（1755）二月，清军分多路进攻准噶尔，准噶尔各部纷纷向清军投降。五月，清军占领伊犁，准噶尔汗达瓦齐势单力薄，无力抵抗，只得落荒而逃。
为纪念此役胜利，清政府在昭苏县格登山上树立了“平定准噶尔勒铭格登山碑”，乾隆皇帝还亲自撰写了碑文。达瓦齐翻越天山逃到乌什，被乌什伯克霍集斯擒获，押解北京。达瓦齐表示归顺清朝，乾隆皇帝不仅赦免了他的罪行，还封他为亲王，赐其居住在北京城内。自此，准噶尔汗国灭亡。
